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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14738 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of hnRNPDL amyloid fibrils | ||||||||||||
マップデータ | sharped | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Amyloid / Protein aggregation / Alternative splicing / Exon / Prion-like / LGMD1G / cryoEM structure / RNA BINDING PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 poly(G) binding / poly(A) binding / RNA processing / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / spliceosomal complex / single-stranded DNA binding / regulation of gene expression / double-stranded DNA binding / DNA binding / RNA binding ...poly(G) binding / poly(A) binding / RNA processing / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / spliceosomal complex / single-stranded DNA binding / regulation of gene expression / double-stranded DNA binding / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Chaves-Sanjuan A / Garcia-Pardo J / Bartolome-Nafria A / Gil-Garcia M / Visentin C / Bolognesi M / Ricagno S / Ventura S | ||||||||||||
資金援助 | スペイン, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of hnRNPDL-2 fibrils, a functional amyloid associated with limb-girdle muscular dystrophy D3. 著者: Javier Garcia-Pardo / Andrea Bartolomé-Nafría / Antonio Chaves-Sanjuan / Marcos Gil-Garcia / Cristina Visentin / Martino Bolognesi / Stefano Ricagno / Salvador Ventura / 要旨: hnRNPDL is a ribonucleoprotein (RNP) involved in transcription and RNA-processing that hosts missense mutations causing limb-girdle muscular dystrophy D3 (LGMD D3). Mammalian-specific alternative ...hnRNPDL is a ribonucleoprotein (RNP) involved in transcription and RNA-processing that hosts missense mutations causing limb-girdle muscular dystrophy D3 (LGMD D3). Mammalian-specific alternative splicing (AS) renders three natural isoforms, hnRNPDL-2 being predominant in humans. We present the cryo-electron microscopy structure of full-length hnRNPDL-2 amyloid fibrils, which are stable, non-toxic, and bind nucleic acids. The high-resolution amyloid core consists of a single Gly/Tyr-rich and highly hydrophilic filament containing internal water channels. The RNA binding domains are located as a solenoidal coat around the core. The architecture and activity of hnRNPDL-2 fibrils are reminiscent of functional amyloids, our results suggesting that LGMD D3 might be a loss-of-function disease associated with impaired fibrillation. Strikingly, the fibril core matches exon 6, absent in the soluble hnRNPDL-3 isoform. This provides structural evidence for AS controlling hnRNPDL assembly by precisely including/skipping an amyloid exon, a mechanism that holds the potential to generate functional diversity in RNPs. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14738.map.gz | 9.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14738-v30.xml emd-14738.xml | 20.1 KB 20.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_14738_fsc.xml | 13.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_14738.png | 68.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-14738.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_14738_additional_1.map.gz emd_14738_half_map_1.map.gz emd_14738_half_map_2.map.gz | 163 MB 164.4 MB 164.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14738 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14738 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14738_validation.pdf.gz | 617.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14738_full_validation.pdf.gz | 616.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14738_validation.xml.gz | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14738_validation.cif.gz | 27.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14738 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14738 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7zirMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14738.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharped | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.889 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: unsharped
ファイル | emd_14738_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharped | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half 1
ファイル | emd_14738_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half 2
ファイル | emd_14738_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : hnRNPDL-2 amyloid fibrils
全体 | 名称: hnRNPDL-2 amyloid fibrils |
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要素 |
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-超分子 #1: hnRNPDL-2 amyloid fibrils
超分子 | 名称: hnRNPDL-2 amyloid fibrils / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: Fibril structure of the recombinantly produced full-lenght Heterogeneous ribonucleoprotein D-like (hnRNPDL) isoform 2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D-like
分子 | 名称: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D-like / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 45.804266 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MHHHHHHGSL QDSEVNQEAK PEVKPEVKPE THINLKVSDG SSEIFFKIKK TTPLRRLMEA FAKRQGKEMD SLTFLYDGIE IQADQTPED LDMEDNDIIE AHREQIGGED MNEYSNIEEF AEGSKINASK NQQDDGKMFI GGLSWDTSKK DLTEYLSRFG E VVDCTIKT ...文字列: MHHHHHHGSL QDSEVNQEAK PEVKPEVKPE THINLKVSDG SSEIFFKIKK TTPLRRLMEA FAKRQGKEMD SLTFLYDGIE IQADQTPED LDMEDNDIIE AHREQIGGED MNEYSNIEEF AEGSKINASK NQQDDGKMFI GGLSWDTSKK DLTEYLSRFG E VVDCTIKT DPVTGRSRGF GFVLFKDAAS VDKVLELKEH KLDGKLIDPK RAKALKGKEP PKKVFVGGLS PDTSEEQIKE YF GAFGEIE NIELPMDTKT NERRGFCFIT YTDEEPVKKL LESRYHQIGS GKCEIKVAQP KEVYRQQQQQ QKGGRGAAAG GRG GTRGRG RGQGQNWNQG FNNYYDQGYG NYNSAYGGDQ NYSGYGGYDY TGYNYGNYGY GQGYADYSGQ QSTYGKASRG GGNH QNNYQ PY UniProtKB: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D-like |
-分子 #2: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 50 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.23 mg/mL | ||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 / 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||
詳細 | Diluted sample of hnRNPDL2 amyloid fibrils formed under native conditions. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1114 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 120000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE |
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得られたモデル | PDB-7zir: |