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- EMDB-14975: Saccharomyces cerevisiae L-BC virus, open particle, C5 reconstruction -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14975
タイトルSaccharomyces cerevisiae L-BC virus, open particle, C5 reconstruction
マップデータMain map processed (masked and low-pass filtered to 15 A)
試料
  • ウイルス: Saccharomyces cerevisiae virus L-BC (La) (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
キーワードopen particle / totivirus / C5 asymmetric unit / VIRUS
機能・相同性Major coat protein, L-A virus / L-A virus major coat protein superfamily / L-A virus, major coat protein / viral capsid / viral translational frameshifting / RNA binding / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae virus L-BC (La) (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å
データ登録者Grybchuk D / Prochazkova M / Fuzik T / Konovalovas A / Serva S / Yurchenko V / Plevka P
資金援助 チェコ, 1件
OrganizationGrant number国
Grant Agency of the Czech RepublicGACR-EXPRO GX19-25982X チェコ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structures of L-BC virus and its open particle provide insight into Totivirus capsid assembly.
著者: Grybchuk D / Prochazkova M / Fuzik T / Konovalovas A / Serva S / Yurchenko V / Plevka P
履歴
登録2022年5月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月7日-
マップ公開2022年9月7日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14975.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map processed (masked and low-pass filtered to 15 A)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07852 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.8
最小 - 最大-3.7178674 - 8.452120000000001
平均 (標準偏差)-0.2291908 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 603.97125 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Saccharomyces cerevisiae virus L-BC (La)

全体名称: Saccharomyces cerevisiae virus L-BC (La) (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Saccharomyces cerevisiae virus L-BC (La) (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein

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超分子 #1: Saccharomyces cerevisiae virus L-BC (La)

超分子名称: Saccharomyces cerevisiae virus L-BC (La) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Virus was isolated by shearing with glass beads and overnight precipitation in 5% PEG-4000 and 500 mM NaCl
NCBI-ID: 42478 / 生物種: Saccharomyces cerevisiae virus L-BC (La) / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BY4741
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 400.0 Å / T番号(三角分割数): 2

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分子 #1: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 22 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 78.393812 KDa
配列文字列: MSSLLNSLLP EYFKPKTNLN INSSRVQYGF NARIDMQYED DSGTRKGSRP NAFMSNTVAF IGNYEGIIVD DIPILDGLRA DIFDTHGDL DMGLVEDALS KSTMIRRNVP TYTAYASELL YKRNLTSLFY NMLRLYYIKK WGSIKYEKDA IFYDNGHACL L NRQLFPKS ...文字列:
MSSLLNSLLP EYFKPKTNLN INSSRVQYGF NARIDMQYED DSGTRKGSRP NAFMSNTVAF IGNYEGIIVD DIPILDGLRA DIFDTHGDL DMGLVEDALS KSTMIRRNVP TYTAYASELL YKRNLTSLFY NMLRLYYIKK WGSIKYEKDA IFYDNGHACL L NRQLFPKS RDASLESSLS LPEAEIAMLD PGLEFPEEDV PAILWHGRVS SRATCILGQA CSEFAPLAPF SIAHYSPQLT RK LFVNAPA GIEPSSGRYT HEDVKDAITI LVSANQAYTD FEAAYLMLAQ TLVSPVPRTA EASAWFINAG MVNMPTLSCA NGY YPALTN VNPYHRLDTW KDTLNHWVAY PDMLFYHSVA MIESCYVELG NVARVSDSDA INKYTFTELS VQGRPVMNRG IIVD LTLVA MRTGREISLP YPVSCGLTRT DALLQGTEIH VPVVVKDIDM PQYYNAIDKD VIEGQETVIK VKQLPPAMYP IYTYG INTT EFYSDHFEDQ VQVEMAPIDN GKAVFNDARK FSKFMSIMRM MGNDVTATDL VTGRKVSNWA DNSSGRFLYT DVKYEG QTA FLVDMDTVKA RDHCWVSIVD PNGTMNLSYK MTNFRAAMFS RNKPLYMTGG SVRTIATGNY RDAAERLRAM DETLRLK PF KITEKLDFRV AAYAIPSLSG SNMPSLHHQE QLQISEVDAE PINPIGEDEL PPDIE

UniProtKB: Major capsid protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 50 mM KCl, 10 mM MgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.007 kPa / 詳細: Glow discharge current 7 mA
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot force 0, blot time 3 s, 4 C, 100% humidity.
詳細Virus was isolated by shearing with glass beads and overnight precipitation in 5% PEG-4000 and 500 mM NaCl

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 70.0 K / 最高: 80.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3600 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3600 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11977 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 36.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 72705
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Stochastic gradient descent in Relion 3.1
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: 3dautorefine / 使用した粒子像数: 1120
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: 3dautorefine
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: 3dautorefine
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
ソフトウェア - 詳細: 3dclassify with --skip_align option

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原子モデル構築 1

詳細Initial model generated by RaptorX server
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7zuf:
Saccharomyces cerevisiae L-BC virus, open particle, C5 reconstruction

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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