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万見
- EMDB-26382: IL-27 quaternary receptor signaling complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26382
タイトルIL-27 quaternary receptor signaling complex
マップデータSharpened Map
試料
  • 複合体: IL-27 quaternary receptor signaling complex
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-27 receptor subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-6 receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-27 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-27 subunit alpha
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-27 receptor binding / regulation of T-helper 1 cell differentiation / negative regulation of T cell extravasation / negative regulation of T-helper 17 type immune response / oncostatin-M-mediated signaling pathway / interleukin-27 receptor activity / ciliary neurotrophic factor receptor activity / leukemia inhibitory factor signaling pathway / negative regulation of type 2 immune response / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway ...interleukin-27 receptor binding / regulation of T-helper 1 cell differentiation / negative regulation of T cell extravasation / negative regulation of T-helper 17 type immune response / oncostatin-M-mediated signaling pathway / interleukin-27 receptor activity / ciliary neurotrophic factor receptor activity / leukemia inhibitory factor signaling pathway / negative regulation of type 2 immune response / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / oncostatin-M receptor complex / regulation of isotype switching to IgG isotypes / ciliary neurotrophic factor receptor binding / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-27-mediated signaling pathway / interleukin-6 receptor complex / response to Gram-positive bacterium / interleukin-11-mediated signaling pathway / positive regulation of T-helper 1 type immune response / T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of adaptive immune response / positive regulation of acute inflammatory response / positive regulation of astrocyte differentiation / intestinal epithelial cell development / positive regulation of platelet aggregation / negative regulation of interleukin-17 production / Interleukin-27 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-35 Signalling / cytokine receptor activity / T-helper 1 type immune response / glycogen metabolic process / Interleukin-6 signaling / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / regulation of T cell proliferation / protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / MAPK3 (ERK1) activation / cytokine binding / growth factor binding / MAPK1 (ERK2) activation / negative regulation of interleukin-6 production / humoral immune response / negative regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of defense response to virus by host / coreceptor activity / positive regulation of T cell proliferation / T cell proliferation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / response to cytokine / cytokine activity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of type II interferon production / transmembrane signaling receptor activity / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / immune response / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-27 alpha / : / : / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site ...Interleukin-27 alpha / : / : / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / : / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-6 receptor subunit beta / Interleukin-27 subunit beta / Interleukin-27 receptor subunit alpha / Interleukin-27 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å
データ登録者Caveney NA / Glassman CR / Jude KM / Tsutsumi N / Garcia KC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI51321 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Structure of the IL-27 quaternary receptor signaling complex.
著者: Nathanael A Caveney / Caleb R Glassman / Kevin M Jude / Naotaka Tsutsumi / K Christopher Garcia /
要旨: Interleukin 27 (IL-27) is a heterodimeric cytokine that functions to constrain T cell-mediated inflammation and plays an important role in immune homeostasis. Binding of IL-27 to cell surface ...Interleukin 27 (IL-27) is a heterodimeric cytokine that functions to constrain T cell-mediated inflammation and plays an important role in immune homeostasis. Binding of IL-27 to cell surface receptors, IL-27Rα and gp130, results in activation of receptor-associated Janus Kinases and nuclear translocation of Signal Transducer and Activator of Transcription 1 (STAT1) and STAT3 transcription factors. Despite the emerging therapeutic importance of this cytokine axis in cancer and autoimmunity, a molecular blueprint of the IL-27 receptor signaling complex, and its relation to other gp130/IL-12 family cytokines, is currently unclear. We used cryogenic-electron microscopy to determine the quaternary structure of IL-27, composed of p28 and Epstein-Barr Virus-Induced 3 (Ebi3) subunits, bound to receptors, IL-27Rα and gp130. The resulting 3.47 Å resolution structure revealed a three-site assembly mechanism nucleated by the central p28 subunit of the cytokine. The overall topology and molecular details of this binding are reminiscent of IL-6 but distinct from related heterodimeric cytokines IL-12 and IL-23. These results indicate distinct receptor assembly mechanisms used by heterodimeric cytokines with important consequences for targeted agonism and antagonism of IL-27 signaling.
履歴
登録2022年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月25日-
マップ公開2022年5月25日-
更新2022年5月25日-
現状2022年5月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26382.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26382.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened Map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 214.784 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 214.784 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 214.784 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.839 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.014244547 - 2.1381838
平均 (標準偏差)0.0016247702 (±0.026853707)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 214.784 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_26382_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: IL-27 quaternary receptor signaling complex

ファイルemd_26382_half_map_1.map
注釈IL-27 quaternary receptor signaling complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: IL-27 quaternary receptor signaling complex

ファイルemd_26382_half_map_2.map
注釈IL-27 quaternary receptor signaling complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : IL-27 quaternary receptor signaling complex

全体名称: IL-27 quaternary receptor signaling complex
要素
  • 複合体: IL-27 quaternary receptor signaling complex
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-27 receptor subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-6 receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-27 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-27 subunit alpha
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: IL-27 quaternary receptor signaling complex

超分子名称: IL-27 quaternary receptor signaling complex / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Interleukin-27 receptor subunit alpha

分子名称: Interleukin-27 receptor subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.053055 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AGPLQCYGVG PLGDLNCSWE PLGDLGAPSE LHLQSQKYRS NKTQTVAVAA GRSWVAIPRE QLTMSDKLLV WGTKAGQPLW PPVFVNLET QMKPNAPRLG PDVDFSEDDP LEATVHWAPP TWPSHKVLIC QFHYRRCQEA AWTLLEPELK TIPLTPVEIQ D LELATGYK ...文字列:
AGPLQCYGVG PLGDLNCSWE PLGDLGAPSE LHLQSQKYRS NKTQTVAVAA GRSWVAIPRE QLTMSDKLLV WGTKAGQPLW PPVFVNLET QMKPNAPRLG PDVDFSEDDP LEATVHWAPP TWPSHKVLIC QFHYRRCQEA AWTLLEPELK TIPLTPVEIQ D LELATGYK VYGRCRMEKE EDLWGEWSPI LSFQTPPS

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分子 #2: Interleukin-6 receptor subunit beta

分子名称: Interleukin-6 receptor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.099535 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ELLDPCGYIS PESPVVQLHS NFTAVCVLKE KCMDYFHVNA NYIVWKTNHF TIPKEQYTII NRTASSVTFT DIASLNIQLT CNILTFGQL EQNVYGITII SGLPPEKPKN LSCIVNEGKK MRCEWDGGRE THLETNFTLK SEWATHKFAD CKAKRDTPTS C TVDYSTVY ...文字列:
ELLDPCGYIS PESPVVQLHS NFTAVCVLKE KCMDYFHVNA NYIVWKTNHF TIPKEQYTII NRTASSVTFT DIASLNIQLT CNILTFGQL EQNVYGITII SGLPPEKPKN LSCIVNEGKK MRCEWDGGRE THLETNFTLK SEWATHKFAD CKAKRDTPTS C TVDYSTVY FVNIEVWVEA ENALGKVTSD HINFDPVYKV KPNPPHNLSV INSEELSSIL KLTWTNPSIK SVIILKYNIQ YR TKDASTW SQIPPEDTAS TRSSFTVQDL KPFTEYVFRI RCMKEDGKGY WSDWSEEASG IT

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分子 #3: Interleukin-27 subunit beta

分子名称: Interleukin-27 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.209553 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RKGPPAALTL PRVQCRASRY PIAVDCSWTL PPAPNSTSPV SFIATYRLGM AARGHSWPCL QQTPTSTSCT ITDVQLFSMA PYVLNVTAV HPWGSSSSFV PFITEHIIKP DPPEGVRLSP LAERQLQVQW EPPGSWPFPE IFSLKYWIRY KRQGAARFHR V GPIEATSF ...文字列:
RKGPPAALTL PRVQCRASRY PIAVDCSWTL PPAPNSTSPV SFIATYRLGM AARGHSWPCL QQTPTSTSCT ITDVQLFSMA PYVLNVTAV HPWGSSSSFV PFITEHIIKP DPPEGVRLSP LAERQLQVQW EPPGSWPFPE IFSLKYWIRY KRQGAARFHR V GPIEATSF ILRAVRPRAR YYVQVAAQDL TDYGELSDWS LPATATMSLG

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分子 #4: Interleukin-27 subunit alpha

分子名称: Interleukin-27 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.56216 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: FPRPPGRPQL SLQELRREFT VSLHLARKLL SEVRGQAHRF AESHLPGVNL YLLPLGEQLP DVSLTFQAWR RLSDPERLCF ISTTLQPFH ALLGGLGTQG RWTNMERMQL WAMRLDLRDL QRHLRFQVLA AGFNLPEEEE EEEEEEEEER KGLLPGALGS A LQGPAQVS ...文字列:
FPRPPGRPQL SLQELRREFT VSLHLARKLL SEVRGQAHRF AESHLPGVNL YLLPLGEQLP DVSLTFQAWR RLSDPERLCF ISTTLQPFH ALLGGLGTQG RWTNMERMQL WAMRLDLRDL QRHLRFQVLA AGFNLPEEEE EEEEEEEEER KGLLPGALGS A LQGPAQVS WPQLLSTYRL LHSLELVLSR AVRELLLLSK AGHSVWPLGF PTLSPQP

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES pH 8.0
150.0 mMSodium ChlorideNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: The grids were blotted for 3 seconds with an offset of 3..

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6387370
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 548147
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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