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万見
- EMDB-16136: Cryo-electron tomogram acquired on a cryo-FIB lamella of a retina... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16136
タイトルCryo-electron tomogram acquired on a cryo-FIB lamella of a retinal pigment epithelial (RPE1) cell
マップデータReconstructed cryo-electron tomogram acquired on RPE1 cryo-FIB lamella
試料
  • 細胞器官・細胞要素: RPE1 cytosol with actin stress fiber
キーワードActin stress fiber / CYTOSOLIC PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Mahamid J / Goetz SK
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)760067European Union
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2020
タイトル: Tailoring cryo-electron microscopy grids by photo-micropatterning for in-cell structural studies.
著者: Mauricio Toro-Nahuelpan / Ievgeniia Zagoriy / Fabrice Senger / Laurent Blanchoin / Manuel Théry / Julia Mahamid /
要旨: Spatially controlled cell adhesion on electron microscopy supports remains a bottleneck in specimen preparation for cellular cryo-electron tomography. Here, we describe contactless and mask-free ...Spatially controlled cell adhesion on electron microscopy supports remains a bottleneck in specimen preparation for cellular cryo-electron tomography. Here, we describe contactless and mask-free photo-micropatterning of electron microscopy grids for site-specific deposition of extracellular matrix-related proteins. We attained refined cell positioning for micromachining by cryo-focused ion beam milling. Complex micropatterns generated predictable intracellular organization, allowing direct correlation between cell architecture and in-cell three-dimensional structural characterization of the underlying molecular machinery.
履歴
登録2022年11月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16136.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 513.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Reconstructed cryo-electron tomogram acquired on RPE1 cryo-FIB lamella
ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.481 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)-1.4660258 (±27.244865000000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00313
サイズ928928625
Spacing928928625
セルA: 12510.368 Å / B: 12510.368 Å / C: 8425.625 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RPE1 cytosol with actin stress fiber

全体名称: RPE1 cytosol with actin stress fiber
要素
  • 細胞器官・細胞要素: RPE1 cytosol with actin stress fiber

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超分子 #1: RPE1 cytosol with actin stress fiber

超分子名称: RPE1 cytosol with actin stress fiber / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: RPE1 cell line / 細胞中の位置: cytosol

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE
Cryo protectantNone
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.05 / 集束イオンビーム - 時間: 120 / 集束イオンビーム - 温度: 88 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Thermo Fisher Aquilos. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 42000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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