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万見
- EMDB-25485: In situ cryo-electron tomography reveals local cellular machineri... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25485
タイトルIn situ cryo-electron tomography reveals local cellular machineries for axon branch development (premature branch)
マップデータTomogram of premature axon branch of hippocampal neuron.
試料
  • 細胞: Primary hippocampal neuron from mouse
キーワードIn situ / cryo-ET / cryo-EM / tomography / Axon branch / Neuron / actin / microtubules / cytoskeleton / ER / ribosome / mitochondria / branching / hippocampus / CELL ADHESION
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Nedozralova H / Basnet N / Ibiricu I / Bodakuntla S / Biertumpfel C / Mizuno N
資金援助 ドイツ, 5件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)724209 ドイツ
Max Planck Society ドイツ
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI) ドイツ
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS) ドイツ
Boehringer Ingelheim Fonds (BIF) ドイツ
引用ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2022
タイトル: In situ cryo-electron tomography reveals local cellular machineries for axon branch development.
著者: Hana Nedozralova / Nirakar Basnet / Iosune Ibiricu / Satish Bodakuntla / Christian Biertümpfel / Naoko Mizuno /
要旨: Neurons are highly polarized cells forming an intricate network of dendrites and axons. They are shaped by the dynamic reorganization of cytoskeleton components and cellular organelles. Axon ...Neurons are highly polarized cells forming an intricate network of dendrites and axons. They are shaped by the dynamic reorganization of cytoskeleton components and cellular organelles. Axon branching allows the formation of new paths and increases circuit complexity. However, our understanding of branch formation is sparse due to the lack of direct in-depth observations. Using in situ cellular cryo-electron tomography on primary mouse neurons, we directly visualized the remodeling of organelles and cytoskeleton structures at axon branches. Strikingly, branched areas functioned as hotspots concentrating organelles to support dynamic activities. Unaligned actin filaments assembled at the base of premature branches accompanied by filopodia-like protrusions. Microtubules and ER comigrated into preformed branches to support outgrowth together with accumulating compact, ∼500-nm mitochondria and locally clustered ribosomes. We obtained a roadmap of events supporting the hypothesis of local protein synthesis selectively taking place at axon branches, allowing them to serve as unique control hubs for axon development and downstream neural network formation.
履歴
登録2021年11月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月9日-
マップ公開2022年3月9日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_25485.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25485.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.5 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tomogram of premature axon branch of hippocampal neuron.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
21.84 Å/pix.
x 464 pix.
= 10133.76 Å		21.84 Å/pix.
x 928 pix.
= 20267.52 Å		21.84 Å/pix.
x 928 pix.
= 20267.52 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 21.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-10.516254 - 10.742527000000001
平均 (標準偏差)0.20828003 (±0.51485527)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-42
サイズ928928464
Spacing928928464
セルA: 20267.52 Å / B: 20267.52 Å / C: 10133.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z21.8421.8421.84
M x/y/z928928464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z20267.52020267.52010133.760
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00-42
NC/NR/NS928928464
D min/max/mean-10.51610.7430.208

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Primary hippocampal neuron from mouse

全体名称: Primary hippocampal neuron from mouse
要素
  • 細胞: Primary hippocampal neuron from mouse

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超分子 #1: Primary hippocampal neuron from mouse

超分子名称: Primary hippocampal neuron from mouse / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Premature axon branch
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: CD-1 / 器官: brain / 組織: hippocampal neurons

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細embryonic neurons grown on gold EM grid
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
詳細Phase plate
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 90.0 e/Å2 / 詳細: 90 e-/A^2 total dose per tilt series
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 26000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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