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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15021 | |||||||||
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タイトル | PRPH2-ROM1 tetramer | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.2 Å | |||||||||
データ登録者 | El Mazouni D / Gros P | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures of peripherin-2 and ROM1 suggest multiple roles in photoreceptor membrane morphogenesis. 著者: Dounia El Mazouni / Piet Gros / 要旨: Mammalian peripherin-2 (PRPH2) and rod outer segment membrane protein 1 (ROM1) are retina-specific tetraspanins that partake in the constant renewal of stacked membrane discs of photoreceptor cells ...Mammalian peripherin-2 (PRPH2) and rod outer segment membrane protein 1 (ROM1) are retina-specific tetraspanins that partake in the constant renewal of stacked membrane discs of photoreceptor cells that enable vision. Here, we present single-particle cryo-electron microscopy structures of solubilized PRPH2-ROM1 heterodimers and higher-order oligomers. High-risk PRPH2 and ROM1 mutations causing blindness map to the protein-dimer interface. Cysteine bridges connect dimers forming positive-curved oligomers, whereas negative-curved oligomers were observed occasionally. Hexamers and octamers exhibit a secondary micelle that envelopes four carboxyl-terminal helices, supporting a potential role in membrane remodeling. Together, the data indicate multiple structures for PRPH2-ROM1 in creating and maintaining compartmentalization of photoreceptor cells. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15021.map.gz | 162.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15021-v30.xml emd-15021.xml | 12.1 KB 12.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15021_fsc.xml | 15 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15021.png | 35.9 KB | ||
その他 | emd_15021_half_map_1.map.gz emd_15021_half_map_2.map.gz | 318.7 MB 318.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15021 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15021 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15021_validation.pdf.gz | 723.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15021_full_validation.pdf.gz | 723 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15021_validation.xml.gz | 23.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15021_validation.cif.gz | 30.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15021 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15021 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15021.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.656 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15021_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15021_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human PRPH2-ROM1 tetramer
全体 | 名称: Human PRPH2-ROM1 tetramer |
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要素 |
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-超分子 #1: Human PRPH2-ROM1 tetramer
超分子 | 名称: Human PRPH2-ROM1 tetramer / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 0.8 µm 最小 デフォーカス(公称値): 2.3000000000000003 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |