+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14771 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Amyloid fibril from human systemic AA amyloidosis (vascular variant) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Amyloids / Vascular AA / SAA / Cryo-EM / PROTEIN FIBRIL | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Scavenging by Class B Receptors / positive regulation of interleukin-1 production / lymphocyte chemotaxis / high-density lipoprotein particle / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of protein secretion / macrophage chemotaxis / cytoplasmic microtubule / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling ...Scavenging by Class B Receptors / positive regulation of interleukin-1 production / lymphocyte chemotaxis / high-density lipoprotein particle / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of protein secretion / macrophage chemotaxis / cytoplasmic microtubule / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / positive regulation of cell adhesion / endocytic vesicle lumen / neutrophil chemotaxis / positive regulation of cytokine production / acute-phase response / G protein-coupled receptor binding / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / platelet activation / negative regulation of inflammatory response / heparin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Amyloid fiber formation / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.56 Å | |||||||||
データ登録者 | Banerjee S / Schmidt M / Faendrich M | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Amyloid fibril structure from the vascular variant of systemic AA amyloidosis. 著者: Sambhasan Banerjee / Julian Baur / Christoph Daniel / Peter Benedikt Pfeiffer / Manuel Hitzenberger / Lukas Kuhn / Sebastian Wiese / Johan Bijzet / Christian Haupt / Kerstin U Amann / Martin ...著者: Sambhasan Banerjee / Julian Baur / Christoph Daniel / Peter Benedikt Pfeiffer / Manuel Hitzenberger / Lukas Kuhn / Sebastian Wiese / Johan Bijzet / Christian Haupt / Kerstin U Amann / Martin Zacharias / Bouke P C Hazenberg / Gunilla T Westermark / Matthias Schmidt / Marcus Fändrich / 要旨: Systemic AA amyloidosis is a debilitating protein misfolding disease in humans and animals. In humans, it occurs in two variants that are called 'vascular' and 'glomerular', depending on the main ...Systemic AA amyloidosis is a debilitating protein misfolding disease in humans and animals. In humans, it occurs in two variants that are called 'vascular' and 'glomerular', depending on the main amyloid deposition site in the kidneys. Using cryo electron microscopy, we here show the amyloid fibril structure underlying the vascular disease variant. Fibrils purified from the tissue of such patients are mainly left-hand twisted and contain two non-equal stacks of fibril proteins. They contrast in these properties to the fibrils from the glomerular disease variant which are right-hand twisted and consist of two structurally equal stacks of fibril proteins. Our data demonstrate that the different disease variants in systemic AA amyloidosis are associated with different fibril morphologies. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14771.map.gz | 8.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-14771-v30.xml emd-14771.xml | 10.4 KB 10.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_14771_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_14771.png | 21.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-14771.cif.gz | 4.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14771 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14771 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14771_validation.pdf.gz | 481.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_14771_full_validation.pdf.gz | 481.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14771_validation.xml.gz | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14771_validation.cif.gz | 14.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14771 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14771 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7zkyMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14771.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Amyloid fibril from human systemic AA amyloidosis (vascular variant)
全体 | 名称: Amyloid fibril from human systemic AA amyloidosis (vascular variant) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Amyloid fibril from human systemic AA amyloidosis (vascular variant)
超分子 | 名称: Amyloid fibril from human systemic AA amyloidosis (vascular variant) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Amyloid protein A
分子 | 名称: Amyloid protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 7.775502 KDa |
配列 | 文字列: SFFSFLGEAF DGARDMWRAY SDMREANYIG SDKYFHARGN YDAAKRGPGG VWAAEAISDA RENIQRFF UniProtKB: Serum amyloid A-1 protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
---|---|
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 42.84 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 130000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
---|---|
得られたモデル | PDB-7zky: |