EMDB-15394: Cell-cell contact between two PTK-1 cells

基本情報

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-15394

• タイトル: Cell-cell contact between two PTK-1 cells
• マップデータ: Raw tomographic reconstruction of a cryo-FIB lamella through a cell-cell contact of two PTK-1 cells. "Contour level" is a placeholder. Use "Auto" button in IMOD.

試料

• 細胞: cell-cell contact

• 生物種: Potorous tridactylus (ハナナガネズミカンガルー)
• 手法: 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
• データ登録者: Bezault A / Sauvanet C / Lemos M / Hanein D / Volkmann N

資金援助

1件

Organization	Grant number	国
Other government

• 引用: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022; タイトル: Morphological control enables nanometer-scale dissection of cell-cell signaling complexes.; 著者: Liam P Dow / Guido Gaietta / Yair Kaufman / Mark F Swift / Moara Lemos / Kerry Lane / Matthew Hopcroft / Armel Bezault / Cécile Sauvanet / Niels Volkmann / Beth L Pruitt / Dorit Hanein / ; 要旨: Protein micropatterning enables robust control of cell positioning on electron-microscopy substrates for cryogenic electron tomography (cryo-ET). However, the combination of regulated cell boundaries and the underlying electron-microscopy substrate (EM-grids) provides a poorly understood microenvironment for cell biology. Because substrate stiffness and morphology affect cellular behavior, we devised protocols to characterize the nanometer-scale details of the protein micropatterns on EM-grids by combining cryo-ET, atomic force microscopy, and scanning electron microscopy. Measuring force displacement characteristics of holey carbon EM-grids, we found that their effective spring constant is similar to physiological values expected from skin tissues. Despite their apparent smoothness at light-microscopy resolution, spatial boundaries of the protein micropatterns are irregular at nanometer scale. Our protein micropatterning workflow provides the means to steer both positioning and morphology of cell doublets to determine nanometer details of punctate adherens junctions. Our workflow serves as the foundation for studying the fundamental structural changes governing cell-cell signaling.

履歴

登録	2022年7月16日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2023年1月11日	-
マップ公開	2023年1月11日	-
更新	2023年1月11日	-
現状	2023年1月11日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

マップ

• ファイル: ダウンロード / ファイル: emd_15394.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 928 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
• 注釈: Raw tomographic reconstruction of a cryo-FIB lamella through a cell-cell contact of two PTK-1 cells. "Contour level" is a placeholder. Use "Auto" button in IMOD.
• ボクセルのサイズ: X=Y=Z: 8.114 Å

密度

最小 - 最大	-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)	6.7312713 (±15.179936)

• 対称性: 空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状	Axis order X Y Z Origin 0 0 89 サイズ 2048 2048 232 Spacing 2048 2048 232
セル	A: 16617.473 Å / B: 16617.473 Å / C: 1882.4481 Å α=β=γ: 90.0 °

添付データ

試料の構成要素

全体 : cell-cell contact

• 全体: 名称: cell-cell contact

要素

• 細胞: cell-cell contact

超分子 #1: cell-cell contact

• 超分子: 名称: cell-cell contact / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: cell-cell contact between two PTK-1 cells
• 由来(天然): 生物種: Potorous tridactylus (ハナナガネズミカンガルー)

実験情報

構造解析

• 手法: クライオ電子顕微鏡法
• 解析: 電子線トモグラフィー法
• 試料の集合状態: cell

試料調製

• 緩衝液: pH: 6.9
• 凍結: 凍結剤: ETHANE
• 切片作成: その他: NO SECTIONING

電子顕微鏡法

• 顕微鏡: TFS GLACIOS
• 撮影: フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k); 平均電子線量: 3.0 e/Ų
• 電子線: 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
• 電子光学系: 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 10.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 10.0 µm

画像解析

• 最終 再構成: 使用した粒子像数: 35