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- EMDB-17628: Capsid structure of the L-A helper virus from native viral communities -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17628
タイトルCapsid structure of the L-A helper virus from native viral communities
マップデータIcosahedrally refined cryo-EM map of the L-A helper virus.
試料
  • ウイルス: Saccharomyces cerevisiae virus L-A (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
キーワードCapsid structure ScVLA / viral particle / wildtype / endogenous / VIRUS
機能・相同性Major coat protein, L-A virus / L-A virus major coat protein superfamily / L-A virus, major coat protein / viral capsid / viral translational frameshifting / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae virus L-A (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Schmidt L / Tueting C / Kyrilis F / Hamdi F / Semchonok DA / Kastritis PL
資金援助 ドイツ, European Union, 6件
OrganizationGrant number国
German Federal Ministry for Education and Research03Z22HN23 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research03Z22HI2 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research03COV04 ドイツ
German Research Foundation (DFG)391498659 ドイツ
European Regional Development FundEFRE: ZS/2016/04/78115European Union
European Research Council (ERC)101086665European Union
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Delineating organizational principles of the endogenous L-A virus by cryo-EM and computational analysis of native cell extracts.
著者: Lisa Schmidt / Christian Tüting / Fotis L Kyrilis / Farzad Hamdi / Dmitry A Semchonok / Gerd Hause / Annette Meister / Christian Ihling / Milton T Stubbs / Andrea Sinz / Panagiotis L Kastritis /
要旨: The high abundance of most viruses in infected host cells benefits their structural characterization. However, endogenous viruses are present in low copy numbers and are therefore challenging to ...The high abundance of most viruses in infected host cells benefits their structural characterization. However, endogenous viruses are present in low copy numbers and are therefore challenging to investigate. Here, we retrieve cell extracts enriched with an endogenous virus, the yeast L-A virus. The determined cryo-EM structure discloses capsid-stabilizing cation-π stacking, widespread across viruses and within the Totiviridae, and an interplay of non-covalent interactions from ten distinct capsomere interfaces. The capsid-embedded mRNA decapping active site trench is supported by a constricting movement of two flexible opposite-facing loops. tRNA-loaded polysomes and other biomacromolecules, presumably mRNA, are found in virus proximity within the cell extract. Mature viruses participate in larger viral communities resembling their rare in-cell equivalents in terms of size, composition, and inter-virus distances. Our results collectively describe a 3D-architecture of a viral milieu, opening the door to cell-extract-based high-resolution structural virology.
履歴
登録2023年6月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月22日-
マップ公開2024年5月22日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17628.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17628.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Icosahedrally refined cryo-EM map of the L-A helper virus.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 700 pix.
= 651. Å		0.93 Å/pix.
x 700 pix.
= 651. Å		0.93 Å/pix.
x 700 pix.
= 651. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.13738306 - 0.36944014
平均 (標準偏差)0.00053186563 (±0.025054554)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ700700700
Spacing700700700
セルA=B=C: 651.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Icosahedrally refined cryo-EM map of the L-A helper...

ファイルemd_17628_additional_1.map
注釈Icosahedrally refined cryo-EM map of the L-A helper virus. Sharpened by cryoSPARC.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Icosahedrally refined cryo-EM map of the L-A helper...

ファイルemd_17628_half_map_1.map
注釈Icosahedrally refined cryo-EM map of the L-A helper virus. Half map B.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Icosahedrally refined cryo-EM map of the L-A helper...

ファイルemd_17628_half_map_2.map
注釈Icosahedrally refined cryo-EM map of the L-A helper virus. Half map A.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Saccharomyces cerevisiae virus L-A

全体名称: Saccharomyces cerevisiae virus L-A (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Saccharomyces cerevisiae virus L-A (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein

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超分子 #1: Saccharomyces cerevisiae virus L-A

超分子名称: Saccharomyces cerevisiae virus L-A / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 11008 / 生物種: Saccharomyces cerevisiae virus L-A / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Major gag protein / 直径: 420.0 Å

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分子 #1: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae virus L-A (ウイルス)
分子量理論値: 76.070031 KDa
配列文字列: MLRFVTKNSQ DKSSDLFSIC SDRGTFVAHN RVRTDFKFDN LVFNRVYGVS QKFTLVGNPT VCFNEGSSYL EGIAKKYLTL DGGLAIDNV LNELRSTCGI PGNAVASHAY NITSWRWYDN HVALLMNMLR AYHLQVLTEQ GQYSAGDIPM YHDGHVKIKL P VTIDDTAG ...文字列:
MLRFVTKNSQ DKSSDLFSIC SDRGTFVAHN RVRTDFKFDN LVFNRVYGVS QKFTLVGNPT VCFNEGSSYL EGIAKKYLTL DGGLAIDNV LNELRSTCGI PGNAVASHAY NITSWRWYDN HVALLMNMLR AYHLQVLTEQ GQYSAGDIPM YHDGHVKIKL P VTIDDTAG PTQFAWPSDR STDSYPDWAQ FSESFPSIDV PYLDVRPLTV TEVNFVLMMM SKWHRRTNLA IDYEAPQLAD KF AYRHALT VQDADEWIEG DRTDDQFRPP SSKVMLSALR KYVNHNRLYN QFYTAAQLLA QIMMKPVPNC AEGYAWLMHD ALV NIPKFG SIRGRYPFLL SGDAALIQAT ALEDWSAIMA KPELVFTYAM QVSVALNTGL YLRRVKKTGF GTTIDDSYED GAFL QPETF VQAALACCTG QDAPLNGMSD VYVTYPDLLE FDAVTQVPIT VIEPAGYNIV DDHLVVVGVP VACSPYMIFP VAAFD TANP YCGNFVIKAA NKYLRKGAVY DKLEAWKLAW ALRVAGYDTH FKVYGDTHGL TKFYADNGDT WTHIPEFVTD GDVMEV FVT AIERRARHFV ELPRLNSPAF FRSVEVSTTI YDTHVQAGAH AVYHASRINL DYVKPVSTGI QVINAGELKN YWGSVRR TQ QGLGVVGLTM PAVMPTGEPT AGAAHEELIE QADNVLVE

UniProtKB: Major capsid protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 200.0 mM / 構成要素 - 式: CH3COONH4 / 構成要素 - 名称: Ammoniumacetate
詳細: pH of the buffer was adjusted with NaOH buffer was filtered and sonicated
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.04 kPa
詳細: Plasma Treated, 25 s Sample Negative, 0.4 mbar pressure, 15 mA current
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot force 2 and blot time 6 s before plunging.
詳細heterogenous cell extract

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
温度最低: 77.0 K / 最高: 118.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 51512 / 平均露光時間: 3.17 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 89297 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 92000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 7840838
詳細: Particles were selected using cryoSPARC blob picker with 500 A diameter and 0.5x diameter inter-particle distance.
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3) / 使用した粒子像数: 12974
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 10000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1m1c


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細The initial model was rigid-fitted by ChimeraX and refined by iterative cycles of Coot and PHENIX.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8pe4:
Capsid structure of the L-A helper virus from native viral communities

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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