EMDB-16945: cryo-EM structure of human tRNA(GlyCCC) - PUS4 and PUS7 modified

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-16945

タイトル

cryo-EM structure of human tRNA(GlyCCC) - PUS4 and PUS7 modified

マップデータ

main map

試料

複合体: free Gln tRNA

キーワード

tRNA / human / RNA

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.34 Å

データ登録者

Biela AP

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of human tRNAs by single particle cryo-EM
著者: Biela AD / Biela AP / Lin TY / Glatt S

履歴

登録	2023年3月30日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年4月10日	-
マップ公開	2024年4月10日	-
更新	2024年4月10日	-
現状	2024年4月10日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_16945.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_16945.map.gz	7.5 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-16945-v30.xml emd-16945.xml	13.3 KB 13.3 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_16945_fsc.xml	4.2 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_16945.png	23.2 KB
Filedesc metadata	emd-16945.cif.gz	4 KB
その他	emd_16945_half_map_1.map.gz emd_16945_half_map_2.map.gz	7.4 MB 7.4 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16945 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16945	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_16945_validation.pdf.gz	713.3 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_16945_full_validation.pdf.gz	712.9 KB	表示
XML形式データ	emd_16945_validation.xml.gz	10.9 KB	表示
CIF形式データ	emd_16945_validation.cif.gz	13.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16945 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16945	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	16939C 16940C 16941C 16943C 16946C 16947C 16948C 16950C 16951C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_16945.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

main map

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.72 Å/pix. x 128 pix. = 220.16 Å	1.72 Å/pix. x 128 pix. = 220.16 Å	1.72 Å/pix. x 128 pix. = 220.16 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.72 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 1.69
最小 - 最大	-3.747806 - 10.228113
平均 (標準偏差)	0.004380001 (±0.2107098)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: half map A

ファイル

emd_16945_half_map_1.map

注釈

half map A

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map B

ファイル

emd_16945_half_map_2.map

注釈

half map B

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : free Gln tRNA

全体	名称: free Gln tRNA
要素	複合体: free Gln tRNA

-
超分子 #1: free Gln tRNA

超分子	名称: free Gln tRNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	1 mg/mL
緩衝液	pH: 7.5
グリッド	モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 70 sec. / 詳細: 8mA
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8211 / 平均電子線量: 40.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 7910
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1) / 使用した粒子像数: 220280
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1)
最終 3次元分類	クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
ハーフマップ: half map A

-
ハーフマップ: half map B

-
試料の構成要素

-
全体 : free Gln tRNA

-
超分子 #1: free Gln tRNA

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

+
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-EMDBアーカイブ

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-マップ

画像のコントロールX

-添付データ

-ハーフマップ: half map A

-ハーフマップ: half map B

-試料の構成要素

-全体 : free Gln tRNA

-超分子 #1: free Gln tRNA

-実験情報

-構造解析

-試料調製

-電子顕微鏡法

+画像解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
ハーフマップ: half map A

-
ハーフマップ: half map B

-
試料の構成要素

-
全体 : free Gln tRNA

-
超分子 #1: free Gln tRNA

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

+
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)