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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18190 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of the trastuzumab-HER2 complex obtained from local refinement of the HER2-pertuzumab-trastuzumab ternary complex | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of the trastuzumab-HER2 interface obtained my local refinement of the ternary complex HER2-pertuzumab-trastuzumab Fabs | |||||||||
試料 |
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キーワード | ErbB-2 / Trastuzumab / Ternary complex / Protein / Flexibility / Continuous conformation / Cryo-EM / Single particle analysis / Structural protein | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å | |||||||||
データ登録者 | Ruedas R / Bressanelli S | |||||||||
資金援助 | フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Atomic structure and conformational variability of the HER2-Trastuzumab-Pertuzumab complex 著者: Ruedas R / Vuillemot R / Tubiana T / Winter JM / Pieri L / Arteni AA / Samson C / Jonic J / Mathieu M / Bressanelli S | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18190.map.gz | 42.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18190-v30.xml emd-18190.xml | 20.2 KB 20.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18190_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18190.png | 116 KB | ||
その他 | emd_18190_half_map_1.map.gz emd_18190_half_map_2.map.gz | 77.8 MB 77.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18190 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18190 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18190_validation.pdf.gz | 682.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18190_full_validation.pdf.gz | 681.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18190_validation.xml.gz | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18190_validation.cif.gz | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18190 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18190 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18190.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of the trastuzumab-HER2 interface obtained my local refinement of the ternary complex HER2-pertuzumab-trastuzumab Fabs | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.16 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_18190_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_18190_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of her2-trastuzumab-pertuzumab Fabs
全体 | 名称: Ternary complex of her2-trastuzumab-pertuzumab Fabs |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of her2-trastuzumab-pertuzumab Fabs
超分子 | 名称: Ternary complex of her2-trastuzumab-pertuzumab Fabs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Fab fragment from trastuzumab and pertuzumab linked to the extracellular domain of erbb2 (her2) |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 171.364 KDa |
-分子 #1: Receptor tyrosine-protein kinase HER2
分子 | 名称: Receptor tyrosine-protein kinase HER2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein-tyrosine kinase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: TQVCTGTDMK LRLPASPETH LDMLRHLYQG CQVVQGNLEL TYLPTNASLS FLQDIQEVQG YVLIAHNQVR QVPLQRLRIV RGTQLFEDN YALAVLDNGD PLNNTTPVTG ASPGGLRELQ LRSLTEILKG GVLIQRNPQL CYQDTILWKD IFHKNNQLAL T LIDTNRSR ...文字列: TQVCTGTDMK LRLPASPETH LDMLRHLYQG CQVVQGNLEL TYLPTNASLS FLQDIQEVQG YVLIAHNQVR QVPLQRLRIV RGTQLFEDN YALAVLDNGD PLNNTTPVTG ASPGGLRELQ LRSLTEILKG GVLIQRNPQL CYQDTILWKD IFHKNNQLAL T LIDTNRSR ACHPCSPMCK GSRCWGESSE DCQSLTRTVC AGGCARCKGP LPTDCCHEQC AAGCTGPKHS DCLACLHFNH SG ICELHCP ALVTYNTDTF ESMPNPEGRY TFGASCVTAC PYNYLSTDVG SCTLVCPLHN QEVTAEDGTQ RCEKCSKPCA RVC YGLGME HLREVRAVTS ANIQEFAGCK KIFGSLAFLP ESFDGDPASN TAPLQPEQLQ VFETLEEITG YLYISAWPDS LPDL SVFQN LQVIRGRILH NGAYSLTLQG LGISWLGLRS LRELGSGLAL IHHNTHLCFV HTVPWDQLFR NPHQALLHTA NRPED ECVG EGLACHQLCA RGHCWGPGPT QCVNCSQFLR GQECVEECRV LQGLPREYVN ARHCLPCHPE CQPQNGSVTC FGPEAD QCV ACAHYKDPPF CVARCPSGVK PDLSYMPIWK FPDEEGACQP CPINCTHSCV DLDDKGCPAE Q(NAG)(NAG)(NAG)(BMA)(NAG)(NAG)(BMA)(NAG)(NAG) |
-分子 #2: Trastuzumab Fab heavy chain
分子 | 名称: Trastuzumab Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFT DYTMDWVRQA PGKGLEWVAD VNPNSGGSI YNQRFKGRFT LSVDRSKNTL YLQMNSLRAE DTAVYYCARN L GPSFYFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KD YFPEPVT VSWNSGALTS ...文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFT DYTMDWVRQA PGKGLEWVAD VNPNSGGSI YNQRFKGRFT LSVDRSKNTL YLQMNSLRAE DTAVYYCARN L GPSFYFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KD YFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTY ICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSC |
-分子 #3: Trastuzumab Fab light chain
分子 | 名称: Trastuzumab Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQDVN TAVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASFLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYCQ QHYTTPPTFG Q GTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KV DNALQSG NSQESVTEQD ...文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQDVN TAVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASFLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYCQ QHYTTPPTFG Q GTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KV DNALQSG NSQESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQG LSSPVT KSFNRGEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.12 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8928 / 平均露光時間: 4.71 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.1 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 240000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: HELIUM |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |