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- EMDB-15397: Symmetry expanded D7 local refined map of 20 proteasome protein f... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15397
タイトルSymmetry expanded D7 local refined map of 20 proteasome protein from Chaetomium thermophilum
マップデータcryo-EM 3D map of 20S proteasome from Chaetomium thermophilum. Local refined with D7 symmetry applied
試料
  • 細胞器官・細胞要素: native cell extract of Chaetomium thermophilum
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
キーワード20S Proteasome / Hydrolase / Chaetomium thermophilum / native cell extracts
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / : / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nucleus ...proteasome core complex / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / : / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit ...Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Putative proteasome protein / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome alpha-type subunits domain-containing protein / Proteasome subunit beta / proteasome endopeptidase complex / Proteasome subunit alpha type / Proteasome alpha-type subunits domain-containing protein ...Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Putative proteasome protein / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome alpha-type subunits domain-containing protein / Proteasome subunit beta / proteasome endopeptidase complex / Proteasome subunit alpha type / Proteasome alpha-type subunits domain-containing protein / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) / Thermochaetoides thermophila (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.74 Å
データ登録者Semchonok DA / Kyrilis FL / Hamdi F / Kastritis PL
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Symmetry expanded D7 local refined map of 20S proteasome from Chaetomium thermophilum
著者: Semchonok DA / Kyrilis FL / Hamdi F / Kastritis PL
履歴
登録2022年7月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2023年8月16日-
現状2023年8月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15397.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15397.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo-EM 3D map of 20S proteasome from Chaetomium thermophilum. Local refined with D7 symmetry applied
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 256 pix.
= 245.76 Å		0.96 Å/pix.
x 256 pix.
= 245.76 Å		0.96 Å/pix.
x 256 pix.
= 245.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.422
最小 - 最大-0.9024796 - 1.4850488
平均 (標準偏差)0.011719574 (±0.10687204)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 245.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15397_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cryo-EM 3D map of 20S proteasome from Chaetomium...

ファイルemd_15397_additional_1.map
注釈cryo-EM 3D map of 20S proteasome from Chaetomium thermophilum with C1 symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cryo-EM 3D mask for Hsp90 from Chaetomium thermophilum...

ファイルemd_15397_additional_10.map
注釈cryo-EM 3D mask for Hsp90 from Chaetomium thermophilum for C1 symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cryo-EM 3D map of Hsp60 from Chaetomium thermophilum...

ファイルemd_15397_additional_11.map
注釈cryo-EM 3D map of Hsp60 from Chaetomium thermophilum with local refinement and D7 symmetry applied
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cryo-EM 3D mask for Hsp60 from Chaetomium thermophilum...

ファイルemd_15397_additional_12.map
注釈cryo-EM 3D mask for Hsp60 from Chaetomium thermophilum with local refinement and D7 symmetry applied
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cryo-EM 3D map of Hsp60 from Chaetomium thermophilum with C1 symmetry

ファイルemd_15397_additional_13.map
注釈cryo-EM 3D map of Hsp60 from Chaetomium thermophilum with C1 symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cryo-EM 3D mask for Hsp60 from Chaetomium thermophilum...

ファイルemd_15397_additional_14.map
注釈cryo-EM 3D mask for Hsp60 from Chaetomium thermophilum with C1 symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cryo-EM 3D map of Hsp60 from Chaetomium thermophilum...

ファイルemd_15397_additional_15.map
注釈cryo-EM 3D map of Hsp60 from Chaetomium thermophilum with D7 symmetry applied
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cryo-EM 3D mask for Hsp60 from Chaetomium thermophilum...

ファイルemd_15397_additional_16.map
注釈cryo-EM 3D mask for Hsp60 from Chaetomium thermophilum with D7 symmetry applied
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cryo-EM 3D map of UGPase from Chaetomium thermophilum...

ファイルemd_15397_additional_17.map
注釈cryo-EM 3D map of UGPase from Chaetomium thermophilum with C2 symmetry applied
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: cryo-EM 3D mask of 20S proteasome from Chaetomium...

ファイルemd_15397_additional_2.map
注釈cryo-EM 3D mask of 20S proteasome from Chaetomium thermophilum with C1 symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: cryo-EM 3D map of 20S proteasome from Chaetomium...

ファイルemd_15397_additional_3.map
注釈cryo-EM 3D map of 20S proteasome from Chaetomium thermophilum with D7 symmetry applied
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cryo-EM 3D mask of 20S proteasome from Chaetomium...

ファイルemd_15397_additional_4.map
注釈cryo-EM 3D mask of 20S proteasome from Chaetomium thermophilum with D7 symmetry applied
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cryo-EM 3D map of ACLY from Chaetomium thermophilum with C1 symmetry

ファイルemd_15397_additional_5.map
注釈cryo-EM 3D map of ACLY from Chaetomium thermophilum with C1 symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cryo-EM 3D mask for ACLY from Chaetomium thermophilum...

ファイルemd_15397_additional_6.map
注釈cryo-EM 3D mask for ACLY from Chaetomium thermophilum with C1 symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cryo-EM 3D map of ACLY from Chaetomium thermophilum...

ファイルemd_15397_additional_7.map
注釈cryo-EM 3D map of ACLY from Chaetomium thermophilum with D2 symmetry applied
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cryo-EM 3D mask for ACLY from Chaetomium thermophilum...

ファイルemd_15397_additional_8.map
注釈cryo-EM 3D mask for ACLY from Chaetomium thermophilum with D2 symmetry applied
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cryo-EM 3D map of Hsp90 from Chaetomium thermophilum with C1 symmetry

ファイルemd_15397_additional_9.map
注釈cryo-EM 3D map of Hsp90 from Chaetomium thermophilum with C1 symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: #2

ファイルemd_15397_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15397_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : native cell extract of Chaetomium thermophilum

全体名称: native cell extract of Chaetomium thermophilum
要素
  • 細胞器官・細胞要素: native cell extract of Chaetomium thermophilum
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-1
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-4
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-5
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-6
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-7
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-1
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-4
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-5
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-6
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-7

+
超分子 #1: native cell extract of Chaetomium thermophilum

超分子名称: native cell extract of Chaetomium thermophilum / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Purified and fractionated (fraction 25) cell lysate of Chaetomium thermophilum
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 600 KDa

+
分子 #1: Proteasome subunit alpha type-1

分子名称: Proteasome subunit alpha type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
配列文字列: MAGNAGYDRH ITIFSEQGRL YQVEYAFKAI TAANIMSIGV RGKDCAVVLS QKKVPDKLID PSSVTHIFQ ISPSIGCVIT GSIADARAWA QRAQSEAAEF KYKYGYEMPC DALAKRLANI S QVYTQRAY MRPYGIATTL IGMDEEFGPQ LFKCDPAGYY IGYKGTAAGP ...文字列:
MAGNAGYDRH ITIFSEQGRL YQVEYAFKAI TAANIMSIGV RGKDCAVVLS QKKVPDKLID PSSVTHIFQ ISPSIGCVIT GSIADARAWA QRAQSEAAEF KYKYGYEMPC DALAKRLANI S QVYTQRAY MRPYGIATTL IGMDEEFGPQ LFKCDPAGYY IGYKGTAAGP KQQEAINHLE KK LKNKDYA PGDWKEVVEL AITTLSTVLS MDFKKTEIEI GIVGGPRPDG KPGTYRGFRT LTE DEIDER LQAIAEKD

UniProtKB: Proteasome alpha-type subunits domain-containing protein

+
分子 #2: Proteasome subunit alpha type-2

分子名称: Proteasome subunit alpha type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
配列文字列: MADRYSFSLT TFSPSGKLVQ IEYALNAVNQ GVTALGIKAT NGIVLATEKK SSTPLADPSS LSKISLITP NIGMVYAGMG PDYRVLVDRA RKVSHTNYKR IYNEYPPTRI LVQDVARVMQ E ATQSGGVR PYGVSLLIAG WDEGILPEEE EKTTEGQGTS TGEKKKAPGG ...文字列:
MADRYSFSLT TFSPSGKLVQ IEYALNAVNQ GVTALGIKAT NGIVLATEKK SSTPLADPSS LSKISLITP NIGMVYAGMG PDYRVLVDRA RKVSHTNYKR IYNEYPPTRI LVQDVARVMQ E ATQSGGVR PYGVSLLIAG WDEGILPEEE EKTTEGQGTS TGEKKKAPGG KTGGILKGGP ML YQVDPSG SYFPWKATAI GKSAATAKTF LEKRYTEGLE LEDAVHIALL TLKETIEGEM NGE TIEIGI VGPPADHLLG VEGVEGARGP RFRKLTPQEI EDYLTNL

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

+
分子 #3: Proteasome subunit alpha type-3

分子名称: Proteasome subunit alpha type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
配列文字列: MARRYDSRTT IFSPDGRLYQ VEYALEAISH AGTAIGILAK DGIVLAAERK VTSKLLEQDT SAEKLYVIN DNMICAVAGM TADANILINF ARQVAQRYLL TYNEDIPCEQ LVRRLCDLKQ G YTQHGGLR PFGVSFIYAG WDPQREFQLY LSNPSGNYGG WKATSSGANH ...文字列:
MARRYDSRTT IFSPDGRLYQ VEYALEAISH AGTAIGILAK DGIVLAAERK VTSKLLEQDT SAEKLYVIN DNMICAVAGM TADANILINF ARQVAQRYLL TYNEDIPCEQ LVRRLCDLKQ G YTQHGGLR PFGVSFIYAG WDPQREFQLY LSNPSGNYGG WKATSSGANH ASAQSLLKQD YK EDCTLEE ACDLAVKVLS KTMDATKLSS DKIEFATVGK TKDGKIYHKL WSAEEITALL KKH DLAKDE TTEEK

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

+
分子 #4: Proteasome subunit alpha type-4

分子名称: Proteasome subunit alpha type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
配列文字列: MASGYDRALS VFSPDGHVFQ VEYAGEAVKR GTCAVGVKGK DVVVLGCEKR SAMKLQDTRI TPSKIGLID SHVCLAFAGL NADARILIDK ARLEAQSHRL NLEDPVTIEY ITKYVAGVQQ R YTQSGGVR PFGISTLIVG FDKGSNVPRL YQTEPSGIYS AWKANAIGRS ...文字列:
MASGYDRALS VFSPDGHVFQ VEYAGEAVKR GTCAVGVKGK DVVVLGCEKR SAMKLQDTRI TPSKIGLID SHVCLAFAGL NADARILIDK ARLEAQSHRL NLEDPVTIEY ITKYVAGVQQ R YTQSGGVR PFGISTLIVG FDKGSNVPRL YQTEPSGIYS AWKANAIGRS SKTVREFLER NY KEDMDRE ATIRLAIKSL LEVVQTGAKN IEIAVMAPGK PMEMLPVEEI ENYVKSIEQE KQE EAAKKK TGRTPGTGTA TILTRPQDEP GDH

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

+
分子 #5: Proteasome subunit alpha type-5

分子名称: Proteasome subunit alpha type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
配列文字列: MFVARSEYDR GINFTSSEIN PSPLANIPST FSPEGRLFQV EYSLEAIKLG STAIGVATSE GVILGVEKR VTSTLLETSS VEKIVEIDRH IGCAMSGLQA DARSMVEHAR VECQSHAFHY N EPLRVESC TQAICDLALR FGESADGEES IMSRPFGVAL LIAGIDEDGP ...文字列:
MFVARSEYDR GINFTSSEIN PSPLANIPST FSPEGRLFQV EYSLEAIKLG STAIGVATSE GVILGVEKR VTSTLLETSS VEKIVEIDRH IGCAMSGLQA DARSMVEHAR VECQSHAFHY N EPLRVESC TQAICDLALR FGESADGEES IMSRPFGVAL LIAGIDEDGP QLYHAEPSGT FY RYDAKAI GSGSEGAQAE LQNEYHKSLT LADAETLVLK TLKQVMEEKL DAKNVQLASV TKE RGFRIY TDEEMAAVVA RLPAN

UniProtKB: Proteasome alpha-type subunits domain-containing protein

+
分子 #6: Proteasome subunit alpha type-6

分子名称: Proteasome subunit alpha type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
配列文字列: MFRNNYDNDS VTFSPQGRIF QVEYAAEAVK QGSVVNPKPA QRRRTLVLPK KLFPIDEHVG IAIAGLTSD ARVLSNFMKQ QCLGHRLTYG RSMPVRTLVD LIGSKAQINT QHYGKRPYGV G LLIAGVDE HGPHLFEFQP SGMTEEMIAF AIGARSQMAR TYLEKHLDKF ...文字列:
MFRNNYDNDS VTFSPQGRIF QVEYAAEAVK QGSVVNPKPA QRRRTLVLPK KLFPIDEHVG IAIAGLTSD ARVLSNFMKQ QCLGHRLTYG RSMPVRTLVD LIGSKAQINT QHYGKRPYGV G LLIAGVDE HGPHLFEFQP SGMTEEMIAF AIGARSQMAR TYLEKHLDKF ADCSRDELIR HG LRALKES LVQDRELTID NTSVGVVGIK EQGEDGAAAK IEPFRVYDGQ DVAEWIESVS DER GAEGEG MEVDS

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

+
分子 #7: Proteasome subunit alpha type-7

分子名称: Proteasome subunit alpha type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
配列文字列: MTSIGTGYDL ANSIFSPDGR NFQVEYALKA VENGGTSIGI RCKEGVVLAV EKIITSKLLK PGANKRIAT VDRHIGIAFS GMIPDGRHFI DRARDEARAW RDTFKTPITT ADLASRMGGY M QAYTLYQS VRPFGITTII AGYDSPEDER VDGEVGRGPS CGAGGKVAGK ...文字列:
MTSIGTGYDL ANSIFSPDGR NFQVEYALKA VENGGTSIGI RCKEGVVLAV EKIITSKLLK PGANKRIAT VDRHIGIAFS GMIPDGRHFI DRARDEARAW RDTFKTPITT ADLASRMGGY M QAYTLYQS VRPFGITTII AGYDSPEDER VDGEVGRGPS CGAGGKVAGK THGGPYLYMI EP SGLYWGY YGAATGKGRQ AAKAELEKLD LQGDSLTLEQ AVKEAARIIY VAHDDSKDKD FEL EMTWIS GPDGPTKGLH QEVPKALREE AERLAKKALE DDDEEEAKEE KKDDDKMEE

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

+
分子 #8: Proteasome subunit beta type-1

分子名称: Proteasome subunit beta type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
配列文字列: MEFGTTGCLS EDGIHLDMDR LKKGEVNLGT SIMAVTFKDG VILGADSRTT TGAYIANRVT DKLTQVHDT IWCCRSGSAA DTQAVADVVK YQLELFSMMN GRPPTTQTAA AIFQEICYAN K DMLSAGLI IAGWDPRHGG QVYSIPLGGS LHRQAYAIGG SGSTYIYGYC ...文字列:
MEFGTTGCLS EDGIHLDMDR LKKGEVNLGT SIMAVTFKDG VILGADSRTT TGAYIANRVT DKLTQVHDT IWCCRSGSAA DTQAVADVVK YQLELFSMMN GRPPTTQTAA AIFQEICYAN K DMLSAGLI IAGWDPRHGG QVYSIPLGGS LHRQAYAIGG SGSTYIYGYC DAHWREGMSE EE AVQFVKG ALREAIKWDG SSGGVIRMVV LTEKGAERHL YLPDTDYQVR HA

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #9: Proteasome subunit beta type-2

分子名称: Proteasome subunit beta type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
配列文字列: MPGFDFSNYN RNVALHQRGV PLPKATSTGT TIVGCIYDGG VVIAADTRAT SGPIVADKNC EKLHYIAPN IWCAGAGTAA DTEFTTALIS SQIELHALST GRKPRVVTAM TMLKQHLFRY Q GYIGAYLV VAGVDPTGTH LFTVHAHGST DKLPYVTMGS GSLAAMAVFE ...文字列:
MPGFDFSNYN RNVALHQRGV PLPKATSTGT TIVGCIYDGG VVIAADTRAT SGPIVADKNC EKLHYIAPN IWCAGAGTAA DTEFTTALIS SQIELHALST GRKPRVVTAM TMLKQHLFRY Q GYIGAYLV VAGVDPTGTH LFTVHAHGST DKLPYVTMGS GSLAAMAVFE TQWKPSLTRE EA IKLCSDA IEAGIWNDLG SGSNVDVAVI TAEKTTLMRN YLKPNERTKK LGSYKFPKGT TAV LNEQVI KKEDITKYVT IHDLTEESGD KMEVDT

UniProtKB: proteasome endopeptidase complex

+
分子 #10: Proteasome subunit beta type-3

分子名称: Proteasome subunit beta type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
配列文字列: MSSPFSINGG ACVAMVGKNC VAIACDLRLG LQALTVSNNF PKIFQYGDHV FLGLTGLATD VQTVADIFR YKVNLYRLRE ERHIAPRTFA NLVSSSLYER RFGPWFVSPV VAGLDPKTGE P FICGFDSI GCIDFAKDFI VSGTATEQLF GMCESLWEPD LGPEELFETI ...文字列:
MSSPFSINGG ACVAMVGKNC VAIACDLRLG LQALTVSNNF PKIFQYGDHV FLGLTGLATD VQTVADIFR YKVNLYRLRE ERHIAPRTFA NLVSSSLYER RFGPWFVSPV VAGLDPKTGE P FICGFDSI GCIDFAKDFI VSGTATEQLF GMCESLWEPD LGPEELFETI SQALLNAVDR DA LSGWGAH VYIIEKDKVT KRLLKGRQD

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #11: Proteasome subunit beta type-4

分子名称: Proteasome subunit beta type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
配列文字列: MRGPTILKAT DDKTRQLNKH TLLAFSGEAG DTVQFAEYIQ ANSQLYSMRN ETDLSPAALA HFVRGELAS SLRSRHPYSV NLLLGGVDPI SGKPSLYWID YLASLAPVPY AAHGYAQYYC L SLLDKHHH PDIDLDQGRK LLDMCADELK RRLPIDFKGL VVKAVTKNGI ...文字列:
MRGPTILKAT DDKTRQLNKH TLLAFSGEAG DTVQFAEYIQ ANSQLYSMRN ETDLSPAALA HFVRGELAS SLRSRHPYSV NLLLGGVDPI SGKPSLYWID YLASLAPVPY AAHGYAQYYC L SLLDKHHH PDIDLDQGRK LLDMCADELK RRLPIDFKGL VVKAVTKNGI VDLPFDDDRI VK SANFVRA MGIGKHETDT LVDFNAGSSS QDVRCRKDVN YMQSRMLTNG TAGINGNADL AQQ KNLPQY KRTTPDFRVG

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #12: Proteasome subunit beta type-5

分子名称: Proteasome subunit beta type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
配列文字列: MDKIVAQYSR PAYQQTELFD ELEQQDLVTT NPPLSLKFAM PPVTHPSAWL RAVTDDRSNP SCPIKIAHG TTTLAFRFKE GIIVATDSRA TAGNWIASQT VKKVIEINSE LLGTMAGGAA D CQYWLAWL GMQCRLHELR HKRRISVAAA SKILANLVYQ YKGMGLSMGT ...文字列:
MDKIVAQYSR PAYQQTELFD ELEQQDLVTT NPPLSLKFAM PPVTHPSAWL RAVTDDRSNP SCPIKIAHG TTTLAFRFKE GIIVATDSRA TAGNWIASQT VKKVIEINSE LLGTMAGGAA D CQYWLAWL GMQCRLHELR HKRRISVAAA SKILANLVYQ YKGMGLSMGT MCAGVTKEEG PA LYYIDSD GTRLAGNLFC VGSGQTFAYG VLDAEYRYDL TTEEALDLAS RSILAATHRD AYS GGYINL YHVKESGWVK HGFTDTNPVF WKTKLEKGEF SNVTSEF

UniProtKB: Proteasome subunit beta

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分子 #13: Proteasome subunit beta type-6

分子名称: Proteasome subunit beta type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
配列文字列: MAAMFSQNPL MNGPNYSFSD APRFSVPEGA REHRFDPYAD NGGSTLAIAG ADFTIMAGDT RLTSGYSIN SRYHPKLYKI GGTTADQSDA TIVLSVVGFA ADGEALKERL DAICKMYRYR H GKPMSVKA CAQRLSTILY QKRFFPYYAY AILGGLDEEG KGAVYSYDPV ...文字列:
MAAMFSQNPL MNGPNYSFSD APRFSVPEGA REHRFDPYAD NGGSTLAIAG ADFTIMAGDT RLTSGYSIN SRYHPKLYKI GGTTADQSDA TIVLSVVGFA ADGEALKERL DAICKMYRYR H GKPMSVKA CAQRLSTILY QKRFFPYYAY AILGGLDEEG KGAVYSYDPV GSYEREQCRA AG AAASLIM PFLDNQVNFK NQYVPGSGEG HNLQERPRRP LTRSEVEVLV KDAFDGAVER HIE VGDGLQ MMVITKDGIE EILLPLKRD

UniProtKB: Putative proteasome protein

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分子 #14: Proteasome subunit beta type-7

分子名称: Proteasome subunit beta type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
配列文字列: MDHRPQAWGR PRDDVFGPYD PSYLQTTGPK TATQQPIVTG TSVIAIKFKD GVVMAADNLA SYGSLARFT DVKRLHPFLG HTIVGFGGDV SDMQYLTRHL NELAIDEAYD HEAASAQSGG G SHLNAANL HKYLSKLMYR RRNSFDPLWN AILVAGFDSQ GKPFLGSVDL ...文字列:
MDHRPQAWGR PRDDVFGPYD PSYLQTTGPK TATQQPIVTG TSVIAIKFKD GVVMAADNLA SYGSLARFT DVKRLHPFLG HTIVGFGGDV SDMQYLTRHL NELAIDEAYD HEAASAQSGG G SHLNAANL HKYLSKLMYR RRNSFDPLWN AILVAGFDSQ GKPFLGSVDL RGTAFTSPSL AT GFGAMLA QPIMRKYAAT EGDTENMTRD EAVRVVKECM KVLFYRDARS LDRYSLAVVT KDG VELSED EQLEQQSWAF AERIRGYGTQ TVPSLSGSET ISALLALYP

UniProtKB: Proteasome subunit beta

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 気圧: 0.04 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
特殊光学系位相板: OTHER
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1109 / 平均電子線量: 28.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 287314
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D7 (2回x7回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 4433
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7ls5


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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