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万見
- EMDB-17191: The H/ACA RNP lobe of human telomerase with the dyskerin thumb lo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17191
タイトルThe H/ACA RNP lobe of human telomerase with the dyskerin thumb loop in an open conformation
マップデータFinal post-processed sharpened map.
試料
  • 複合体: Human telomerase H/ACA RNP lobe
    • 複合体: Telomerase H/ACA RNP lobe
      • タンパク質・ペプチド: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit DKC1
      • タンパク質・ペプチド: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3
      • タンパク質・ペプチド: Telomerase Cajal body protein 1
    • 複合体: Human telomerase RNA
      • RNA: Human telomerase RNA
キーワードtelomerase / H/ACA / pseudouridylation / ribonucleoprotein / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


telomere formation via telomerase / box H/ACA scaRNP complex / box H/ACA telomerase RNP complex / telomerase RNA localization to Cajal body / protein localization to Cajal body / snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNP complex / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / snRNA pseudouridine synthesis ...telomere formation via telomerase / box H/ACA scaRNP complex / box H/ACA telomerase RNP complex / telomerase RNA localization to Cajal body / protein localization to Cajal body / snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNP complex / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / snRNA pseudouridine synthesis / 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / telomerase RNA stabilization / pseudouridine synthesis / Cajal body organization / mRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNA binding / telomerase activity / regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / pseudouridine synthase activity / scaRNA localization to Cajal body / positive regulation of establishment of protein localization to telomere / positive regulation of protein localization to Cajal body / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / telomerase RNA binding / telomerase holoenzyme complex / rRNA modification in the nucleus and cytosol / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / : / telomere maintenance via telomerase / Telomere Extension By Telomerase / RNA folding / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Cajal body / RNA processing / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / positive regulation of DNA repair / fibrillar center / rRNA processing / protein-folding chaperone binding / site of double-strand break / histone binding / chromosome, telomeric region / nuclear body / DNA repair / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 / H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain / Gar1/Naf1 RNA binding region / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain / DKCLD (NUC011) domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 superfamily ...: / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 / H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain / Gar1/Naf1 RNA binding region / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain / DKCLD (NUC011) domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 superfamily / Nucleolar RNA-binding protein, Nop10p family / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal / tRNA pseudouridylate synthase B C-terminal domain / Pseudouridine synthase II, N-terminal / TruB family pseudouridylate synthase (N terminal domain) / Uncharacterised domain CHP00451 / PUA domain / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain superfamily / PUA domain profile. / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / PUA-like superfamily / : / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
H/ACA ribonucleoprotein complex subunit DKC1 / Telomerase Cajal body protein 1 / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3 / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2 / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ghanim GE / Sekne Z / van Roon AMM / Balch S / Nguyen THD
資金援助 英国, 米国, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
UK Research and Innovation (UKRI)MC_UP_1201/19 英国
Jane Coffin Childs (JCC) Fund 米国
European Molecular Biology Organization (EMBO)European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: 2.7 Å cryo-EM structure of human telomerase H/ACA ribonucleoprotein.
著者: George E Ghanim / Zala Sekne / Sebastian Balch / Anne-Marie M van Roon / Thi Hoang Duong Nguyen /
要旨: Telomerase is a ribonucleoprotein (RNP) enzyme that extends telomeric repeats at eukaryotic chromosome ends to counterbalance telomere loss caused by incomplete genome replication. Human telomerase ...Telomerase is a ribonucleoprotein (RNP) enzyme that extends telomeric repeats at eukaryotic chromosome ends to counterbalance telomere loss caused by incomplete genome replication. Human telomerase is comprised of two distinct functional lobes tethered by telomerase RNA (hTR): a catalytic core, responsible for DNA extension; and a Hinge and ACA (H/ACA) box RNP, responsible for telomerase biogenesis. H/ACA RNPs also have a general role in pseudouridylation of spliceosomal and ribosomal RNAs, which is critical for the biogenesis of the spliceosome and ribosome. Much of our structural understanding of eukaryotic H/ACA RNPs comes from structures of the human telomerase H/ACA RNP. Here we report a 2.7 Å cryo-electron microscopy structure of the telomerase H/ACA RNP. The significant improvement in resolution over previous 3.3 Å to 8.2 Å structures allows us to uncover new molecular interactions within the H/ACA RNP. Many disease mutations are mapped to these interaction sites. The structure also reveals unprecedented insights into a region critical for pseudouridylation in canonical H/ACA RNPs. Together, our work advances understanding of telomerase-related disease mutations and the mechanism of pseudouridylation by eukaryotic H/ACA RNPs.
履歴
登録2023年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月31日-
マップ公開2024年1月31日-
更新2024年2月7日-
現状2024年2月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17191.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17191.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final post-processed sharpened map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 280 pix.
= 296.52 Å		1.06 Å/pix.
x 280 pix.
= 296.52 Å		1.06 Å/pix.
x 280 pix.
= 296.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.028
最小 - 最大-0.08476315 - 0.16979967
平均 (標準偏差)-0.000026646661 (±0.004614141)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 296.52002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Final unsharped map.

