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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18069 | |||||||||
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タイトル | Outward-facing, open1 proteoliposome complex I at 2.8 A, after deactivation treatment. Initially purified in LMNG. | |||||||||
マップデータ | Locally sharpened consensus map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Complex I / Oxidoreductase / Proteoliposomes / Membrane-bound / metabolism / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Complex I biogenesis / Mitochondrial protein import / RHOG GTPase cycle / ubiquinone-6 biosynthetic process / Respiratory electron transport / cellular response to oxygen levels / mitochondrial large ribosomal subunit binding / gliogenesis / neural precursor cell proliferation / [2Fe-2S] cluster assembly ...Complex I biogenesis / Mitochondrial protein import / RHOG GTPase cycle / ubiquinone-6 biosynthetic process / Respiratory electron transport / cellular response to oxygen levels / mitochondrial large ribosomal subunit binding / gliogenesis / neural precursor cell proliferation / [2Fe-2S] cluster assembly / oxygen sensor activity / cellular respiration / Neutrophil degranulation / ubiquinone binding / Mitochondrial protein degradation / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / apoptotic mitochondrial changes / NADH dehydrogenase activity / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / respiratory chain complex I / : / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / electron transport coupled proton transport / acyl binding / acyl carrier activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / quinone binding / ATP metabolic process / response to cAMP / aerobic respiration / neurogenesis / respiratory electron transport chain / reactive oxygen species metabolic process / regulation of mitochondrial membrane potential / fatty acid binding / mitochondrial membrane / electron transport chain / brain development / regulation of protein phosphorylation / mitochondrial intermembrane space / fatty acid biosynthetic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / positive regulation of fibroblast proliferation / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / mitochondrial matrix / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Grba DN / Hirst J | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2024 タイトル: Molecular mechanism of the ischemia-induced regulatory switch in mammalian complex I. 著者: Daniel N Grba / John J Wright / Zhan Yin / William Fisher / Judy Hirst / 要旨: Respiratory complex I is an efficient driver for oxidative phosphorylation in mammalian mitochondria, but its uncontrolled catalysis under challenging conditions leads to oxidative stress and ...Respiratory complex I is an efficient driver for oxidative phosphorylation in mammalian mitochondria, but its uncontrolled catalysis under challenging conditions leads to oxidative stress and cellular damage. Ischemic conditions switch complex I from rapid, reversible catalysis into a dormant state that protects upon reoxygenation, but the molecular basis for the switch is unknown. We combined precise biochemical definition of complex I catalysis with high-resolution cryo-electron microscopy structures in the phospholipid bilayer of coupled vesicles to reveal the mechanism of the transition into the dormant state, modulated by membrane interactions. By implementing a versatile membrane system to unite structure and function, attributing catalytic and regulatory properties to specific structural states, we define how a conformational switch in complex I controls its physiological roles. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18069.map.gz | 337 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18069-v30.xml emd-18069.xml | 76.8 KB 76.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18069_fsc.xml | 16.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18069.png | 101.7 KB | ||
マスクデータ | emd_18069_msk_1.map | 421.9 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-18069.cif.gz | 15.5 KB | ||
その他 | emd_18069_additional_1.map.gz emd_18069_additional_2.map.gz emd_18069_half_map_1.map.gz emd_18069_half_map_2.map.gz | 24.6 MB 339 MB 340 MB 339.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18069 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18069 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18069_validation.pdf.gz | 1000.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18069_full_validation.pdf.gz | 1000.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18069_validation.xml.gz | 24.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18069_validation.cif.gz | 32.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18069 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18069 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8q25MC 8q0aC 8q0fC 8q0jC 8q0mC 8q0oC 8q0qC 8q1pC 8q1uC 8q1yC 8q45C 8q46C 8q47C 8q48C 8q49C 8q4aC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18069.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Locally sharpened consensus map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.072 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_18069_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Globally sharpened/potprocessed consensus map
ファイル | emd_18069_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Globally sharpened/potprocessed consensus map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unfiltered consensus map
ファイル | emd_18069_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered consensus map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_18069_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_18069_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Complex I from Bos taurus reconstituted into proteoliposome and t...
+超分子 #1: Complex I from Bos taurus reconstituted into proteoliposome and t...
+分子 #1: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
+分子 #2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
+分子 #3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial
+分子 #4: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial
+分子 #5: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
+分子 #6: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
+分子 #7: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
+分子 #8: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
+分子 #9: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
+分子 #10: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
+分子 #11: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
+分子 #12: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
+分子 #13: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
+分子 #14: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
+分子 #15: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mi...
+分子 #16: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mit...
+分子 #17: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
+分子 #18: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
+分子 #19: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
+分子 #20: Acyl carrier protein, mitochondrial
+分子 #21: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
+分子 #22: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
+分子 #23: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
+分子 #24: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
+分子 #25: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
+分子 #26: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
+分子 #27: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
+分子 #28: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial
+分子 #29: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
+分子 #30: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
+分子 #31: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
+分子 #32: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mit...
+分子 #33: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mito...
+分子 #34: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
+分子 #35: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mito...
+分子 #36: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
+分子 #37: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mito...
+分子 #38: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
+分子 #39: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
+分子 #40: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
+分子 #41: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
+分子 #42: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
+分子 #43: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
+分子 #44: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial
+分子 #45: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
+分子 #46: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
+分子 #47: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #48: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
+分子 #49: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
+分子 #50: POTASSIUM ION
+分子 #51: UBIQUINONE-10
+分子 #52: CARDIOLIPIN
+分子 #53: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
+分子 #54: ZINC ION
+分子 #55: MAGNESIUM ION
+分子 #56: 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #57: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
+分子 #58: ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butan...
+分子 #59: CHOLIC ACID
+分子 #60: MYRISTIC ACID
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III 詳細: Sample was incubated on grid for 30 s before plunge freezing. | |||||||||
詳細 | Complex I proteoliposomes on a graphene-oxide coated gold grid with even liposome distribution. Sample was deactivated with heat treatment prior to freezing. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) #0 - デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / #0 - デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / #0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 実像数: 6692 / #0 - 平均露光時間: 3.8 sec. / #0 - 平均電子線量: 40.0 e/Å2 #0 - 詳細: The data were collected with aberration-free image shift (AFIS). #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) #1 - デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / #1 - デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / #1 - 撮影したグリッド数: 1 / #1 - 実像数: 4550 / #1 - 平均露光時間: 3.8 sec. / #1 - 平均電子線量: 40.0 e/Å2 #1 - 詳細: The data were collected without aberration-free image shift and with a 20 degree tilt. The same grid as the non-tilted collection was used. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 2.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |