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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17349 | |||||||||||||||
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タイトル | Human N-deacetylase/N-sulfotransferase 1 homodimer | |||||||||||||||
マップデータ | EM map of human NDST1 homodimer | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | heparan sulfate / bifunctional enzyme / Golgi / de-acetylatase & sulfotransferease / BIOSYNTHETIC PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [heparan sulfate]-glucosamine N-sulfotransferase / [heparan sulfate]-glucosamine N-sulfotransferase activity / heparan sulfate N-deacetylase activity / N-acetylglucosamine deacetylase activity / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process, enzymatic modification / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process, polysaccharide chain biosynthetic process / heparin biosynthetic process / embryonic neurocranium morphogenesis / embryonic viscerocranium morphogenesis / HS-GAG biosynthesis ...[heparan sulfate]-glucosamine N-sulfotransferase / [heparan sulfate]-glucosamine N-sulfotransferase activity / heparan sulfate N-deacetylase activity / N-acetylglucosamine deacetylase activity / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process, enzymatic modification / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process, polysaccharide chain biosynthetic process / heparin biosynthetic process / embryonic neurocranium morphogenesis / embryonic viscerocranium morphogenesis / HS-GAG biosynthesis / deacetylase activity / cardiac septum development / respiratory gaseous exchange by respiratory system / coronary vasculature development / positive regulation of smoothened signaling pathway / aorta development / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / midbrain development / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / forebrain development / trans-Golgi network membrane / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / inflammatory response / Golgi membrane / Golgi apparatus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Vallet SD / Lortat-Jacob H / Wild R | |||||||||||||||
資金援助 | フランス, 4件
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引用 | ジャーナル: Proteoglycan Res / 年: 2023 タイトル: Functional and structural insights into human N-deacetylase/N-sulfotransferase activities 著者: Vallet SD / Annaval T / Vives RR / Richard E / Henault J / Le Narvor C / Bonnaffe D / Priem B / Wild R / Lortat-Jacob H | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17349.map.gz | 117.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17349-v30.xml emd-17349.xml | 19.5 KB 19.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17349_fsc.xml | 10.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17349.png | 106.1 KB | ||
マスクデータ | emd_17349_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17349.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_17349_half_map_1.map.gz emd_17349_half_map_2.map.gz | 116 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17349 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17349 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17349_validation.pdf.gz | 824.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17349_full_validation.pdf.gz | 823.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17349_validation.xml.gz | 18 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17349_validation.cif.gz | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17349 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17349 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17349.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | EM map of human NDST1 homodimer | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.125 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17349_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B from final non-uniform refinement
ファイル | emd_17349_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B from final non-uniform refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A from final non-uniform refinement
ファイル | emd_17349_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A from final non-uniform refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : NDST1 homodimer
全体 | 名称: NDST1 homodimer |
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要素 |
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-超分子 #1: NDST1 homodimer
超分子 | 名称: NDST1 homodimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 220 KDa |
-分子 #1: N-deacetylase/N-sulfotransferase 1
分子 | 名称: N-deacetylase/N-sulfotransferase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Human NDST1 homodimer (residues 43-882), containing a linker and a 8-His tag at the C-terminus 光学異性体: LEVO / EC番号: [heparan sulfate]-glucosamine N-sulfotransferase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GASRGLEPSA DAPEPDCGDP PPVAPSRLLP LKPVQAATPS RTDPLVLVFV ESLYSQLGQE VVAILESSR FKYRTEIAPG KGDMPTLTDK GRGRFALIIY ENILKYVNLD AWNRELLDKY C VAYGVGII GFFKANENSL LSAQLKGFPL FLHSNLGLKD CSINPKSPLL ...文字列: GASRGLEPSA DAPEPDCGDP PPVAPSRLLP LKPVQAATPS RTDPLVLVFV ESLYSQLGQE VVAILESSR FKYRTEIAPG KGDMPTLTDK GRGRFALIIY ENILKYVNLD AWNRELLDKY C VAYGVGII GFFKANENSL LSAQLKGFPL FLHSNLGLKD CSINPKSPLL YVTRPSEVEK GV LPGEDWT VFQSNHSTYE PVLLAKTRSS ESIPHLGADA GLHAALHATV VQDLGLHDGI QRV LFGNNL NFWLHKLVFV DAVAFLTGKR LSLPLDRYIL VDIDDIFVGK EGTRMKVEDV KALF DTQNE LRAHIPNFTF NLGYSGKFFH TGTNAEDAGD DLLLSYVKEF WWFPHMWSHM QPHLF HNQS VLAEQMALNK KFAVEHGIPT DMGYAVAPHH SGVYPVHVQL YEAWKQVWSI RVTSTE EYP HLKPARYRRG FIHNGIMVLP RQTCGLFTHT IFYNEYPGGS SELDKIINGG ELFLTVL LN PISIFMTHLS NYGNDRLGLY TFKHLVRFLH SWTNLRLQTL PPVQLAQKYF QIFSEEKD P LWQDPCEDKR HKDIWSKEKT CDRFPKLLII GPQKTGTTAL YLFLGMHPDL SSNYPSSET FEEIQFFNGH NYHKGIDWYM EFFPIPSNTT SDFYFEKSAN YFDSEVAPRR AAALLPKAKV LTILINPAD RAYSWYQHQR AHDDPVALKY TFHEVITAGS DASSKLRALQ NRCLVPGWYA T HIERWLSA YHANQILVLD GKLLRTEPAK VMDMVQKFLG VTNTIDYHKT LAFDPKKGFW CQ LLEGGKT KCLGKSKGRK YPEMDLDSRA FLKDYYRDHN IELSKLLYKM GQTLPTWLRE DLQ NTRNNN NNNGHHHHHH HH UniProtKB: Bifunctional heparan sulfate N-deacetylase/N-sulfotransferase 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 6.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: Current: 25 mA | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotted for 4 s with a blot force of 0. | |||||||||
詳細 | Protein eluted as monodisperse peak from size exclusion chromatography column |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-44 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3038 / 平均露光時間: 4.4 sec. / 平均電子線量: 38.9 e/Å2 詳細: Dataset was collected at a 30 degrees stage tilt angle |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 36000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Residue range: 65-882 / Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model 詳細: Model of NDST1 homodimer was predicted using AlphaFold2 |
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詳細 | CCC 0.658 |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT 当てはまり具合の基準: cross-correlation coefficient |