ファイルemd_17191_additional_1.map
注釈Final unsharped map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map2 resulting from gold standard refinement in RELION.

ファイルemd_17191_half_map_1.map
注釈Half-map2 resulting from gold standard refinement in RELION.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map1 resulting from gold standard refinement in RELION.

ファイルemd_17191_half_map_2.map
注釈Half-map1 resulting from gold standard refinement in RELION.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human telomerase H/ACA RNP lobe

全体名称: Human telomerase H/ACA RNP lobe
要素
  • 複合体: Human telomerase H/ACA RNP lobe
    • 複合体: Telomerase H/ACA RNP lobe
      • タンパク質・ペプチド: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit DKC1
      • タンパク質・ペプチド: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3
      • タンパク質・ペプチド: Telomerase Cajal body protein 1
    • 複合体: Human telomerase RNA
      • RNA: Human telomerase RNA

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超分子 #1: Human telomerase H/ACA RNP lobe

超分子名称: Human telomerase H/ACA RNP lobe / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The hTR H/ACA motif, which adopts a double-hairpin structure hinged by the H-box and flanked by the ACA box, scaffolds the assembly of two copies each of dyskerin, NHP2, NOP10 and GAR1, one ...詳細: The hTR H/ACA motif, which adopts a double-hairpin structure hinged by the H-box and flanked by the ACA box, scaffolds the assembly of two copies each of dyskerin, NHP2, NOP10 and GAR1, one on each hairpin. TCAB1 binds the CAB box.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 415 KDa

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超分子 #2: Telomerase H/ACA RNP lobe

超分子名称: Telomerase H/ACA RNP lobe / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Human telomerase RNA

超分子名称: Human telomerase RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Human telomerase RNA

分子名称: Human telomerase RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney
分子量理論値: 145.477797 KDa
配列文字列: GGGUUGCGGA GGGUGGGCCU GGGAGGGGUG GUGGCCAUUU UUUGUCUAAC CCUAACUGAG AAGGGCGUAG GCGCCGUGCU UUUGCUCCC CGCGCGCUGU UUUUCUCGCU GACUUUCAGC GGGCGGAAAA GCCUCGGCCU GCCGCCUUCC ACCGUUCAUU C UAGAGCAA ...文字列:
GGGUUGCGGA GGGUGGGCCU GGGAGGGGUG GUGGCCAUUU UUUGUCUAAC CCUAACUGAG AAGGGCGUAG GCGCCGUGCU UUUGCUCCC CGCGCGCUGU UUUUCUCGCU GACUUUCAGC GGGCGGAAAA GCCUCGGCCU GCCGCCUUCC ACCGUUCAUU C UAGAGCAA ACAAAAAAUG UCAGCUGCUG GCCCGUUCGC CCCUCCCGGG GACCUGCGGC GGGUCGCCUG CCCAGCCCCC GA ACCCCGC CUGGAGGCCG CGGUCGGCCC GGGGCUUCUC CGGAGGCACC CACUGCCACC GCGAAGAGUU GGGCUCUGUC AGC CGCGGG UCUCUCGGGG GCGAGGGCGA GGUUCAGGCC UUUCAGGCCG CAGGAAGAGG AACGGAGCGA GUCCCCGCGC GCGG CGCGA UUCCCUGAGC UGUGGGACGU GCACCCAGGA CUCGGCUCAC ACAUGC

GENBANK: GENBANK: U85256.1

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分子 #2: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit DKC1

分子名称: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit DKC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney
分子量理論値: 57.779211 KDa
配列文字列: MADAEVIILP KKHKKKKERK SLPEEDVAEI QHAEEFLIKP ESKVAKLDTS QWPLLLKNFD KLNVRTTHYT PLACGSNPLK REIGDYIRT GFINLDKPSN PSSHEVVAWI RRILRVEKTG HSGTLDPKVT GCLIVCIERA TRLVKSQQSA GKEYVGIVRL H NAIEGGTQ ...文字列:
MADAEVIILP KKHKKKKERK SLPEEDVAEI QHAEEFLIKP ESKVAKLDTS QWPLLLKNFD KLNVRTTHYT PLACGSNPLK REIGDYIRT GFINLDKPSN PSSHEVVAWI RRILRVEKTG HSGTLDPKVT GCLIVCIERA TRLVKSQQSA GKEYVGIVRL H NAIEGGTQ LSRALETLTG ALFQRPPLIA AVKRQLRVRT IYESKMIEYD PERRLGIFWV SCEAGTYIRT LCVHLGLLLG VG GQMQELR RVRSGVMSEK DHMVTMHDVL DAQWLYDNHK DESYLRRVVY PLEKLLTSHK RLVMKDSAVN AICYGAKIML PGV LRYEDG IEVNQEIVVI TTKGEAICMA IALMTTAVIS TCDHGIVAKI KRVIMERDTY PRKWGLGPKA SQKKLMIKQG LLDK HGKPT DSTPATWKQE YVDYSESAKK EVVAEVVKAP QVVAEAAKTA KRKRESESES DETPPAAPQL IKKEKKKSKK DKKAK AGLE SGAEPGDGDS DTTKKKKKKK KAKEVELVSE

UniProtKB: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit DKC1

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分子 #3: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1

分子名称: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney
分子量理論値: 22.387963 KDa
配列文字列: MSFRGGGRGG FNRGGGGGGF NRGGSSNHFR GGGGGGGGGN FRGGGRGGFG RGGGRGGFNK GQDQGPPERV VLLGEFLHPC EDDIVCKCT TDENKVPYFN APVYLENKEQ IGKVDEIFGQ LRDFYFSVKL SENMKASSFK KLQKFYIDPY KLLPLQRFLP R PPGEKGPP ...文字列:
MSFRGGGRGG FNRGGGGGGF NRGGSSNHFR GGGGGGGGGN FRGGGRGGFG RGGGRGGFNK GQDQGPPERV VLLGEFLHPC EDDIVCKCT TDENKVPYFN APVYLENKEQ IGKVDEIFGQ LRDFYFSVKL SENMKASSFK KLQKFYIDPY KLLPLQRFLP R PPGEKGPP RGGGRGGRGG GRGGGGRGGG RGGGFRGGRG GGGGGFRGGR GGGFRGRGH

UniProtKB: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1

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分子 #4: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2

分子名称: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney
分子量理論値: 17.22607 KDa
配列文字列:
MTKIKADPDG PEAQAEACSG ERTYQELLVN QNPIAQPLAS RRLTRKLYKC IKKAVKQKQI RRGVKEVQKF VNKGEKGIMV LAGDTLPIE VYCHLPVMCE DRNLPYVYIP SKTDLGAAAG SKRPTCVIMV KPHEEYQEAY DECLEEVQSL PLPL

UniProtKB: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2

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分子 #5: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3

分子名称: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney
分子量理論値: 7.719989 KDa
配列文字列:
MFLQYYLNEQ GDRVYTLKKF DPMGQQTCSA HPARFSPDDK YSRHRITIKK RFKVLMTQQP RPVL

UniProtKB: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3

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分子 #6: Telomerase Cajal body protein 1

分子名称: Telomerase Cajal body protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney
分子量理論値: 59.35707 KDa
配列文字列: MKTLETQPLA PDCCPSDQDP APAHPSPHAS PMNKNADSEL MPPPPERGDP PRLSPDPVAG SAVSQELREG DPVSLSTPLE TEFGSPSEL SPRIEEQELS ENTSLPAEEA NGSLSEEEAN GPELGSGKAM EDTSGEPAAE DEGDTAWNYS FSQLPRFLSG S WSEFSTQP ...文字列:
MKTLETQPLA PDCCPSDQDP APAHPSPHAS PMNKNADSEL MPPPPERGDP PRLSPDPVAG SAVSQELREG DPVSLSTPLE TEFGSPSEL SPRIEEQELS ENTSLPAEEA NGSLSEEEAN GPELGSGKAM EDTSGEPAAE DEGDTAWNYS FSQLPRFLSG S WSEFSTQP ENFLKGCKWA PDGSCILTNS ADNILRIYNL PPELYHEGEQ VEYAEMVPVL RMVEGDTIYD YCWYSLMSSA QP DTSYVAS SSRENPIHIW DAFTGELRAS FRAYNHLDEL TAAHSLCFSP DGSQLFCGFN RTVRVFSTAR PGRDCEVRAT FAK KQGQSG IISCIAFSPA QPLYACGSYG RSLGLYAWDD GSPLALLGGH QGGITHLCFH PDGNRFFSGA RKDAELLCWD LRQS GYPLW SLGREVTTNQ RIYFDLDPTG QFLVSGSTSG AVSVWDTDGP GNDGKPEPVL SFLPQKDCTN GVSLHPSLPL LATAS GQRV FPEPTESGDE GEELGLPLLS TRHVHLECRL QLWWCGGAPD SSIPDDHQGE KGQGGTEGGV GELI

UniProtKB: Telomerase Cajal body protein 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClSodium chloride
2.0 mMMgCl2Magnesium chloride
0.05 %(C2H4O)nC14H22OIgepal CA630
1.0 %C12H22O11Trehalose
1.0 mMC4H10O2S2DTT
グリッドモデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 5 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 12 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 78.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 41053 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode and fractionated into 48 movie frames
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 45872 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細All images were processed using RELION4.0 and CryoSPARC 4.1.2
粒子像選択選択した数: 18744992
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4) / 使用した粒子像数: 145627
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7bgb


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-8ouf:
The H/ACA RNP lobe of human telomerase with the dyskerin thumb loop in an open conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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