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万見
- EMDB-26962: Cryo-EM of self-assembling compound pBP-NBD -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26962
タイトルCryo-EM of self-assembling compound pBP-NBD
マップデータCryo-EM of compound nanotube pBP-NBD
試料
  • 複合体: compound pBP-NBD
キーワードcompound / nanofibers / self-assembly filament / TOXIN
生物種synthetic construct (人工物)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wang F / Yi M / Xu B / Egelman EH
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122510 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)K99GM138756 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA142746 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-2011846 米国
引用ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2022
タイトル: Enzyme Responsive Rigid-Rod Aromatics Target "Undruggable" Phosphatases to Kill Cancer Cells in a Mimetic Bone Microenvironment.
著者: Meihui Yi / Fengbin Wang / Weiyi Tan / Jer-Tsong Hsieh / Edward H Egelman / Bing Xu /
要旨: Bone metastasis remains a challenge in cancer treatment. Here we show enzymatic responsive rigid-rod aromatics acting as the substrates of "undruggable" phosphatases to kill cancer cells in a mimetic ...Bone metastasis remains a challenge in cancer treatment. Here we show enzymatic responsive rigid-rod aromatics acting as the substrates of "undruggable" phosphatases to kill cancer cells in a mimetic bone microenvironment. By phosphorylation and conjugating nitrobenzoxadiazole (NBD) to hydroxybiphenylcarboxylate (BP), we obtained pBP-NBD () as a substrate of both acid and alkaline phosphatases. effectively kills both metastatic castration-resistant prostate cancer cells (mCRPCs) and osteoblast mimic cells in their coculture. enters Saos2 almost instantly to target the endoplasmic reticulum (ER) of the cells. Co-culturing with Saos2 cells boosts the cellular uptake of by mCRPCs. Cryo-EM reveals the nanotube structures of both (2.4 Å resolution, pH 5.6) and (2.2 Å resolution, pH 7.4). The helical packing of both nanotubes is identical, held together by strong pi-stacking interactions. Besides reporting the atomistic structure of nanotubes formed by the assembly of rigid-rod aromatics, this work expands the pool of molecules for designing EISA substrates that selectively target TME.
履歴
登録2022年5月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月19日-
マップ公開2022年10月19日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26962.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26962.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM of compound nanotube pBP-NBD
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.38
最小 - 最大-0.5516905 - 1.1550341
平均 (標準偏差)0.0038226151 (±0.04114164)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half A

ファイルemd_26962_half_map_1.map
注釈half A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half B

ファイルemd_26962_half_map_2.map
注釈half B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : compound pBP-NBD

全体名称: compound pBP-NBD
要素
  • 複合体: compound pBP-NBD

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超分子 #1: compound pBP-NBD

超分子名称: compound pBP-NBD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物) / Synthetically produced: Yes

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 5.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 2.35 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 16.35 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C7 (7回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 889335
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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