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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16364
タイトルThe lipid linked oligosaccharide polymerase Wzy and its regulating co-polymerase Wzz form a complex in vivo and in vitro
マップデータWzzE:WzyE complex of Pectobacterium atrosepticum. Sharpened map
試料
  • 複合体: WzzE from Pectobacterium atrosepticum
    • タンパク質・ペプチド: ECA polysaccharide chain length modulation protein
キーワードenterobacterial common antigen / lipopolysaccharide / Wzx/Wzy pathway / polysaccharide polymerase / polysaccharide co-polymerase / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性ECA polysaccharide chain length modulation protein WzzE / enterobacterial common antigen biosynthetic process / Polysaccharide chain length determinant N-terminal domain / Chain length determinant protein / lipopolysaccharide biosynthetic process / plasma membrane / ECA polysaccharide chain length modulation protein
機能・相同性情報
生物種Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Weckener M / Woodward LS / Clarke BR / Liu H / Ward PN / Le Bas A / Bhella D / Whitfield C / Naismith JH
資金援助 英国, カナダ, 4件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust20289/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust100209/Z/12/Z 英国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN-2016-148364 カナダ
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_12014/7 英国
引用ジャーナル: Open Biol / 年: 2023
タイトル: The lipid linked oligosaccharide polymerase Wzy and its regulating co-polymerase, Wzz, from enterobacterial common antigen biosynthesis form a complex.
著者: Miriam Weckener / Laura S Woodward / Bradley R Clarke / Huanting Liu / Philip N Ward / Audrey Le Bas / David Bhella / Chris Whitfield / James H Naismith /
要旨: The enterobacterial common antigen (ECA) is a carbohydrate polymer that is associated with the cell envelope in the . ECA contains a repeating trisaccharide which is polymerized by WzyE, a member of ...The enterobacterial common antigen (ECA) is a carbohydrate polymer that is associated with the cell envelope in the . ECA contains a repeating trisaccharide which is polymerized by WzyE, a member of the Wzy membrane protein polymerase superfamily. WzyE activity is regulated by a membrane protein polysaccharide co-polymerase, WzzE. Förster resonance energy transfer experiments demonstrate that WzyE and WzzE from form a complex , and immunoblotting and cryo-electron microscopy (cryo-EM) analysis confirm a defined stoichiometry of approximately eight WzzE to one WzyE. Low-resolution cryo-EM reconstructions of the complex, aided by an antibody recognizing the C-terminus of WzyE, reveals WzyE sits in the central membrane lumen formed by the octameric arrangement of the transmembrane helices of WzzE. The pairing of Wzy and Wzz is found in polymerization systems for other bacterial polymers, including lipopolysaccharide O-antigens and capsular polysaccharides. The data provide new structural insight into a conserved mechanism for regulating polysaccharide chain length in bacteria.
履歴
登録2022年12月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月19日-
マップ公開2023年4月19日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16364.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16364.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈WzzE:WzyE complex of Pectobacterium atrosepticum. Sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.12027797 - 0.18066095
平均 (標準偏差)0.000015709102 (±0.0059103332)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 271.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: WzzE:WzyE complex of Pectobacterium atrosepticum. DeepEMhancer processed map...

ファイルemd_16364_additional_1.map
注釈WzzE:WzyE complex of Pectobacterium atrosepticum. DeepEMhancer processed map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: WzzE:WzyE complex of Pectobacterium atrosepticum. Half map 1

ファイルemd_16364_half_map_1.map
注釈WzzE:WzyE complex of Pectobacterium atrosepticum. Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: WzzE:WzyE complex of Pectobacterium atrosepticum. Half map 2

ファイルemd_16364_half_map_2.map
注釈WzzE:WzyE complex of Pectobacterium atrosepticum. Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : WzzE from Pectobacterium atrosepticum

全体名称: WzzE from Pectobacterium atrosepticum
要素
  • 複合体: WzzE from Pectobacterium atrosepticum
    • タンパク質・ペプチド: ECA polysaccharide chain length modulation protein

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超分子 #1: WzzE from Pectobacterium atrosepticum

超分子名称: WzzE from Pectobacterium atrosepticum / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Polysaccharide polymerase co-factor
由来(天然)生物種: Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)

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分子 #1: ECA polysaccharide chain length modulation protein

分子名称: ECA polysaccharide chain length modulation protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)
分子量理論値: 39.546781 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GAMVKSENLS TGNALIDNEL DIRGLFRLLW RGKVWPIAIG LLFAVVALGY SYLVKQEWGA TSITDKPTVN MLGGYYSQQQ FLRNLDARS FSSPQPEQPS ISAGAYDEFI MQLAAYDTRR DFWLQTDYYK QRLEGDEKAD AALLDELVNN IQFTARDDGK K TNDSVKLV ...文字列:
GAMVKSENLS TGNALIDNEL DIRGLFRLLW RGKVWPIAIG LLFAVVALGY SYLVKQEWGA TSITDKPTVN MLGGYYSQQQ FLRNLDARS FSSPQPEQPS ISAGAYDEFI MQLAAYDTRR DFWLQTDYYK QRLEGDEKAD AALLDELVNN IQFTARDDGK K TNDSVKLV AETSSDSNTL LRQYVVFASQ RAANHLNEEI KGAWAARTIF MKSQIKRQEA VAKAIYDREV RSVELALKIA QQ QGISRSQ TDTPADEIPA SEMFLLGRPM LQARLETLQT SGPHYELDYD QNRAMLATLN VGPTLEASFQ TYRYLRTPEE PVK RDSPRR AFLMVMWGAI GVLVGAGVAL ARRLR

UniProtKB: ECA polysaccharide chain length modulation protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: 50 mM phosphate buffer, pH 8, 200 mM NaCl, 0.026% (w/v) DDM
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Quantifoil R2/2 400 mesh grids were glow-discharged in the presence of pentyl-amine to drive protein into the ice..
詳細This membrane protein was purified in the presence of DDM

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2347 / 平均露光時間: 8.5 sec. / 平均電子線量: 85.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 464832
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: Relion 3.1 AutoRefine / 使用した粒子像数: 190490
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細The model was built into a density modified map - processed using DeepEMhancer
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8c0e:
The lipid linked oligosaccharide polymerase Wzy and its regulating co-polymerase Wzz form a complex in vivo and in vitro

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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