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万見
- EMDB-14694: Structure of ubiquitinated FANCI in complex with FANCD2 and doubl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14694
タイトルStructure of ubiquitinated FANCI in complex with FANCD2 and double-stranded DNA
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of ubiquitinated FANCI with FANCD2 and double-stranded DNA.
    • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia group I protein
    • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia group D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
    • DNA: DNA (61-MER)
    • DNA: DNA (61-MER)
キーワードFanconi anemia / DNA repair / ubiquitination / ID2 complex / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of CD40 signaling pathway / regulation of regulatory T cell differentiation / double-strand break repair involved in meiotic recombination / gamete generation / homologous chromosome pairing at meiosis / neuronal stem cell population maintenance / brain morphogenesis / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / DNA repair complex / Peptide chain elongation ...regulation of CD40 signaling pathway / regulation of regulatory T cell differentiation / double-strand break repair involved in meiotic recombination / gamete generation / homologous chromosome pairing at meiosis / neuronal stem cell population maintenance / brain morphogenesis / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / DNA repair complex / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / interstrand cross-link repair / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / DNA polymerase binding / condensed chromosome / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / cytosolic ribosome / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / Regulation of FZD by ubiquitination / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Downregulation of ERBB4 signaling / p75NTR recruits signalling complexes / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / NF-kB is activated and signals survival / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Pexophagy / NRIF signals cell death from the nucleus / VLDLR internalisation and degradation / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Regulation of BACH1 activity / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / Josephin domain DUBs / Translesion synthesis by POLI / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / positive regulation of protein ubiquitination / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / TCF dependent signaling in response to WNT / Asymmetric localization of PCP proteins / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Regulation of NF-kappa B signaling / response to gamma radiation / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Vpu mediated degradation of CD4 / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Assembly of the pre-replicative complex
類似検索 - 分子機能
Fanconi anemia group I protein / FANCI solenoid 1 cap / FANCI solenoid 1 domain / FANCI helical domain 1 / FANCI helical domain 2 / FANCI solenoid 3 domain / FANCI solenoid 4 domain / FANCI solenoid 2 domain / FANCI solenoid 1 cap / FANCI solenoid 1 ...Fanconi anemia group I protein / FANCI solenoid 1 cap / FANCI solenoid 1 domain / FANCI helical domain 1 / FANCI helical domain 2 / FANCI solenoid 3 domain / FANCI solenoid 4 domain / FANCI solenoid 2 domain / FANCI solenoid 1 cap / FANCI solenoid 1 / FANCI solenoid 2 / FANCI solenoid 3 / FANCI solenoid 4 / FANCI helical domain 1 / FANCI helical domain 2 / Fanconi anaemia protein FANCD2 / Fanconi anaemia protein FancD2 nuclease / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Fanconi anemia group D2 protein / Fanconi anemia group I protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.14 Å
データ登録者Lemonidis K / Rennie ML / Arkinson C / Streetley J / Clarke M / Chaugule VK / Walden H
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)ERC- 2015-CoG-681582 ICLUbEuropean Union
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2023
タイトル: Structural and biochemical basis of interdependent FANCI-FANCD2 ubiquitination.
著者: Kimon Lemonidis / Martin L Rennie / Connor Arkinson / Viduth K Chaugule / Mairi Clarke / James Streetley / Helen Walden /
要旨: Di-monoubiquitination of the FANCI-FANCD2 (ID2) complex is a central and crucial step for the repair of DNA interstrand crosslinks via the Fanconi anaemia pathway. While FANCD2 ubiquitination ...Di-monoubiquitination of the FANCI-FANCD2 (ID2) complex is a central and crucial step for the repair of DNA interstrand crosslinks via the Fanconi anaemia pathway. While FANCD2 ubiquitination precedes FANCI ubiquitination, FANCD2 is also deubiquitinated at a faster rate than FANCI, which can result in a FANCI-ubiquitinated ID2 complex (I D2). Here, we present a 4.1 Å cryo-EM structure of I D2 complex bound to double-stranded DNA. We show that this complex, like ID2 and I D2 , is also in the closed ID2 conformation and clamps on DNA. The target lysine of FANCD2 (K561) becomes fully exposed in the I D2-DNA structure and is thus primed for ubiquitination. Similarly, FANCI's target lysine (K523) is also primed for ubiquitination in the ID2 -DNA complex. The I D2-DNA complex exhibits deubiquitination resistance, conferred by the presence of DNA and FANCD2. ID2 -DNA, on the other hand, can be efficiently deubiquitinated by USP1-UAF1, unless further ubiquitination on FANCI occurs. Therefore, FANCI ubiquitination effectively maintains FANCD2 ubiquitination in two ways: it prevents excessive FANCD2 deubiquitination within an I D2 -DNA complex, and it enables re-ubiquitination of FANCD2 within a transient, closed-on-DNA, I D2 complex.
履歴
登録2022年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月16日-
マップ公開2022年11月16日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14694.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14694.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.02 Å/pix.
x 320 pix.
= 327.36 Å		1.02 Å/pix.
x 320 pix.
= 327.36 Å		1.02 Å/pix.
x 320 pix.
= 327.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.023 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.175
最小 - 最大-0.9912983 - 1.4648827
平均 (標準偏差)0.0022898978 (±0.03240899)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 327.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_14694_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14694_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14694_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of ubiquitinated FANCI with FANCD2 and double-stranded DNA.

全体名称: Complex of ubiquitinated FANCI with FANCD2 and double-stranded DNA.
要素
  • 複合体: Complex of ubiquitinated FANCI with FANCD2 and double-stranded DNA.
    • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia group I protein
    • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia group D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
    • DNA: DNA (61-MER)
    • DNA: DNA (61-MER)

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超分子 #1: Complex of ubiquitinated FANCI with FANCD2 and double-stranded DNA.

超分子名称: Complex of ubiquitinated FANCI with FANCD2 and double-stranded DNA.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Fanconi anemia group I protein

分子名称: Fanconi anemia group I protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 152.658594 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHENL YFQGKPIPNP LLGLDSTMDQ KILSLAAEKT ADKLQEFLQT LREGDLTNLL QNQAVKGKVA GALLRAIFKG SPCSEEAGT LRRRKIYTCC IQLVESGDLQ KEIASEIIGL LMLEAHHFPG PLLVELANEF ISAVREGSLV NGKSLELLPI I LTALATKK ...文字列:
MHHHHHHENL YFQGKPIPNP LLGLDSTMDQ KILSLAAEKT ADKLQEFLQT LREGDLTNLL QNQAVKGKVA GALLRAIFKG SPCSEEAGT LRRRKIYTCC IQLVESGDLQ KEIASEIIGL LMLEAHHFPG PLLVELANEF ISAVREGSLV NGKSLELLPI I LTALATKK ENLAYGKGVL SGEECKKQLI NTLCSGRWDQ QYVIQLTSMF KDVPLTAEEV EFVVEKALSM FSKMNLQEIP PL VYQLLVL SSKGSRKSVL EGIIAFFSAL DKQHNEEQSG DELLDVVTVP SGELRHVEGT IILHIVFAIK LDYELGRELV KHL KVGQQG DSNNNLSPFS IALLLSVTRI QRFQDQVLDL LKTSVVKSFK DLQLLQGSKF LQNLVPHRSY VSTMILEVVK NSVH SWDHV TQGLVELGFI LMDSYGPKKV LDGKTIETSP SLSRMPNQHA CKLGANILLE TFKIHEMIRQ EILEQVLNRV VTRAS SPIS HFLDLLSNIV MYAPLVLQSC SSKVTEAFDY LSFLPLQTVQ RLLKAVQPLL KVSMSMRDCL ILVLRKAMFA NQLDAR KSA VAGFLLLLKN FKVLGSLSSS QCSQSLSVSQ VHVDVHSHYN SVANETFCLE IMDSLRRCLS QQADVRLMLY EGFYDVL RR NSQLANSVMQ TLLSQLKQFY EPKPDLLPPL KLEACILTQG DKISLQEPLD YLLCCIQHCL AWYKNTVIPL QQGEEEEE E EEAFYEDLDD ILESITNRMI KSELEDFELD KSADFSQSTS IGIKNNICAF LVMGVCEVLI EYNFSISSFS KNRFEDILS LFMCYKKLSD ILNEKAGKAK TKMANKTSDS LLSMKFVSSL LTALFRDSIQ SHQESLSVLR SSNEFMRYAV NVALQKVQQL KETGHVSGP DGQNPEKIFQ NLCDITRVLL WRYTSIPTSV EESGKKEKGK SISLLCLEGL QKIFSAVQQF YQPKIQQFLR A LDVTDKEG EEREDADVSV TQRTAFQIRQ FQRSLLNLLS SQEEDFNSKE ALLLVTVLTS LSKLLEPSSP QFVQMLSWTS KI CKENSRE DALFCKSLMN LLFSLHVSYK SPVILLRDLS QDIHGHLGDI DQDVEVEKTN HFAIVNLRTA APTVCLLVLS QAE KVLEEV DWLITKLKGQ VSQETLSEEA SSQATLPNQP VEKAIIMQLG TLLTFFHELV QTALPSGSCV DTLLKDLCKM YTTL TALVR YYLQVCQSSG GIPKNMEKLV KLSGSHLTPL CYSFISYVQN KSKSLNYTGE KKEKPAAVAT AMARVLRETK PIPNL IFAI EQYEKFLIHL SKKSKVNLMQ HMKLSTSRDF KIKGNILDMV LREDGEDENE EGTASEHGGQ NKEPAKKKRK K

UniProtKB: Fanconi anemia group I protein

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分子 #2: Fanconi anemia group D2 protein

分子名称: Fanconi anemia group D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 166.313719 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHLEV LFQGPGSMVS KRRLSKSEDK ESLTEDASKT RKQPLSKKTK KSHIANEVEE NDSIFVKLLK ISGIILKTGE SQNQLAVDQ IAFQKKLFQT LRRHPSYPKI IEEFVSGLES YIEDEDSFRN CLLSCERLQD EEASMGASYS KSLIKLLLGI D ILQPAIIK ...文字列:
MHHHHHHLEV LFQGPGSMVS KRRLSKSEDK ESLTEDASKT RKQPLSKKTK KSHIANEVEE NDSIFVKLLK ISGIILKTGE SQNQLAVDQ IAFQKKLFQT LRRHPSYPKI IEEFVSGLES YIEDEDSFRN CLLSCERLQD EEASMGASYS KSLIKLLLGI D ILQPAIIK TLFEKLPEYF FENKNSDEIN IPRLIVSQLK WLDRVVDGKD LTTKIMQLIS IAPENLQHDI ITSLPEILGD SQ HADVGKE LSDLLIENTS LTVPILDVLS SLRLDPNFLL KVRQLVMDKL SSIRLEDLPV IIKFILHSVT AMDTLEVISE LRE KLDLQH CVLPSRLQAS QVKLKSKGRA SSSGNQESSG QSCIILLFDV IKSAIRYEKT ISEAWIKAIE NTASVSEHKV FDLV MLFII YSTNTQTKKY IDRVLRNKIR SGCIQEQLLQ STFSVHYLVL KDMCSSILSL AQSLLHSLDQ SIISFGSLLY KYAFK FFDT YCQQEVVGAL VTHICSGNEA EVDTALDVLL ELVVLNPSAM MMNAVFVKGI LDYLDNISPQ QIRKLFYVLS TLAFSK QNE ASSHIQDDMH LVIRKQLSST VFKYKLIGII GAVTMAGIMA ADRSESPSLT QERANLSDEQ CTQVTSLLQL VHSCSEQ SP QASALYYDEF ANLIQHEKLD PKALEWVGHT ICNDFQDAFV VDSCVVPEGD FPFPVKALYG LEEYDTQDGI AINLLPLL F SQDFAKDGGP VTSQESGQKL VSPLCLAPYF RLLRLCVERQ HNGNLEEIDG LLDCPIFLTD LEPGEKLESM SAKERSFMC SLIFLTLNWF REIVNAFCQE TSPEMKGKVL TRLKHIVELQ IILEKYLAVT PDYVPPLGNF DVETLDITPH TVTAISAKIR KKGKIERKQ KTDGSKTSSS DTLSEEKNSE CDPTPSHRGQ LNKEFTGKEE KTSLLLHNSH AFFRELDIEV FSILHCGLVT K FILDTEMH TEATEVVQLG PPELLFLLED LSQKLESMLT PPIARRVPFL KNKGSRNIGF SHLQQRSAQE IVHCVFQLLT PM CNHLENI HNYFQCLAAE NHGVVDGPGV KVQEYHIMSS CYQRLLQIFH GLFAWSGFSQ PENQNLLYSA LHVLSSRLKQ GEH SQPLEE LLSQSVHYLQ NFHQSIPSFQ CALYLIRLLM VILEKSTASA QNKEKIASLA RQFLCRVWPS GDKEKSNISN DQLH ALLCI YLEHTESILK AIEEIAGVGV PELINSPKDA SSSTFPTLTR HTFVVFFRVM MAELEKTVKK IEPGTAADSQ QIHEE KLLY WNMAVRDFSI LINLIKVFDS HPVLHVCLKY GRLFVEAFLK QCMPLLDFSF RKHREDVLSL LETFQLDTRL LHHLCG HSK IHQDTRLTQH VPLLKKTLEL LVCRVKAMLT LNNCREAFWL GNLKNRDLQG EEIKSQNSQE STADESEDDM SSQASKS KA TEDGEEDEVS AGEKEQDSDE SYDDSD

UniProtKB: Fanconi anemia group D2 protein

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分子 #3: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40

分子名称: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.875125 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GPGSMQIFVK TLTGKTITLE VEPSDTIENV KAKIQDKEGI PPDQQRLIFA GKQLEDGRTL SDYNIQKEST LHLVLRLRGG

UniProtKB: Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein

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分子 #4: DNA (61-MER)

分子名称: DNA (61-MER) / タイプ: dna / ID: 4
詳細: 61-MER DNA modelled using chain S of PDB entry 6VAE as initial model for refinement. Complementary to chain S.
コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 8.951746 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DT) (DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC)

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分子 #5: DNA (61-MER)

分子名称: DNA (61-MER) / タイプ: dna / ID: 5
詳細: 61-MER DNA modelled using chain T of PDB entry 6VAE as initial model for refinement. Complementary to chain S.
コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 8.880711 KDa
配列文字列:
(DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA) (DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 46.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 3.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 139601
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6vae

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6vae

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6vae

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6vae

chain_id: S, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6vae

chain_id: T, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
得られたモデル

PDB-7zf1:
Structure of ubiquitinated FANCI in complex with FANCD2 and double-stranded DNA

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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