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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | P. berghei kinesin-8B motor domain in no nucleotide state bound to tubulin dimer | |||||||||
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![]() | kinesin / MOTOR PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling ...Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Separation of Sister Chromatids / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / COPI-mediated anterograde transport / microtubule motor activity / microtubule-based movement / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / GTPase activity / GTP binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
![]() | Liu T / Shilliday F / Cook AD / Moores CA | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ジャーナル: Protein Sci / 年: 2018 タイトル: UCSF ChimeraX: Meeting modern challenges in visualization and analysis. 著者: Thomas D Goddard / Conrad C Huang / Elaine C Meng / Eric F Pettersen / Gregory S Couch / John H Morris / Thomas E Ferrin / ![]() 要旨: UCSF ChimeraX is next-generation software for the visualization and analysis of molecular structures, density maps, 3D microscopy, and associated data. It addresses challenges in the size, scope, and ...UCSF ChimeraX is next-generation software for the visualization and analysis of molecular structures, density maps, 3D microscopy, and associated data. It addresses challenges in the size, scope, and disparate types of data attendant with cutting-edge experimental methods, while providing advanced options for high-quality rendering (interactive ambient occlusion, reliable molecular surface calculations, etc.) and professional approaches to software design and distribution. This article highlights some specific advances in the areas of visualization and usability, performance, and extensibility. ChimeraX is free for noncommercial use and is available from http://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ for Windows, Mac, and Linux. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 472.9 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.1 KB 15.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 19.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 43.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : P. berghei kinesin-8B motor domain in no nucleotide state bound t...
全体 | 名称: P. berghei kinesin-8B motor domain in no nucleotide state bound to tubulin dimer |
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要素 |
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-超分子 #1: P. berghei kinesin-8B motor domain in no nucleotide state bound t...
超分子 | 名称: P. berghei kinesin-8B motor domain in no nucleotide state bound to tubulin dimer タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Detyrosinated tubulin alpha-1B chain
分子 | 名称: Detyrosinated tubulin alpha-1B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 47.833184 KDa |
配列 | 文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPDSF NTFFSETGAG KHVPRAVFVD LEPTVIDEVR TGTYRQLFHP EQLITGKED AANNYARGHY TIGKEIIDLV LDRIRKLADQ CTGLQGFLVF HSFGGGTGSG FTSLLMERLS VDYGKKSKLE F SIYPAPQV ...文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPDSF NTFFSETGAG KHVPRAVFVD LEPTVIDEVR TGTYRQLFHP EQLITGKED AANNYARGHY TIGKEIIDLV LDRIRKLADQ CTGLQGFLVF HSFGGGTGSG FTSLLMERLS VDYGKKSKLE F SIYPAPQV STAVVEPYNS ILTTHTTLEH SDCAFMVDNE AIYDICRRNL DIERPTYTNL NRLISQIVSS ITASLRFDGA LN VDLTEFQ TNLVPYPRIH FPLATYAPVI SAEKAYHEQL SVAEITNACF EPANQMVKCD PRHGKYMACC LLYRGDVVPK DVN AAIATI KTKRSIQFVD WCPTGFKVGI NYQPPTVVPG GDLAKVQRAV CMLSNTTAIA EAWARLDHKF DLMYAKRAFV HWYV GEGME EGEFSEARED MAALEKDYEE VGV UniProtKB: Tubulin alpha-1B chain |
-分子 #2: Tubulin beta chain
分子 | 名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 47.825859 KDa |
配列 | 文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMFDAK NMMAACDPRH GRYLTVAAVF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMSAT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY Q UniProtKB: Tubulin beta chain |
-分子 #3: Kinesin-8, putative
分子 | 名称: Kinesin-8, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 39.086586 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: DITYNMNVVI RCRPMSNSEK NEGAKNVIKI MDNKMIVLLD PSDNTDNVLR QNRTKEKRYC FDYVFDENST QEDVYNNSVK PLVDAVIKG YNSTVFAYGA TGAGKTHTII GYKNEPGIMM MILQDLFKKI KTLKAMNEYK IKCSFIEIYN ENICDLLNPS S EYLDLRED ...文字列: DITYNMNVVI RCRPMSNSEK NEGAKNVIKI MDNKMIVLLD PSDNTDNVLR QNRTKEKRYC FDYVFDENST QEDVYNNSVK PLVDAVIKG YNSTVFAYGA TGAGKTHTII GYKNEPGIMM MILQDLFKKI KTLKAMNEYK IKCSFIEIYN ENICDLLNPS S EYLDLRED PVKGITVSNI FEVCTTSVEE IMELIHTGNR NRTQEPTDAN RTSSRSHGVL QVIVEETEKG QGLYQQTKKG KL CVIDLAG SERASQTNNK GMRMLEGANI NRSLLALGNV INALVSRSKG TSKSNFIPFR DSKLTRLLKD SLGGNCKTLM IAN ISPSHL SYEDTHNTLK YANRAKNIKN V UniProtKB: Kinesin-8, putative |
-分子 #4: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: GTP |
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分子量 | 理論値: 523.18 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-GTP: |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #6: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: G2P |
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分子量 | 理論値: 521.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-G2P: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
緩衝液 | pH: 6.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-7z2a: |