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- EMDB-26396: CryoET of E. coli prepared with the Waffle Method -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26396
タイトルCryoET of E. coli prepared with the Waffle Method
マップデータE. coli waffle lamella tomogram from Appion-Protomo alignment. Pixelsize is actually 8.30616; ignore the filename.
試料
  • 細胞: E. coli BL21 (DE3) cells
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Kelley K / Raczkowski AM / Klykov O / Jaroenlak P / Bobe D / Kopylov M / Eng ET / Bhabha G / Potter CS / Carragher B / Noble AJ
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM128303 米国
Simons FoundationSF349247 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM139171 米国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Waffle Method: A general and flexible approach for improving throughput in FIB-milling.
著者: Kotaro Kelley / Ashleigh M Raczkowski / Oleg Klykov / Pattana Jaroenlak / Daija Bobe / Mykhailo Kopylov / Edward T Eng / Gira Bhabha / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Alex J Noble /
要旨: Cryo-FIB/SEM combined with cryo-ET has emerged from within the field of cryo-EM as the method for obtaining the highest resolution structural information of complex biological samples in-situ in ...Cryo-FIB/SEM combined with cryo-ET has emerged from within the field of cryo-EM as the method for obtaining the highest resolution structural information of complex biological samples in-situ in native and non-native environments. However, challenges remain in conventional cryo-FIB/SEM workflows, including milling thick specimens with vitrification issues, specimens with preferred orientation, low-throughput when milling small and/or low concentration specimens, and specimens that distribute poorly across grid squares. Here we present a general approach called the 'Waffle Method' which leverages high-pressure freezing to address these challenges. We illustrate the mitigation of these challenges by applying the Waffle Method and cryo-ET to reveal the macrostructure of the polar tube in microsporidian spores in multiple complementary orientations, which was previously not possible due to preferred orientation. We demonstrate the broadness of the Waffle Method by applying it to three additional cellular samples and a single particle sample using a variety of cryo-FIB-milling hardware, with manual and automated approaches. We also present a unique and critical stress-relief gap designed specifically for waffled lamellae. We propose the Waffle Method as a way to achieve many advantages of cryo-liftout on the specimen grid while avoiding the long, challenging, and technically-demanding process required for cryo-liftout.
#1: ジャーナル: BioRxiv / 年: 2021
タイトル: Waffle Method: A general and flexible approach for improving throughput in FIB-milling
著者: Kelley K / Raczkowski AM / Klykov O / Jaroenlak P / Bobe D / Kopylov M / Eng ET / Bhabha G / Potter CS / Carragher B / Noble AJ
履歴
登録2022年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月23日-
マップ公開2022年3月23日-
更新2022年4月20日-
現状2022年4月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26396.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26396.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 9.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈E. coli waffle lamella tomogram from Appion-Protomo alignment. Pixelsize is actually 8.30616; ignore the filename.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.31 Å/pix.
x 844 pix.
= 7010.399 Å		8.31 Å/pix.
x 1471 pix.
= 12218.361 Å		8.31 Å/pix.
x 2016 pix.
= 16745.219 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.30616 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-23.368406 - 10.956615
平均 (標準偏差)-4.6309442e-10 (±0.9999998)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-422
サイズ14712016844
Spacing20161471844
セルA: 16745.219 Å / B: 12218.361 Å / C: 7010.399 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : E. coli BL21 (DE3) cells

全体名称: E. coli BL21 (DE3) cells
要素
  • 細胞: E. coli BL21 (DE3) cells

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超分子 #1: E. coli BL21 (DE3) cells

超分子名称: E. coli BL21 (DE3) cells / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: NITROGEN / 詳細: HPF.
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: The value given for _emd_high_pressure_freezing.instrument is Wohlwend HPF Compact 01. This is not in a list of allowed values {'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'LEICA EM HPM100', 'OTHER', ...詳細: The value given for _emd_high_pressure_freezing.instrument is Wohlwend HPF Compact 01. This is not in a list of allowed values {'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'LEICA EM HPM100', 'OTHER', 'LEICA EM PACT', 'BAL-TEC HPM 010', 'LEICA EM PACT2'} so OTHER is written into the XML file.
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 3 nA / 集束イオンビーム - 時間: 3600 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 70 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 10000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200 nm
集束イオンビーム - 詳細: Waffle Method. The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is TFS Aquilos 2. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER ...集束イオンビーム - 詳細: Waffle Method. The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is TFS Aquilos 2. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 4.87 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / ソフトウェア - 名称: TOMO3D (ver. Jan 2015) / ソフトウェア - 詳細: Dose weighted / 使用した粒子像数: 36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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