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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22856 | |||||||||
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タイトル | Cas6-RT-Cas1--Cas2 complex | |||||||||
マップデータ | full complex map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Complex / Hydrolase / CRISPR Cas Protein / Reverse Transcriptase | |||||||||
生物種 | Thiomicrospira sp. (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Hoel CM / Wang JY | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural coordination between active sites of a CRISPR reverse transcriptase-integrase complex. 著者: Joy Y Wang / Christopher M Hoel / Basem Al-Shayeb / Jillian F Banfield / Stephen G Brohawn / Jennifer A Doudna / 要旨: CRISPR-Cas systems provide adaptive immunity in bacteria and archaea, beginning with integration of foreign sequences into the host CRISPR genomic locus and followed by transcription and maturation ...CRISPR-Cas systems provide adaptive immunity in bacteria and archaea, beginning with integration of foreign sequences into the host CRISPR genomic locus and followed by transcription and maturation of CRISPR RNAs (crRNAs). In some CRISPR systems, a reverse transcriptase (RT) fusion to the Cas1 integrase and Cas6 maturase creates a single protein that enables concerted sequence integration and crRNA production. To elucidate how the RT-integrase organizes distinct enzymatic activities, we present the cryo-EM structure of a Cas6-RT-Cas1-Cas2 CRISPR integrase complex. The structure reveals a heterohexamer in which the RT directly contacts the integrase and maturase domains, suggesting functional coordination between all three active sites. Together with biochemical experiments, our data support a model of sequential enzymatic activities that enable CRISPR sequence acquisition from RNA and DNA substrates. These findings highlight an expanded capacity of some CRISPR systems to acquire diverse sequences that direct CRISPR-mediated interference. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22856.map.gz | 14.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22856-v30.xml emd-22856.xml | 12.3 KB 12.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22856.png | 161.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-22856.cif.gz | 5.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22856 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22856 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22856_validation.pdf.gz | 344.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22856_full_validation.pdf.gz | 344.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22856_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22856_validation.cif.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22856 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22856 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7kfuMC 7kftC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10642 (タイトル: Cas6-reverse transcriptase-Cas1—Cas2 CRISPR integrase complex Data size: 2.2 TB Data #1: Unaligned multi-frame movies of a Cas6-reverse transcriptase-Cas1—Cas2 CRISPR integrase complex [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22856.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | full complex map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.187 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cas6-RT-Cas1--Cas2 complex
全体 | 名称: Cas6-RT-Cas1--Cas2 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Cas6-RT-Cas1--Cas2 complex
超分子 | 名称: Cas6-RT-Cas1--Cas2 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Thiomicrospira sp. (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 470 KDa |
-分子 #1: Cas2
分子 | 名称: Cas2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: N-terminal residues SNA are from the expression tag. Protein sequence corresponds to GenBank NCN43132.1. コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Thiomicrospira sp. (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 11.583263 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: SNAMKHYLIC FDVQHDKTRA KLSRLLEKYG PRVQGSVFEV SFKTPDRKRQ LEYKIHQIIK QSNTEENNIR FYNLNKDTIK HSHDINGNP IAQLPAAIVL |
-分子 #2: Cas6-RT-Cas1
分子 | 名称: Cas6-RT-Cas1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Protein sequence corresponds to GenBank NCN66177.1. / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Thiomicrospira sp. (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 112.869414 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: SNAMILPSFP DLTGLVVNLK FTARAEFSLN HEMAVDAFLR HSLNLGESYS HHLSIITPEN GRLFYREGDT YRFVVIAMGN QQQTNSIWH TLINHLRKLP DSAPITDKQA PLRNNIKLES LNDLFDGIPV SSKESLDAYT LQRAMEQGLA WHKAANLTEQ P LDIQWYWQ ...文字列: SNAMILPSFP DLTGLVVNLK FTARAEFSLN HEMAVDAFLR HSLNLGESYS HHLSIITPEN GRLFYREGDT YRFVVIAMGN QQQTNSIWH TLINHLRKLP DSAPITDKQA PLRNNIKLES LNDLFDGIPV SSKESLDAYT LQRAMEQGLA WHKAANLTEQ P LDIQWYWQ STVRILHADH KQHKGEQRYC RDAVQLTPLL LLKRIYETLN NVATYFGLKT NKNTTENHQA WLKEQAQYIE IQ HPDLYWI DTPYFGKDAE KNTLGGMAGN FTLSLKPGIE PGLLAMLILT QMVGVGQRRT SGLGKYWLKH SLKHAHLILG LKP NRVTRS QTLLDCIIQP HIISQAIAEI EKKTNIDTLN ERTLSQVQSA IGQLRKHQYQ APKLQGFTIP KKDGTERLLA VSPL YDRIL QKAAAIVLTP GLDAIMSQAS YGYRKGLSRQ QVRYEIQNAY RQGYHWVYES DIEDFFDAVY RPQLINRLKS LLGND PLWE QIESWLGQDI HIKDTIIERT PNLGLPQGSP LSPLLANFIL DDFDSDLETH GFKIIRFADD FIILCKSQHE AQQAAH AVE QSLKEVKLSI NVEKTHIIQL NQGFRFLGYL FREDHAIEIA GEKSDGRTTF AAEQTPTNLP PWLANLGTKS PQPLADD DL PKKSYGQIET QGTHLVLAGD AQIITTDNQN LIVKKDDKIT HKISLEQLHA VTLIGLHTMT LPAKHRLLEH KIPVHIAD R TGRYLGAVTS FQPAQNNYKN WFIQLQMCDR EPFAHAIAQQ IVISRIHNQR QTLLKRKAHR KQLQQTLSNL KKLQYKVTA ATKRSSLNGL EGSATREYFQ QFNLFLPEWA HFSKRTRRPP KDPFNVLLSL GYTILYSHTD AILQSAGFIT WKGIYHQQSA AHAALASDI MESYRHLVER YAIYIINHGQ IKQDDFRQEK DHLGQDTIRL SAEARRRYVG GLINRFQKFS KDKTLHQHLY Q QAQQLKNA MHNQQSSQFQ VWKELK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force 1, 3 second blot. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 49.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: cryoSPARC ab initio |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 129175 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |