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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26657 | ||||||||||||
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タイトル | 50S E. coli ribosome bound to streptogramins VM2 and VS1 | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | E. coli ribosome / streptogramin A / streptogramin B / antibiotics / RIBOSOME | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.29 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Pellegrino J / Lee DJ | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: 50S E. coli ribosome bound to streptogramins VM2 and VS1 著者: Pellegrino J / Lee DJ / Seiple IB / Fraser JS | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26657.map.gz | 442 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26657-v30.xml emd-26657.xml | 11.7 KB 11.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26657.png | 164.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26657.cif.gz | 3.6 KB | ||
その他 | emd_26657_half_map_1.map.gz emd_26657_half_map_2.map.gz | 112.1 MB 112.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26657 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26657 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26657_validation.pdf.gz | 872.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26657_full_validation.pdf.gz | 872.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26657_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26657_validation.cif.gz | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26657 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26657 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-11024 (タイトル: E. coli 50S ribosome bound to compounds VM2 and VS1 Data size: 1.3 TB Data #1: Unaligned movies of 50S ribosome bound to VM2 and VS1 [micrographs - single frame] Data #2: Aligned, motioncorrected micrographs of 50S ribosome bound to VM2 and VS1 [micrographs - multiframe]) |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26657.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.665 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_26657_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_26657_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 50S E. coli ribosome bound to streptogramins VM2 and VS1
全体 | 名称: 50S E. coli ribosome bound to streptogramins VM2 and VS1 |
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要素 |
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-超分子 #1: 50S E. coli ribosome bound to streptogramins VM2 and VS1
超分子 | 名称: 50S E. coli ribosome bound to streptogramins VM2 and VS1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 69.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm / 倍率(公称値): 130000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 134924 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |