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- EMDB-2507: Cryo-electron tomography average of an C1-IgG complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2507
タイトルCryo-electron tomography average of an C1-IgG complex
マップデータsymmetric average of membrane bound C1-IgG complexes
試料
  • 試料: DNP-haptenated liposomes, polyconal goat anti-DNP Antibody, human C1 (originating from C4 depleted serum)
  • タンパク質・ペプチド: polyclonal IgG
  • タンパク質・ペプチド: C1
キーワードC1-IgG complex / C1-immune complex / C1 / C1qr2S2 / IgG / classical complement activation
生物種Capra hircus (ヤギ) / Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 66.0 Å
データ登録者Diebolder CA / Beurskens FJ / de Jong RN / Koning RI / Strumane K / Lindorfer MA / Voorhorst M / Ugurlar D / Rosati S / Heck AJR ...Diebolder CA / Beurskens FJ / de Jong RN / Koning RI / Strumane K / Lindorfer MA / Voorhorst M / Ugurlar D / Rosati S / Heck AJR / van de Winkel JGJ / Wilson IA / Koster AJ / Taylor RP / Ollmann-Saphire E / Burton DR / Schuurman J / Gros P / Parren PWHI
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Complement is activated by IgG hexamers assembled at the cell surface.
著者: Christoph A Diebolder / Frank J Beurskens / Rob N de Jong / Roman I Koning / Kristin Strumane / Margaret A Lindorfer / Marleen Voorhorst / Deniz Ugurlar / Sara Rosati / Albert J R Heck / Jan ...著者: Christoph A Diebolder / Frank J Beurskens / Rob N de Jong / Roman I Koning / Kristin Strumane / Margaret A Lindorfer / Marleen Voorhorst / Deniz Ugurlar / Sara Rosati / Albert J R Heck / Jan G J van de Winkel / Ian A Wilson / Abraham J Koster / Ronald P Taylor / Erica Ollmann Saphire / Dennis R Burton / Janine Schuurman / Piet Gros / Paul W H I Parren /
要旨: Complement activation by antibodies bound to pathogens, tumors, and self antigens is a critical feature of natural immune defense, a number of disease processes, and immunotherapies. How antibodies ...Complement activation by antibodies bound to pathogens, tumors, and self antigens is a critical feature of natural immune defense, a number of disease processes, and immunotherapies. How antibodies activate the complement cascade, however, is poorly understood. We found that specific noncovalent interactions between Fc segments of immunoglobulin G (IgG) antibodies resulted in the formation of ordered antibody hexamers after antigen binding on cells. These hexamers recruited and activated C1, the first component of complement, thereby triggering the complement cascade. The interactions between neighboring Fc segments could be manipulated to block, reconstitute, and enhance complement activation and killing of target cells, using all four human IgG subclasses. We offer a general model for understanding antibody-mediated complement activation and the design of antibody therapeutics with enhanced efficacy.
履歴
登録2013年11月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年12月11日-
マップ公開2014年3月26日-
更新2014年3月26日-
現状2014年3月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2507.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2507.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 19.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈symmetric average of membrane bound C1-IgG complexes
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.3 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大0.0 - 1.0
平均 (標準偏差)0.39632428 (±0.09867359)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ174174174
Spacing174174174
セルA=B=C: 748.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.34.34.3
M x/y/z174174174
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z748.200748.200748.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS174174174
D min/max/mean0.0001.0000.396

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : DNP-haptenated liposomes, polyconal goat anti-DNP Antibody, human...

全体名称: DNP-haptenated liposomes, polyconal goat anti-DNP Antibody, human C1 (originating from C4 depleted serum)
要素
  • 試料: DNP-haptenated liposomes, polyconal goat anti-DNP Antibody, human C1 (originating from C4 depleted serum)
  • タンパク質・ペプチド: polyclonal IgG
  • タンパク質・ペプチド: C1

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超分子 #1000: DNP-haptenated liposomes, polyconal goat anti-DNP Antibody, human...

超分子名称: DNP-haptenated liposomes, polyconal goat anti-DNP Antibody, human C1 (originating from C4 depleted serum)
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: one C1 complex binds to one hexamer of membrane bound IgG
Number unique components: 2
分子量理論値: 1.65 MDa

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分子 #1: polyclonal IgG

分子名称: polyclonal IgG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 集合状態: Hexamer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Capra hircus (ヤギ) / 別称: Goat / 組織: blood
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #2: C1

分子名称: C1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: C1r2s2 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 組織: Blood
分子量理論値: 766 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: LEICA EM GP / 手法: Blot 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan Quantum SE/963
日付2012年6月6日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 51 / 平均電子線量: 100 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細particle selected using IMOD stalkInit. C6 for IgG hexamer (lower platform) C2 for C1r2s2 hetero tetramer (upper platform)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 66.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, PEET, Spider
詳細: Final map is an average of 107 particles, representing the first class after pca classification and k-means clustering of 200 particles. The 200 particles originate from ~50 single and dual axis tomograms
使用したサブトモグラム数: 107
CTF補正詳細: Phase flipping in IMOD after defocus esimation in TOMOCTF

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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