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万見
- EMDB-15549: In situ cryo-electron tomogram of a bulk autophagy phagophore in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15549
タイトルIn situ cryo-electron tomogram of a bulk autophagy phagophore in S. cerevisiae #4
マップデータIn situ yeast phagophore #4
試料
  • 細胞: In situ cryo-electron tomogram of a bulk autophagy phagophore in S. cerevisiae #4
キーワードAutophagy / phagophore / fusion / yeast / bulk / degradation / RIBOSOME
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Capitanio C / Bieber A / Erdmann PS / Schulman BA / Baumeister W / Wilfling F
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other privateASAP-000282 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: In situ structural analysis reveals membrane shape transitions during autophagosome formation.
著者: Anna Bieber / Cristina Capitanio / Philipp S Erdmann / Fabian Fiedler / Florian Beck / Chia-Wei Lee / Delong Li / Gerhard Hummer / Brenda A Schulman / Wolfgang Baumeister / Florian Wilfling /
要旨: Autophagosomes are unique organelles that form de novo as double-membrane vesicles engulfing cytosolic material for destruction. Their biogenesis involves membrane transformations of distinctly ...Autophagosomes are unique organelles that form de novo as double-membrane vesicles engulfing cytosolic material for destruction. Their biogenesis involves membrane transformations of distinctly shaped intermediates whose ultrastructure is poorly understood. Here, we combine cell biology, correlative cryo-electron tomography (cryo-ET), and extensive data analysis to reveal the step-by-step structural progression of autophagosome biogenesis at high resolution directly within yeast cells. The analysis uncovers an unexpectedly thin intermembrane distance that is dilated at the phagophore rim. Mapping of individual autophagic structures onto a timeline based on geometric features reveals a dynamical change of membrane shape and curvature in growing phagophores. Moreover, our tomograms show the organelle interactome of growing autophagosomes, highlighting a polar organization of contact sites between the phagophore and organelles, such as the vacuole and the endoplasmic reticulum (ER). Collectively, these findings have important implications for the contribution of different membrane sources during autophagy and for the forces shaping and driving phagophores toward closure without a templating cargo.
履歴
登録2022年8月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月28日-
マップ公開2022年9月28日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15549.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15549.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈In situ yeast phagophore #4
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
14.08 Å/pix.
x 342 pix.
= 4815.36 Å		14.08 Å/pix.
x 928 pix.
= 13066.24 Å		14.08 Å/pix.
x 928 pix.
= 13066.24 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 14.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-228.003420000000006 - 92.486220000000003
平均 (標準偏差)1.3054918 (±8.692864)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-171
サイズ928928342
Spacing928928342
セルA: 13066.24 Å / B: 13066.24 Å / C: 4815.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : In situ cryo-electron tomogram of a bulk autophagy phagophore in ...

全体名称: In situ cryo-electron tomogram of a bulk autophagy phagophore in S. cerevisiae #4
要素
  • 細胞: In situ cryo-electron tomogram of a bulk autophagy phagophore in S. cerevisiae #4

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超分子 #1: In situ cryo-electron tomogram of a bulk autophagy phagophore in ...

超分子名称: In situ cryo-electron tomogram of a bulk autophagy phagophore in S. cerevisiae #4
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Phagophore in the cytoplasm next to the vacuole. The position of the phagophore corresponds to eGFP-Atg8 signal detected by cryo-fluorescence microscopy.
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DF5

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細S. cerevisiae. 2 hours starvation in SD-N.
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.3 / 集束イオンビーム - 時間: 2400 / 集束イオンビーム - 温度: 91 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 7000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 150
集束イオンビーム - 詳細: Correlative FIB-milling. The lamella was prepared in the location of fluorescence signal.. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Other. This is not ...集束イオンビーム - 詳細: Correlative FIB-milling. The lamella was prepared in the location of fluorescence signal.. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Other. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3712 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3712 pixel / 実像数: 60 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 120.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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