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万見
- EMDB-18492: Cryo-electron tomogram of lift-out lamella from cell-derived extr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18492
タイトルCryo-electron tomogram of lift-out lamella from cell-derived extracellular matrix (example 3)
マップデータTomogram acquired on cryo-lift-out lamella of cell-derived matrix showing extracellular structures such as collagen.
試料
  • 細胞: Cryo-lamella prepared by lift-out cryo-FIB milling of cell-derived matrix from human telomerase-immortalized foreskin fibroblasts (TIFFs)
キーワードExtracellular matrix / cell-derived matrix / collagen / PROTEIN FIBRIL
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Zens B / Faessler F / Hansen J / Hauschild R / Datler J / Hodirnau V-V / Zheden V / Alanko J / Sixt MK / Schur FKM
資金援助 オーストリア, 米国, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
Austrian Science FundP33367 オーストリア
Austrian Science FundE435 オーストリア
Chan Zuckerberg InitiativeDAF2021-234754 米国
European Research Council (ERC)724373European Union
引用ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2024
タイトル: Lift-out cryo-FIBSEM and cryo-ET reveal the ultrastructural landscape of extracellular matrix.
著者: Bettina Zens / Florian Fäßler / Jesse M Hansen / Robert Hauschild / Julia Datler / Victor-Valentin Hodirnau / Vanessa Zheden / Jonna Alanko / Michael Sixt / Florian K M Schur /
要旨: The extracellular matrix (ECM) serves as a scaffold for cells and plays an essential role in regulating numerous cellular processes, including cell migration and proliferation. Due to limitations in ...The extracellular matrix (ECM) serves as a scaffold for cells and plays an essential role in regulating numerous cellular processes, including cell migration and proliferation. Due to limitations in specimen preparation for conventional room-temperature electron microscopy, we lack structural knowledge on how ECM components are secreted, remodeled, and interact with surrounding cells. We have developed a 3D-ECM platform compatible with sample thinning by cryo-focused ion beam milling, the lift-out extraction procedure, and cryo-electron tomography. Our workflow implements cell-derived matrices (CDMs) grown on EM grids, resulting in a versatile tool closely mimicking ECM environments. This allows us to visualize ECM for the first time in its hydrated, native context. Our data reveal an intricate network of extracellular fibers, their positioning relative to matrix-secreting cells, and previously unresolved structural entities. Our workflow and results add to the structural atlas of the ECM, providing novel insights into its secretion and assembly.
履歴
登録2023年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月13日-
マップ公開2024年3月13日-
更新2024年4月3日-
現状2024年4月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18492.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18492.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 383.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tomogram acquired on cryo-lift-out lamella of cell-derived matrix showing extracellular structures such as collagen.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
17.1 Å/pix.
x 274 pix.
= 4684.304 Å		17.1 Å/pix.
x 720 pix.
= 12309.12 Å		17.1 Å/pix.
x 510 pix.
= 8718.96 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 17.096 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-6.3371234 - 5.4942193
平均 (標準偏差)-0.4703352 (±0.2980512)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ720510274
Spacing510720274
セルA: 8718.96 Å / B: 12309.12 Å / C: 4684.304 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-lamella prepared by lift-out cryo-FIB milling of cell-derive...

全体名称: Cryo-lamella prepared by lift-out cryo-FIB milling of cell-derived matrix from human telomerase-immortalized foreskin fibroblasts (TIFFs)
要素
  • 細胞: Cryo-lamella prepared by lift-out cryo-FIB milling of cell-derived matrix from human telomerase-immortalized foreskin fibroblasts (TIFFs)

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超分子 #1: Cryo-lamella prepared by lift-out cryo-FIB milling of cell-derive...

超分子名称: Cryo-lamella prepared by lift-out cryo-FIB milling of cell-derived matrix from human telomerase-immortalized foreskin fibroblasts (TIFFs)
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Cell-derived matrix was generated by growing TIFF cells on EM grids over 14 days of growth time.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Skin / 組織: Foreskin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 10.0 Percent / 構成要素 - 名称: Dextran / 詳細: 10% Dextran in 0.1M Phosphate Buffer, pH 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: ELMO Glow Discharge unit
凍結凍結剤: NITROGEN
詳細Cell-derived matrix obtained from TIFF-cells.
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: High pressure freezing carriers were 3.0mm in diameter and 0.5mm thick. One carrier was flat, the second carrier had a central cavity of 2.0mm diameter and 0.02mm depth. Carriers were coated ...詳細: High pressure freezing carriers were 3.0mm in diameter and 0.5mm thick. One carrier was flat, the second carrier had a central cavity of 2.0mm diameter and 0.02mm depth. Carriers were coated in 1-hexadecene prior to high pressure freezing.. The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is Bal-tec HMP010. This is not in a list of allowed values {'BAL-TEC HPM 010', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'LEICA EM PACT', 'LEICA EM PACT2', 'LEICA EM HPM100', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.
Cryo protectant10% Dextran (high MW)
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.03 / 集束イオンビーム - 時間: 3600 / 集束イオンビーム - 温度: 80 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 250
集束イオンビーム - 詳細: A block of sample was extracted from the sample bulk by cryo-lift out FIB milling, with a thickness of 5000-8000nm. It was attached to a second grid, where it was ...集束イオンビーム - 詳細: A block of sample was extracted from the sample bulk by cryo-lift out FIB milling, with a thickness of 5000-8000nm. It was attached to a second grid, where it was then milled down to 200-250nm thickness step by step. Lamellae were milled in consecutive steps with 1nA (down to 3000nm thickness), 0.5nA (2000nm thickness), 0.1nA (1000nm), 50pA (500nm) and 30pA (200nm). See associated publication for details.. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is TFS Aquilos II. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
温度最低: 80.0 K / 最高: 83.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 61 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 2.137 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 42000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION
詳細: Reconstructed with AreTomo (version 1.3.4., Feb22) and processed with IsoNet (version 0.2).
使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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