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- EMDB-27142: Structure of Acidothermus cellulolyticus Cas9 ternary complex (Cl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27142
タイトルStructure of Acidothermus cellulolyticus Cas9 ternary complex (Cleavage Intermediate 1)
マップデータAcCas9 Cleavage intermediate 1
試料
  • 複合体: CryoEM Structure of AceCas9 (Cleavage intermediate 1)
    • 複合体: CRISPR-associated endonuclease, Csn1 family/RNA
      • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease, Csn1 family
      • RNA: Single guide RNA (106-MER)
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA target strand (5'-D(*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*AP*TP*A)-3')
      • DNA: DNA target strand (5'-D(P*CP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*T)-3')
      • DNA: DNA non-target strand (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*T)-3')
      • DNA: DNA non-target strand (5'-D(P*AP*GP*A)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water
キーワードCas9 / AcCas9 / Crispr / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / defense response to virus / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated endonuclease Cas9, beta-hairpin domain / Cas9 C-terminal domain / Cas9, topo homolgy domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9 beta-hairpin domain / Topo homolgy domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9 C-terminal domain / : / Cas9, alpha-helical lobe domain / Cas9 alpha-helical lobe domain / HNH endonuclease ...CRISPR-associated endonuclease Cas9, beta-hairpin domain / Cas9 C-terminal domain / Cas9, topo homolgy domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9 beta-hairpin domain / Topo homolgy domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9 C-terminal domain / : / Cas9, alpha-helical lobe domain / Cas9 alpha-helical lobe domain / HNH endonuclease / HNH endonuclease / RuvC endonuclease subdomain 3 / RuvC endonuclease subdomain 3 / HNH nucleases / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated endonuclease, Csn1 family
類似検索 - 構成要素
生物種Acidothermus cellulolyticus 11B (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Rai J / Das A / Li H
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM101343 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM099604 米国
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2023
タイトル: Coupled catalytic states and the role of metal coordination in Cas9.
著者: Das A / Rai J / Roth MO / Shu Y / Medina ML / Barakat MR / Li H
履歴
登録2022年5月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月20日-
マップ公開2023年12月20日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27142.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27142.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 107.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈AcCas9 Cleavage intermediate 1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 304 pix.
= 250.8 Å		0.83 Å/pix.
x 304 pix.
= 250.8 Å		0.83 Å/pix.
x 304 pix.
= 250.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.019
最小 - 最大-0.11026953 - 0.23197387
平均 (標準偏差)0.00006729396 (±0.0056092893)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ304304304
Spacing304304304
セルA=B=C: 250.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Halfmap1

ファイルemd_27142_half_map_1.map
注釈Halfmap1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Halfmap2

ファイルemd_27142_half_map_2.map
注釈Halfmap2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CryoEM Structure of AceCas9 (Cleavage intermediate 1)

全体名称: CryoEM Structure of AceCas9 (Cleavage intermediate 1)
要素
  • 複合体: CryoEM Structure of AceCas9 (Cleavage intermediate 1)
    • 複合体: CRISPR-associated endonuclease, Csn1 family/RNA
      • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease, Csn1 family
      • RNA: Single guide RNA (106-MER)
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA target strand (5'-D(*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*AP*TP*A)-3')
      • DNA: DNA target strand (5'-D(P*CP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*T)-3')
      • DNA: DNA non-target strand (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*T)-3')
      • DNA: DNA non-target strand (5'-D(P*AP*GP*A)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: CryoEM Structure of AceCas9 (Cleavage intermediate 1)

超分子名称: CryoEM Structure of AceCas9 (Cleavage intermediate 1)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6

+
超分子 #2: CRISPR-associated endonuclease, Csn1 family/RNA

超分子名称: CRISPR-associated endonuclease, Csn1 family/RNA / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Acidothermus cellulolyticus 11B (バクテリア)

+
超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#6

+
分子 #1: CRISPR-associated endonuclease, Csn1 family

分子名称: CRISPR-associated endonuclease, Csn1 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acidothermus cellulolyticus 11B (バクテリア)
株: ATCC 43068 / DSM 8971 / 11B
分子量理論値: 127.498094 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGGSEVGTVP VTWRLGVDVG ERSIGLAAVS YEEDKPKEIL AAVSWIHDGG VGDERSGASR LALRGMARRA RRLRRFRRAR LRDLDMLLS ELGWTPLPDK NVSPVDAWLA RKRLAEEYVV DETERRRLLG YAVSHMARHR GWRNPWTTIK DLKNLPQPSD S WERTRESL ...文字列:
MGGSEVGTVP VTWRLGVDVG ERSIGLAAVS YEEDKPKEIL AAVSWIHDGG VGDERSGASR LALRGMARRA RRLRRFRRAR LRDLDMLLS ELGWTPLPDK NVSPVDAWLA RKRLAEEYVV DETERRRLLG YAVSHMARHR GWRNPWTTIK DLKNLPQPSD S WERTRESL EARYSVSLEP GTVGQWAGYL LQRAPGIRLN PTQQSAGRRA ELSNATAFET RLRQEDVLWE LRCIADVQGL PE DVVSNVI DAVFCQKRPS VPAERIGRDP LDPSQLRASR ACLEFQEYRI VAAVANLRIR DGSGSRPLSL EERNAVIEAL LAQ TERSLT WSDIALEILK LPNESDLTSV PEEDGPSSLA YSQFAPFDET SARIAEFIAK NRRKIPTFAQ WWQEQDRTSR SDLV AALAD NSIAGEEEQE LLVHLPDAEL EALEGLALPS GRVAYSRLTL SGLTRVMRDD GVDVHNARKT CFGVDDNWRP PLPAL HEAT GHPVVDRNLA ILRKFLSSAT MRWGPPQSIV VELARGASES RERQAEEEAA RRAHRKANDR IRAELRASGL SDPSPA DLV RARLLELYDC HCMYCGAPIS WENSELDHIV PRTDGGSNRH ENLAITCGAC NKEKGRRPFA SWAETSNRVQ LRDVIDR VQ KLKYSGNMYW TRDEFSRYKK SVVARLKRRT SDPEVIQSIE STGYAAVALR DRLLSYGEKN GVAQVAVFRG GVTAEARR W LDISIERLFS RVAIFAQSTS TKRLDRRHHA VDAVVLTTLT PGVAKTLADA RSRRVSAEFW RRPSDVNRHS TEEPQSPAY RQWKESCSGL GDLLISTAAR DSIAVAAPLR LRPTGALHEE TLRAFSEHTV GAAWKGAELR RIVEPEVYAA FLALTDPGGR FLKVSPSED VLPADENRHI VLSDRVLGPR DRVKLFPDDR GSIRVRGGAA YIASFHHARV FRWGSSHSPS FALLRVSLAD L AVAGLLRD GVDVFTAELP PWTPAWRYAS IALVKAVESG DAKQVGWLVP GDELDFGPEG VTTAAGDLSM FLKYFPERHW VV TGFEDDK RINLKPAFLS AEQAEVLRTE RSDRPDTLTE AGEILAQFFP RCWRATVAKV LCHPGLTVIR RTALGQPRWR RGH LPYSWR PWSADPWSGG TP

UniProtKB: CRISPR-associated endonuclease, Csn1 family

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分子 #2: Single guide RNA (106-MER)

分子名称: Single guide RNA (106-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Acidothermus cellulolyticus 11B (バクテリア)
株: ATCC 43068 / DSM 8971 / 11B
分子量理論値: 34.390289 KDa
配列文字列:
(GTP)GUAGGAUGG CAAGAUCCUG GUAUGCUGGG GAGCCUGAAA AGGCUACCUA GCAAGACCCC UUCGUGGGGU CGCAUU CUU CACCCCCUCG CAGCAGCGAG GGGGUUC

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分子 #3: DNA target strand (5'-D(*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*AP*TP*A)-3')

分子名称: DNA target strand (5'-D(*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*AP*TP*A)-3')
タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 4.021632 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT) (DA)(DT)(DA)

+
分子 #4: DNA target strand (5'-D(P*CP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*...

分子名称: DNA target strand (5'-D(P*CP*CP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*T)-3')
タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 7.216654 KDa
配列文字列:
(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DT) (DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC) (DC)(DT)(DC)(DT)

+
分子 #5: DNA non-target strand (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*GP*CP...

分子名称: DNA non-target strand (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*T)-3')
タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 3.919588 KDa
配列文字列:
(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA) (DG)(DC)(DT)

+
分子 #6: DNA non-target strand (5'-D(P*AP*GP*A)-3')

分子名称: DNA non-target strand (5'-D(P*AP*GP*A)-3') / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 910.662 Da
配列文字列:
(DA)(DG)(DA)

+
分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 10 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 341 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 196600
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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