+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17928 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of BARD1 ARD-BRCTs in complex with H2AKc15ub nucleosomes (Map 2) | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
| |||||||||||||||
キーワード | BRCA1-BARD1 / chromatin recognition / nucleosomes / ubiquitin / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Felis catus (イエネコ) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Foglizzo M / Burdett H / Wilson MD / Zeqiraj E | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023 タイトル: BRCA1-BARD1 combines multiple chromatin recognition modules to bridge nascent nucleosomes. 著者: Hayden Burdett / Martina Foglizzo / Laura J Musgrove / Dhananjay Kumar / Gillian Clifford / Lisa J Campbell / George R Heath / Elton Zeqiraj / Marcus D Wilson / 要旨: Chromatin association of the BRCA1-BARD1 heterodimer is critical to promote homologous recombination repair of DNA double-strand breaks (DSBs) in S/G2. How the BRCA1-BARD1 complex interacts with ...Chromatin association of the BRCA1-BARD1 heterodimer is critical to promote homologous recombination repair of DNA double-strand breaks (DSBs) in S/G2. How the BRCA1-BARD1 complex interacts with chromatin that contains both damage induced histone H2A ubiquitin and inhibitory H4K20 methylation is not fully understood. We characterised BRCA1-BARD1 binding and enzymatic activity to an array of mono- and di-nucleosome substrates using biochemical, structural and single molecule imaging approaches. We found that the BRCA1-BARD1 complex preferentially interacts and modifies di-nucleosomes over mono-nucleosomes, allowing integration of H2A Lys-15 ubiquitylation signals with other chromatin modifications and features. Using high speed- atomic force microscopy (HS-AFM) to monitor how the BRCA1-BARD1 complex recognises chromatin in real time, we saw a highly dynamic complex that bridges two nucleosomes and associates with the DNA linker region. Bridging is aided by multivalent cross-nucleosome interactions that enhance BRCA1-BARD1 E3 ubiquitin ligase catalytic activity. Multivalent interactions across nucleosomes explain how BRCA1-BARD1 can recognise chromatin that retains partial di-methylation at H4 Lys-20 (H4K20me2), a parental histone mark that blocks BRCA1-BARD1 interaction with nucleosomes, to promote its enzymatic and DNA repair activities. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17928.map.gz | 117.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-17928-v30.xml emd-17928.xml | 23.8 KB 23.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_17928.png | 49.2 KB | ||
マスクデータ | emd_17928_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17928.cif.gz | 5.1 KB | ||
その他 | emd_17928_additional_1.map.gz emd_17928_additional_2.map.gz emd_17928_half_map_1.map.gz emd_17928_half_map_2.map.gz | 62 MB 111.6 MB 116 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17928 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17928 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17928_validation.pdf.gz | 850 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_17928_full_validation.pdf.gz | 849.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17928_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17928_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17928 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17928 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17928.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17928_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_17928_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #2
ファイル | emd_17928_additional_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17928_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17928_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : BARD1 ARD-BRCTs in complex with H2AKc15ub nucleosomes
全体 | 名称: BARD1 ARD-BRCTs in complex with H2AKc15ub nucleosomes |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: BARD1 ARD-BRCTs in complex with H2AKc15ub nucleosomes
超分子 | 名称: BARD1 ARD-BRCTs in complex with H2AKc15ub nucleosomes タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7 |
---|---|
分子量 | 理論値: 246 KDa |
-超分子 #2: DNA, Histones and Polyubiquitin-B
超分子 | 名称: DNA, Histones and Polyubiquitin-B / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5, #7 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: BRCA1 associated RING domain 1
超分子 | 名称: BRCA1 associated RING domain 1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Felis catus (イエネコ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT | |||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR 詳細: Quantifoil R3.5/1 200-mesh grids (Quantifoil Micro Tools GmbH) were glow-discharged for 30 s at 40 mA using a GloQube (Quorum) glow discharge unit | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot force = 0 N blot time = 8 s. | |||||||||
詳細 | Purified cat BRCA1dExon11-FL BARD1 (at 3 uM) was incubated with H2AKc15ub mono-nucleosomes (at 1.5 uM) for 1 h on ice before cryo-EM grids preparation |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16015 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 36.37 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.7 µm / 倍率(公称値): 96000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |