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- EMDB-18226: Amyloid beta 42 type 2 filaments from the brainstem of individual 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18226
タイトルAmyloid beta 42 type 2 filaments from the brainstem of individual 4
マップデータ
試料
  • 組織: Amyloid beta 42 type 2 fibrils
    • タンパク質・ペプチド: Amyloid beta 42
キーワードRNA-binding protein / amyloid / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / regulation of Wnt signaling pathway / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / signaling receptor activator activity ...regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / regulation of Wnt signaling pathway / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / signaling receptor activator activity / axon midline choice point recognition / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / astrocyte activation involved in immune response / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / ciliary rootlet / Lysosome Vesicle Biogenesis / PTB domain binding / Golgi-associated vesicle / neuron remodeling / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of amyloid fibril formation / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear envelope lumen / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / suckling behavior / dendrite development / presynaptic active zone / modulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / neuromuscular process controlling balance / The NLRP3 inflammasome / regulation of presynapse assembly / transition metal ion binding / negative regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of multicellular organism growth / negative regulation of neuron differentiation / ECM proteoglycans / intracellular copper ion homeostasis / smooth endoplasmic reticulum / positive regulation of T cell migration / spindle midzone / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of chemokine production / clathrin-coated pit / forebrain development / Notch signaling pathway / neuron projection maintenance / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of calcium-mediated signaling / astrocyte activation / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of glycolytic process / response to interleukin-1 / cholesterol metabolic process / positive regulation of mitotic cell cycle / extracellular matrix organization / adult locomotory behavior / axonogenesis / platelet alpha granule lumen / trans-Golgi network membrane / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of interleukin-1 beta production / learning / dendritic shaft / positive regulation of long-term synaptic potentiation / Mitochondrial protein degradation / central nervous system development / locomotory behavior / endosome lumen / positive regulation of JNK cascade / Post-translational protein phosphorylation / synapse organization / microglial cell activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / visual learning / neuromuscular junction / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / recycling endosome / cognition / G2/M transition of mitotic cell cycle / Golgi lumen / positive regulation of inflammatory response / neuron cellular homeostasis / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to amyloid-beta / endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of tumor necrosis factor production / neuron projection development / cell-cell junction / synaptic vesicle
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Tetter S / Ryskeldi-Falcon B
資金援助 英国, スイス, 4件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/25 英国
Swiss National Science FoundationP500PB_206890 スイス
Alzheimers Research UK (ARUK)ARUK-RS2019-001 英国
Leverhulme TrustECF-2022-610 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: TAF15 amyloid filaments in frontotemporal lobar degeneration.
著者: Stephan Tetter / Diana Arseni / Alexey G Murzin / Yazead Buhidma / Sew Y Peak-Chew / Holly J Garringer / Kathy L Newell / Ruben Vidal / Liana G Apostolova / Tammaryn Lashley / Bernardino ...著者: Stephan Tetter / Diana Arseni / Alexey G Murzin / Yazead Buhidma / Sew Y Peak-Chew / Holly J Garringer / Kathy L Newell / Ruben Vidal / Liana G Apostolova / Tammaryn Lashley / Bernardino Ghetti / Benjamin Ryskeldi-Falcon /
要旨: Frontotemporal lobar degeneration (FTLD) causes frontotemporal dementia (FTD), the most common form of dementia after Alzheimer's disease, and is often also associated with motor disorders. The ...Frontotemporal lobar degeneration (FTLD) causes frontotemporal dementia (FTD), the most common form of dementia after Alzheimer's disease, and is often also associated with motor disorders. The pathological hallmarks of FTLD are neuronal inclusions of specific, abnormally assembled proteins. In the majority of cases the inclusions contain amyloid filament assemblies of TAR DNA-binding protein 43 (TDP-43) or tau, with distinct filament structures characterizing different FTLD subtypes. The presence of amyloid filaments and their identities and structures in the remaining approximately 10% of FTLD cases are unknown but are widely believed to be composed of the protein fused in sarcoma (FUS, also known as translocated in liposarcoma). As such, these cases are commonly referred to as FTLD-FUS. Here we used cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to determine the structures of amyloid filaments extracted from the prefrontal and temporal cortices of four individuals with FTLD-FUS. Surprisingly, we found abundant amyloid filaments of the FUS homologue TATA-binding protein-associated factor 15 (TAF15, also known as TATA-binding protein-associated factor 2N) rather than of FUS itself. The filament fold is formed from residues 7-99 in the low-complexity domain (LCD) of TAF15 and was identical between individuals. Furthermore, we found TAF15 filaments with the same fold in the motor cortex and brainstem of two of the individuals, both showing upper and lower motor neuron pathology. The formation of TAF15 amyloid filaments with a characteristic fold in FTLD establishes TAF15 proteinopathy in neurodegenerative disease. The structure of TAF15 amyloid filaments provides a basis for the development of model systems of neurodegenerative disease, as well as for the design of diagnostic and therapeutic tools targeting TAF15 proteinopathy.
履歴
登録2023年8月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月27日-
マップ公開2023年12月27日-
更新2024年2月7日-
現状2024年2月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18226.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18226.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.824 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0204
最小 - 最大-0.056078084 - 0.08166424
平均 (標準偏差)0.0003559281 (±0.003877387)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 210.944 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18226_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18226_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18226_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Amyloid beta 42 type 2 fibrils

全体名称: Amyloid beta 42 type 2 fibrils
要素
  • 組織: Amyloid beta 42 type 2 fibrils
    • タンパク質・ペプチド: Amyloid beta 42

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超分子 #1: Amyloid beta 42 type 2 fibrils

超分子名称: Amyloid beta 42 type 2 fibrils / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Amyloid beta 42

分子名称: Amyloid beta 42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLPGLALLLL AAWTARALEV PTDGNAGLLA EPQIAMFCGR LNMHMNVQNG KWDSDPSGTK TCIDTKEGIL QYCQEVYPEL QITNVVEANQ PVTIQNWCKR GRKQCKTHPH FVIPYRCLVG EFVSDALLVP DKCKFLHQER MDVCETHLHW HTVAKETCSE KSTNLHDYGM ...文字列:
MLPGLALLLL AAWTARALEV PTDGNAGLLA EPQIAMFCGR LNMHMNVQNG KWDSDPSGTK TCIDTKEGIL QYCQEVYPEL QITNVVEANQ PVTIQNWCKR GRKQCKTHPH FVIPYRCLVG EFVSDALLVP DKCKFLHQER MDVCETHLHW HTVAKETCSE KSTNLHDYGM LLPCGIDKFR GVEFVCCPLA EESDNVDSAD AEEDDSDVWW GGADTDYADG SEDKVVEVAE EEEVAEVEEE EADDDEDDED GDEVEEEAEE PYEEATERTT SIATTTTTTT ESVEEVVREV CSEQAETGPC RAMISRWYFD VTEGKCAPFF YGGCGGNRNN FDTEEYCMAV CGSAMSQSLL KTTQEPLARD PVKLPTTAAS TPDAVDKYLE TPGDENEHAH FQKAKERLEA KHRERMSQVM REWEEAERQA KNLPKADKKA VIQHFQEKVE SLEQEAANER QQLVETHMAR VEAMLNDRRR LALENYITAL QAVPPRPRHV FNMLKKYVRA EQKDRQHTLK HFEHVRMVDP KKAAQIRSQV MTHLRVIYER MNQSLSLLYN VPAVAEEIQD EVDELLQKEQ NYSDDVLANM ISEPRISYGN DALMPSLTET KTTVELLPVN GEFSLDDLQP WHSFGADSVP ANTENEVEPV DARPAADRGL TTRPGSGLTN IKTEEISEVK MDAEFRHDSG YEVHHQKLVF FAEDVGSNKG AIIGLMVGGV VIATVIVITL VMLKKKQYTS IHHGVVEVDA AVTPEERHLS KMQQNGYENP TYKFFEQMQN

UniProtKB: Amyloid-beta precursor protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.82 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -3.06 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C2 (2回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 37034
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

17109

最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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