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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16357 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of Aspergillus nidulans UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase | |||||||||
マップデータ | Main sharpened cryoEM map with D4 symmetry | |||||||||
試料 |
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キーワード | NDP-sugar pyrophosphorylases / UDP-Glc pyrophosphorylases / cell wall biosynthesis / Aspergillus nidulans. (アスペルギルス・ニデュランス) / SUGAR BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 (1->6)-beta-D-glucan biosynthetic process / 胞子 / UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / UDP-glucose metabolic process / trehalose biosynthetic process / anatomical structure development / glycogen biosynthetic process / glycogen metabolic process / 細胞分化 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Aspergillus nidulans FGSC A4 (アスペルギルス・ニデュランス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.98 Å | |||||||||
データ登録者 | Han X / D Angelo C / Otamendi A / Cifuente JO / de Astigarraga E / Ochoa-Lizarralde B / Grininger M / Routier FH / Guerin ME / Fuehring J ...Han X / D Angelo C / Otamendi A / Cifuente JO / de Astigarraga E / Ochoa-Lizarralde B / Grininger M / Routier FH / Guerin ME / Fuehring J / Etxebeste O / Connell SR | |||||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Molecular mechanism of UDP-Glc biosynthesis by the essential UDP-Glc pyrophosphorylase from Aspergillus nidulans 著者: Han X / D Angelo C / Otamendi A / Cifuente JO / de Astigarraga E / Ochoa-Lizarralde B / Grininger M / Routier FH / Guerin ME / Fuehring J / Etxebeste O / Connell SR | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16357.map.gz | 57.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16357-v30.xml emd-16357.xml | 25.8 KB 25.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16357_fsc.xml | 8.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16357.png | 72.9 KB | ||
その他 | emd_16357_additional_1.map.gz emd_16357_additional_2.map.gz emd_16357_additional_3.map.gz emd_16357_additional_4.map.gz emd_16357_additional_5.map.gz emd_16357_half_map_1.map.gz emd_16357_half_map_2.map.gz | 31.1 MB 31.6 MB 57.4 MB 32.2 MB 57.2 MB 59.1 MB 59.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16357 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16357 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8c0bMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16357.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Main sharpened cryoEM map with D4 symmetry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Main unsharpened cryoEM map with D4 symmetry
ファイル | emd_16357_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Main unsharpened cryoEM map with D4 symmetry | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened cryoEM map with C1 symmetry
ファイル | emd_16357_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened cryoEM map with C1 symmetry | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: sharpened cryoEM map with C1 symmetry
ファイル | emd_16357_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | sharpened cryoEM map with C1 symmetry | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened locally refined cryoEM map
ファイル | emd_16357_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened locally refined cryoEM map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: sharpened locally refined cryoEM map
ファイル | emd_16357_additional_5.map | ||||||||||||
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注釈 | sharpened locally refined cryoEM map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Main cryoEM half map A with D4 symmetry
ファイル | emd_16357_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Main cryoEM half map A with D4 symmetry | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Main cryoEM half map B with D4 symmetry
ファイル | emd_16357_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Main cryoEM half map B with D4 symmetry | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
全体 | 名称: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase |
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要素 |
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-超分子 #1: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
超分子 | 名称: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Aspergillus nidulans FGSC A4 (アスペルギルス・ニデュランス) |
-分子 #1: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
分子 | 名称: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: Aspergillus nidulans FGSC A4 (アスペルギルス・ニデュランス) |
分子量 | 理論値: 57.634672 KDa |
配列 | 文字列: MATKDLPTHL SSNTGFGKHH GKTQSHMAFE NASTSVAASQ MRNALNALAE TVPDPNERKR FEAEMDNFFA LFRRFLNDKA KGNVVNWDR IAPPQPSQVV NYDDIGKESS VEFLNKLAVV KLNGGLGTSM GCVGPKSVIE VREGMSFLDL SVRQIEHLNR T YNVNVPFV ...文字列: MATKDLPTHL SSNTGFGKHH GKTQSHMAFE NASTSVAASQ MRNALNALAE TVPDPNERKR FEAEMDNFFA LFRRFLNDKA KGNVVNWDR IAPPQPSQVV NYDDIGKESS VEFLNKLAVV KLNGGLGTSM GCVGPKSVIE VREGMSFLDL SVRQIEHLNR T YNVNVPFV LMNSFNTDQD TQSIIKKYQG HNVDIITFNQ SRYPRIIKDS LLPAPKSFDA PLQDWYPPGH GDVFESLYNS GT LDKLLER GVEYIFLSNA DNLGAVVDTR ILQHMIDTKA EYIMELTDKT KADVKGGTII DYEGKVRLLE IAQVPKEHVN EFK SIKKFK YFNTNNIWMN LRAIKRVVEE NELEMEIIAN EKSIPADKKG EADQAIYQLE TAVGAAIRHF KNAHGVNVPR RRFL PVKTC SDLLLVKSDL YRLEHGQLVM DPNRFGGVPV IKLGSDFKKV SDFQKRIPSI PRIVELDHLT ITGAVNLGRN VTLKG TVII VATEGSTIDI PPGSVLENCV VQGSLRILEH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.18 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
詳細: 50 mM Tris, 200 mM NaCl, 2 mM Beta-mercaptoethanol, pH 7.8 | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | The sample was monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |