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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27867 | ||||||||||||
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タイトル | E. coli 50S ribosome bound to D-linker solithromycin conjugate | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | E. coli ribosome / solithromycin / siderophore conjugate / antibiotics / RIBOSOME | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / large ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation ...DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / large ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.35 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Pellegrino J / Lee DJ / Fraser JS / Seiple IB | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Solithromycin siderophore conjugates 著者: Boyce JH / Pellegrino J / Lee DJ / Ecker AK / Seiple IB / Fraser JS | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27867.map.gz | 442.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27867-v30.xml emd-27867.xml | 26.4 KB 26.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_27867.png | 164.6 KB | ||
その他 | emd_27867_half_map_1.map.gz emd_27867_half_map_2.map.gz | 112.9 MB 112.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27867 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27867 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27867_validation.pdf.gz | 868.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27867_full_validation.pdf.gz | 868.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27867_validation.xml.gz | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27867_validation.cif.gz | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27867 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27867 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27867.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.665 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_27867_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_27867_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : 50S E. coli ribosome
+超分子 #1: 50S E. coli ribosome
+分子 #1: 50S ribosomal RNA
+分子 #2: 5S ribosomal RNA
+分子 #3: 50S ribosomal protein L2
+分子 #4: 50S ribosomal protein L15
+分子 #5: 50S ribosomal protein L4
+分子 #6: 50S ribosomal protein L3
+分子 #7: 50S ribosomal protein L13
+分子 #8: 50S ribosomal protein L22
+分子 #9: 50S ribosomal protein L32
+分子 #10: 50S ribosomal protein L34
+分子 #11: (2~{R})-~{N}-[(2~{R})-6-azanyl-1-[[(2~{R})-1-[[(2~{R})-1-[[3-[1-[...
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 69.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 105104 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |