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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14710 | |||||||||
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タイトル | Polymerase module of CPF in complex with Mpe1 and a pre-cleaved CYC1 RNA | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | CPF / 3'-end processing / polyA / RNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Processing of Intronless Pre-mRNAs / termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription / : / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / nucleic acid binding / protein ubiquitination ...Processing of Intronless Pre-mRNAs / termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription / : / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / nucleic acid binding / protein ubiquitination / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Rodriguez-Molina JB / Passmore LA | |||||||||
資金援助 | European Union, 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022 タイトル: Mpe1 senses the binding of pre-mRNA and controls 3' end processing by CPF. 著者: Juan B Rodríguez-Molina / Francis J O'Reilly / Holly Fagarasan / Eleanor Sheekey / Sarah Maslen / J Mark Skehel / Juri Rappsilber / Lori A Passmore / 要旨: Most eukaryotic messenger RNAs (mRNAs) are processed at their 3' end by the cleavage and polyadenylation specificity factor (CPF/CPSF). CPF mediates the endonucleolytic cleavage of the pre-mRNA and ...Most eukaryotic messenger RNAs (mRNAs) are processed at their 3' end by the cleavage and polyadenylation specificity factor (CPF/CPSF). CPF mediates the endonucleolytic cleavage of the pre-mRNA and addition of a polyadenosine (poly(A)) tail, which together define the 3' end of the mature transcript. The activation of CPF is highly regulated to maintain the fidelity of RNA processing. Here, using cryo-EM of yeast CPF, we show that the Mpe1 subunit directly contacts the polyadenylation signal sequence in nascent pre-mRNA. The region of Mpe1 that contacts RNA also promotes the activation of CPF endonuclease activity and controls polyadenylation. The Cft2 subunit of CPF antagonizes the RNA-stabilized configuration of Mpe1. In vivo, the depletion or mutation of Mpe1 leads to widespread defects in transcription termination by RNA polymerase II, resulting in transcription interference on neighboring genes. Together, our data suggest that Mpe1 plays a major role in accurate 3' end processing, activating CPF, and ensuring timely transcription termination. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14710.map.gz | 150.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14710-v30.xml emd-14710.xml | 23.1 KB 23.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_14710.png | 92 KB | ||
Filedesc metadata | emd-14710.cif.gz | 7.9 KB | ||
その他 | emd_14710_half_map_1.map.gz emd_14710_half_map_2.map.gz | 127.2 MB 127.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14710 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14710 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14710_validation.pdf.gz | 989.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14710_full_validation.pdf.gz | 989 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14710_validation.xml.gz | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14710_validation.cif.gz | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14710 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14710 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14710.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 160.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.825 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_14710_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_14710_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : polymerase module-Mpe1-RNA
全体 | 名称: polymerase module-Mpe1-RNA |
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要素 |
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-超分子 #1: polymerase module-Mpe1-RNA
超分子 | 名称: polymerase module-Mpe1-RNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-分子 #1: Protein CFT1
分子 | 名称: Protein CFT1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 153.577156 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MNVYDDVLDA TVVSHSLATH FTTSDYEELL VVRTNILSVY RPTRDGKLYL TDEFKFHGLI TDIGLIPQKD SPLSCLLLCT GVAKISILK FNTLTNSIDT LSLHYYEGKF KGKSLVELAK ISTLRMDPGS SCALLFNNDI IAFLPFHVNK NDDDEEEEDE D ENIDDSEL ...文字列: MNVYDDVLDA TVVSHSLATH FTTSDYEELL VVRTNILSVY RPTRDGKLYL TDEFKFHGLI TDIGLIPQKD SPLSCLLLCT GVAKISILK FNTLTNSIDT LSLHYYEGKF KGKSLVELAK ISTLRMDPGS SCALLFNNDI IAFLPFHVNK NDDDEEEEDE D ENIDDSEL IHSMNQKSQG TNTFNKRKRT KLGDKFTAPS VVLVASELYE GAKNIIDIQF LKNFTKPTIA LLYQPKLVWA GN TTISKLP TQYVILTLNI QPAESATKIE STTIAFVKEL PWDLHTIVPV SNGAIIVGTN ELAFLDNTGV LQSTVLLNSF ADK ELQKTK IINNSSLEIM FREKNTTSIW IPSSKSKNGG SNNDETLLLM DLKSNIYYIQ MEAEGRLLIK FDIFKLPIVN DLLK ENSNP KCITRLNATN SNKNMDLFIG FGSGNALVLR LNNLKSTIET REAHNPSSGT NSLMDINDDD DEEMDDLYAD EAPEN GLTT NDSKGTVETV QPFDIELLSS LRNVGPITSL TVGKVSSIDD VVKGLPNPNK NEYSLVATSG NGSGSHLTVI QTSVQP EIE LALKFISITQ IWNLKIKGRD RYLITTDSTK SRSDIYESDN NFKLHKGGRL RRDATTVYIS MFGEEKRIIQ VTTNHLY LY DTHFRRLTTI KFDYEVIHVS VMDPYILVTV SRGDIKIFEL EEKNKRKLLK VDLPEILNEM VITSGLILKS NMCNEFLI G LSKSQEEQLL FTFVTADNQI IFFTKDHNDR IFQLNGVDQL NESLYISTYQ LGDEIVPDPS IKQVMINKLG HDNKEEYLT ILTFGGEIYQ YRKLPQRRSR FYRNVTRNDL AITGAPDNAY AKGVSSIERI MHYFPDYNGY SVIFVTGSVP YILIKEDDST PKIFKFGNI PLVSVTPWSE RSVMCVDDIK NARVYTLTTD NMYYGNKLPL KQIKISNVLD DYKTLQKLVY HERAQLFLVS Y CKRVPYEA LGEDGEKVIG YDENVPHAEG FQSGILLINP KSWKVIDKID FPKNSVVNEM RSSMIQINSK TKRKREYIIA GV ANATTED TPPTGAFHIY DVIEVVPEPG KPDTNYKLKE IFQEEVSGTV STVCEVSGRF MISQSQKVLV RDIQEDNSVI PVA FLDIPV FVTDSKSFGN LLIIGDAMQG FQFIGFDAEP YRMISLGRSM SKFQTMSLEF LVNGGDMYFA ATDADRNVHV LKYA PDEPN SLSGQRLVHC SSFTLHSTNS CMMLLPRNEE FGSPQVPSFQ NVGGQVDGSV FKIVPLSEEK YRRLYVIQQQ IIDRE LQLG GLNPRMERLA NDFYQMGHSM RPMLDFNVIR RFCGLAIDRR KSIAQKAGRH AHFEAWRDII NIEFSMRSLC QGK UniProtKB: Protein CFT1 |
-分子 #2: mRNA 3'-end-processing protein YTH1
分子 | 名称: mRNA 3'-end-processing protein YTH1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 24.594498 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MSLIHPDTAK YPFKFEPFLR QEYSFSLDPD RPICEFYNSR EGPKSCPRGP LCPKKHVLPI FQNKIVCRHW LRGLCKKNDQ CEYLHEYNL RKMPECVFFS KNGYCTQSPD CQYLHIDPAS KIPKCENYEM GFCPLGSSCP RRHIKKVFCQ RYMTGFCPLG K DECDMEHP ...文字列: MSLIHPDTAK YPFKFEPFLR QEYSFSLDPD RPICEFYNSR EGPKSCPRGP LCPKKHVLPI FQNKIVCRHW LRGLCKKNDQ CEYLHEYNL RKMPECVFFS KNGYCTQSPD CQYLHIDPAS KIPKCENYEM GFCPLGSSCP RRHIKKVFCQ RYMTGFCPLG K DECDMEHP QFIIPDEGSK LRIKRDDEIN TRKMDEEKER RLNAIINGEV UniProtKB: mRNA 3'-end-processing protein |
-分子 #3: Polyadenylation factor subunit 2
分子 | 名称: Polyadenylation factor subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 53.211117 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MDGHNQNQYQ NQNQIQQSQQ PPLKKYVTQR RSVDVSSPYI NLYYNRRHGL PNLVVEPETS YTIDIMPPNA YRGRDRVINL PSKFTHLSS NKVKHVIPAI QWTPEGRRLV VATYSGEFSL WNASSFTFET LMQAHDSAVT TMKYSHDSDW MISGDADGMI K IWQPNFSM ...文字列: MDGHNQNQYQ NQNQIQQSQQ PPLKKYVTQR RSVDVSSPYI NLYYNRRHGL PNLVVEPETS YTIDIMPPNA YRGRDRVINL PSKFTHLSS NKVKHVIPAI QWTPEGRRLV VATYSGEFSL WNASSFTFET LMQAHDSAVT TMKYSHDSDW MISGDADGMI K IWQPNFSM VKEIDAAHTE SIRDMAFSSN DSKFVTCSDD NILKIWNFSN GKQERVLSGH HWDVKSCDWH PEMGLIASAS KD NLVKLWD PRSGNCISSI LKFKHTVLKT RFQPTKGNLL MAISKDKSCR VFDIRYSMKE LMCVRDETDY MTLEWHPINE SMF TLACYD GSLKHFDLLQ NLNEPILTIP YAHDKCITSL SYNPVGHIFA TAAKDRTIRF WTRARPIDPN AYDDPTYNNK KING WFFGI NNDINAVREK SEFGAAPPPP ATLEPHALPN MNGFINKKPR QEIPGIDSNI KSSTLPGLSI UniProtKB: Polyadenylation factor subunit 2 |
-分子 #5: MPE1 isoform 1
分子 | 名称: MPE1 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 49.711848 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MSSTIFYRFK SQRNTSRILF DGTGLTVFDL KREIIQENKL GDGTDFQLKI YNPDTEEEYD DDAFVIPRST SVIVKRSPAI KSFSVHSRL KGNVGAAALG NATRYVTGRP RVLQKRQHTA TTTANVSGTT EEERIASMFA TQENQWEQTQ EEMSAATPVF F KSQTNKNS ...文字列: MSSTIFYRFK SQRNTSRILF DGTGLTVFDL KREIIQENKL GDGTDFQLKI YNPDTEEEYD DDAFVIPRST SVIVKRSPAI KSFSVHSRL KGNVGAAALG NATRYVTGRP RVLQKRQHTA TTTANVSGTT EEERIASMFA TQENQWEQTQ EEMSAATPVF F KSQTNKNS AQENEGPPPP GYMCYRCGGR DHWIKNCPTN SDPNFEGKRI RRTTGIPKKF LKSIEIDPET MTPEEMAQRK IM ITDEGKF VVQVEDKQSW EDYQRKRENR QIDGDETIWR KGHFKDLPDD LKCPLTGGLL RQPVKTSKCC NIDFSKEALE NAL VESDFV CPNCETRDIL LDSLVPDQDK EKEVETFLKK QEELHGSSKD GNQPETKKMK LMDPTGTAGL NNNTSLPTSV NNGG TPVPP VPLPFGIPPF PMFPMPFMPP TATITNPHQA DASPKK UniProtKB: MPE1 isoform 1 |
-分子 #4: pre-cleaved CYC1
分子 | 名称: pre-cleaved CYC1 / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 13.329796 KDa |
配列 | 文字列: UUUAUAGUUA UGUUAGUAUU AAGAACGUUA UUUAUAUUUC AA |
-分子 #6: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM HEPES pH 8, 50 mM NaCl, 0.5 mM TCEP |
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11856 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |