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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26598 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of Go-coupled 5-HT5AR in complex with Lisuride | |||||||||
マップデータ | primary map | |||||||||
試料 |
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キーワード | GPCR / Lisuride / active state / MEMBRANE PROTEIN / 5-HT5AR / HTR5A / Go | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / Serotonin receptors / serotonin binding / G protein-coupled serotonin receptor activity / postsynaptic specialization membrane / neurotransmitter receptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / hippocampus development / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway ...adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / Serotonin receptors / serotonin binding / G protein-coupled serotonin receptor activity / postsynaptic specialization membrane / neurotransmitter receptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / hippocampus development / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G beta:gamma signalling through CDC42 / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Glucagon-type ligand receptors / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / G alpha (z) signalling events / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / cellular response to catecholamine stimulus / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / GPER1 signaling / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / cellular response to prostaglandin E stimulus / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / response to estradiol / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / perikaryon / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / dendrite / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.79 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang S / Fay JF / Roth BL | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022 タイトル: Inactive and active state structures template selective tools for the human 5-HT receptor. 著者: Shicheng Zhang / He Chen / Chengwei Zhang / Ying Yang / Petr Popov / Jing Liu / Brian E Krumm / Can Cao / Kuglae Kim / Yan Xiong / Vsevolod Katritch / Brian K Shoichet / Jian Jin / Jonathan F ...著者: Shicheng Zhang / He Chen / Chengwei Zhang / Ying Yang / Petr Popov / Jing Liu / Brian E Krumm / Can Cao / Kuglae Kim / Yan Xiong / Vsevolod Katritch / Brian K Shoichet / Jian Jin / Jonathan F Fay / Bryan L Roth / 要旨: Serotonin receptors are important targets for established therapeutics and drug development as they are expressed throughout the human body and play key roles in cell signaling. There are 12 ...Serotonin receptors are important targets for established therapeutics and drug development as they are expressed throughout the human body and play key roles in cell signaling. There are 12 serotonergic G protein-coupled receptor members encoded in the human genome, of which the 5-hydroxytryptamine (5-HT) receptor (5-HTR) is the least understood and lacks selective tool compounds. Here, we report four high-resolution (2.73-2.80 Å) structures of human 5-HTRs, including an inactive state structure bound to an antagonist AS2674723 by crystallization and active state structures bound to a partial agonist lisuride and two full agonists, 5-carboxamidotryptamine (5-CT) and methylergometrine, by cryo-EM. Leveraging the new structures, we developed a highly selective and potent antagonist for 5-HTR. Collectively, these findings both enhance our understanding of this enigmatic receptor and provide a roadmap for structure-based drug discovery for 5-HTR. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26598.map.gz | 54.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26598-v30.xml emd-26598.xml | 20.9 KB 20.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26598_fsc.xml | 13.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26598.png | 67.2 KB | ||
マスクデータ | emd_26598_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-26598.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_26598_half_map_1.map.gz emd_26598_half_map_2.map.gz | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26598 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26598 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26598_validation.pdf.gz | 814 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26598_full_validation.pdf.gz | 813.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26598_validation.xml.gz | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26598_validation.cif.gz | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26598 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26598 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7um6MC 7um4C 7um5C 7um7C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-11036 (タイトル: CryoEM structure of Go-coupled 5-HT5AR in complex with Lisuride Data size: 406.8 Data #1: Aligned multi-frame micrographs [micrographs - single frame]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26598.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | primary map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.91 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_26598_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_26598_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_26598_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Go-coupled 5-HT5AR complex
全体 | 名称: Go-coupled 5-HT5AR complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Go-coupled 5-HT5AR complex
超分子 | 名称: Go-coupled 5-HT5AR complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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-超分子 #2: 5-hydroxytryptamine receptor 5A, miniGo protein, Guanine nucleoti...
超分子 | 名称: 5-hydroxytryptamine receptor 5A, miniGo protein, Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1, Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Single-chain variable fragment scFv16
超分子 | 名称: Single-chain variable fragment scFv16 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: 5-hydroxytryptamine receptor 5A
分子 | 名称: 5-hydroxytryptamine receptor 5A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 36.884168 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: SSPLLSVFGV LILTLLGFLV AATFAWNLLV LATILRVRTF HRVPHNLVAS MAVSDVLVAA LVMPLSLVHE LSGRRWQLGR RLCQLWIAC DVLCCTASIW NVTAIALDRY WSITRPMEYT LRTRKCVSNV MIALTWALSA VISLAPLLFG WGETYSEGSE E CQVSREPS ...文字列: SSPLLSVFGV LILTLLGFLV AATFAWNLLV LATILRVRTF HRVPHNLVAS MAVSDVLVAA LVMPLSLVHE LSGRRWQLGR RLCQLWIAC DVLCCTASIW NVTAIALDRY WSITRPMEYT LRTRKCVSNV MIALTWALSA VISLAPLLFG WGETYSEGSE E CQVSREPS YAVFSTVGAF YLPLCVVLFV YWKIYKAAKF RVGSRKTNSV SPISEAVEVK DSAKQPQMVF TVRHATVTFQ PE GDTWREQ KEQRAALMVG ILIGVFVLCW IPFFLTELIS PLCSCDIPAI WKSIFLWLGY SNSFFNPLIY TAFNKNYNSA FKN FFSRQH UniProtKB: 5-hydroxytryptamine receptor 5A |
-分子 #2: miniGo protein
分子 | 名称: miniGo protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.159777 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: TLSAEDKAAV ERSKMIEKNL KEDGISAAKD VKLLLLGADN SGKSTIVKQM KIIHGGSGGS GGTTGIVETH FTFKNLHFRL FDVGGQRSE RKKWIHCFED VTAIIFCVDL SDYNRMHESL MLFDSICNNK FFIDTSIILF LNKKDLFGEK IKKSPLTICF P EYTGPNTY ...文字列: TLSAEDKAAV ERSKMIEKNL KEDGISAAKD VKLLLLGADN SGKSTIVKQM KIIHGGSGGS GGTTGIVETH FTFKNLHFRL FDVGGQRSE RKKWIHCFED VTAIIFCVDL SDYNRMHESL MLFDSICNNK FFIDTSIILF LNKKDLFGEK IKKSPLTICF P EYTGPNTY EDAAAYIQAQ FESKNRSPNK EIYCHMTCAT DTNNAQVIFD AVTDIIIANN LRGCGLY |
-分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 37.285734 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: SELDQLRQEA EQLKNQIRDA RKACADATLS QITNNIDPVG RIQMRTRRTL RGHLAKIYAM HWGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKV HAIPLRSSWV MTCAYAPSGN YVACGGLDNI CSIYNLKTRE GNVRVSRELA GHTGYLSCCR FLDDNQIVTS S GDTTCALW ...文字列: SELDQLRQEA EQLKNQIRDA RKACADATLS QITNNIDPVG RIQMRTRRTL RGHLAKIYAM HWGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKV HAIPLRSSWV MTCAYAPSGN YVACGGLDNI CSIYNLKTRE GNVRVSRELA GHTGYLSCCR FLDDNQIVTS S GDTTCALW DIETGQQTTT FTGHTGDVMS LSLAPDTRLF VSGACDASAK LWDVREGMCR QTFTGHESDI NAICFFPNGN AF ATGSDDA TCRLFDLRAD QELMTYSHDN IICGITSVSF SKSGRLLLAG YDDFNCNVWD ALKADRAGVL AGHDNRVSCL GVT DDGMAV ATGSWDSFLK IWN UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 |
-分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 7.861143 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 |
-分子 #5: Single-chain variable fragment scFv16
分子 | 名称: Single-chain variable fragment scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 26.679721 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KAAA |
-分子 #6: N,N-diethyl-N'-[(8alpha)-6-methyl-9,10-didehydroergolin-8-yl]urea
分子 | 名称: N,N-diethyl-N'-[(8alpha)-6-methyl-9,10-didehydroergolin-8-yl]urea タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: H8G |
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分子量 | 理論値: 338.447 Da |
Chemical component information | ChemComp-H8G: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 10 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 43.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.211 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.14300000000000002 µm |