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- EMDB-25364: RNA-induced tau amyloid fibril -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25364
タイトルRNA-induced tau amyloid fibril
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of tau protein and mouse RNA
    • タンパク質・ペプチド: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau
    • RNA: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
キーワードamyloid fibril / complex / PROTEIN FIBRIL-RNA complex
機能・相同性Activation of AMPK downstream of NMDARs / PKR-mediated signaling / Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus (ネズミ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Abskharon R / Sawaya MR
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)1R01 AG029430 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)RF1 AG054022 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of RNA-induced tau fibrils reveals a small C-terminal core that may nucleate fibril formation.
著者: Romany Abskharon / Michael R Sawaya / David R Boyer / Qin Cao / Binh A Nguyen / Duilio Cascio / David S Eisenberg /
要旨: In neurodegenerative diseases including Alzheimer’s and amyotrophic lateral sclerosis, proteins that bind RNA are found in aggregated forms in autopsied brains. Evidence suggests that RNA aids ...In neurodegenerative diseases including Alzheimer’s and amyotrophic lateral sclerosis, proteins that bind RNA are found in aggregated forms in autopsied brains. Evidence suggests that RNA aids nucleation of these pathological aggregates; however, the mechanism has not been investigated at the level of atomic structure. Here, we present the 3.4-Å resolution structure of fibrils of full-length recombinant tau protein in the presence of RNA, determined by electron cryomicroscopy (cryo-EM). The structure reveals the familiar in-register cross-β amyloid scaffold but with a small fibril core spanning residues Glu391 to Ala426, a region disordered in the fuzzy coat in all previously studied tau polymorphs. RNA is bound on the fibril surface to the positively charged residues Arg406 and His407 and runs parallel to the fibril axis. The fibrils dissolve when RNase is added, showing that RNA is necessary for fibril integrity. While this structure cannot exist simultaneously with the tau fibril structures extracted from patients’ brains, it could conceivably account for the nucleating effects of RNA cofactors followed by remodeling as fibrils mature.
履歴
登録2021年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月30日-
マップ公開2022年3月30日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25364.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25364.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.06 Å/pix.
x 128 pix.
= 135.68 Å		1.06 Å/pix.
x 128 pix.
= 135.68 Å		1.06 Å/pix.
x 128 pix.
= 135.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.4
最小 - 最大-13.770206999999999 - 16.329113
平均 (標準偏差)-0.000000000003476 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 135.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of tau protein and mouse RNA

全体名称: Complex of tau protein and mouse RNA
要素
  • 複合体: Complex of tau protein and mouse RNA
    • タンパク質・ペプチド: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau
    • RNA: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

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超分子 #1: Complex of tau protein and mouse RNA

超分子名称: Complex of tau protein and mouse RNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau

分子名称: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.919871 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAEPRQEFEV MEDHAGTYGL GDRKDQGGYT MHQDQEGDTD AGLKESPLQT PTEDGSEEPG SETSDAKSTP TAEDVTAPLV DEGAPGKQA AAQPHTEIPE GTTAEEAGIG DTPSLEDEAA GHVTQARMVS KSKDGTGSDD KKAKGADGKT KIATPRGAAP P GQKGQANA ...文字列:
MAEPRQEFEV MEDHAGTYGL GDRKDQGGYT MHQDQEGDTD AGLKESPLQT PTEDGSEEPG SETSDAKSTP TAEDVTAPLV DEGAPGKQA AAQPHTEIPE GTTAEEAGIG DTPSLEDEAA GHVTQARMVS KSKDGTGSDD KKAKGADGKT KIATPRGAAP P GQKGQANA TRIPAKTPPA PKTPPSSGEP PKSGDRSGYS SPGSPGTPGS RSRTPSLPTP PTREPKKVAV VRTPPKSPSS AK SRLQTAP VPMPDLKNVK SKIGSTENLK HQPGGGKVQI INKKLDLSNV QSKCGSKDNI KHVPGGGSVQ IVYKPVDLSK VTS KCGSLG NIHHKPGGGQ VEVKSEKLDF KDRVQSKIGS LDNITHVPGG GNKKIETHKL TFRENAKAKT DHGAEIVYKS PVVS GDTSP RHLSNVSSTG SIDMVDSPQL ATLADEVSAS LAKQGL

UniProtKB: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau

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分子 #2: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Mus (ネズミ)
分子量理論値: 3.2471 KDa
配列文字列:
AAAAAAAAAA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 名称: ammonium acetate
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 240 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 4728 / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.76 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 2.4 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 178.16 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 26061
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 84.4 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7sp1:
RNA-induced tau amyloid fibril

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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