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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14021 | |||||||||
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タイトル | Cryo-ET of Magnetospirillum gryphiswaldense delta-popZ overproducing PopZ-Mgr | |||||||||
マップデータ | Tomogram of Magnetospirillum gryphiswaldense delta-popZ overproducing PopZ-Mgr | |||||||||
試料 |
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キーワード | PopZ / Alphaproteobacteria / cytoskeleton / polarity / CELL CYCLE | |||||||||
生物種 | Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (走磁性) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Toro-Nahuelpan M / Plitzko JM / Schueler D / Pfeiffer D | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2022 タイトル: In vivo Architecture of the Polar Organizing Protein Z (PopZ) Meshwork in the Alphaproteobacteria Magnetospirillum gryphiswaldense and Caulobacter crescentus. 著者: Mauricio Toro-Nahuelpan / Jürgen M Plitzko / Dirk Schüler / Daniel Pfeiffer / 要旨: The polar organizing protein Z (PopZ) forms a polar microdomain that is inaccessible to larger macromolecules such as ribosomes, and selectively sequesters proteins crucial for cell cycle control and ...The polar organizing protein Z (PopZ) forms a polar microdomain that is inaccessible to larger macromolecules such as ribosomes, and selectively sequesters proteins crucial for cell cycle control and polar morphogenesis in various Alphaproteobacteria. However, the in vivo architecture of this microdomain has remained elusive. Here, we analyzed the three-dimensional ultrastructural organization of the PopZ network in Magnetospirillum gryphiswaldense and Caulobacter crescentus by Volta phase plate cryo-electron tomography, which provides high spatial resolution and improved image contrast. Our results suggest that PopZ forms a porous network of disordered short, flexible, and branching filaments. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14021.map.gz | 34.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14021-v30.xml emd-14021.xml | 12.9 KB 12.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_14021.png | 39.7 KB | ||
マスクデータ | emd_14021_msk_1.map | 40.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-14021.cif.gz | 4.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14021 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14021 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14021_validation.pdf.gz | 330.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14021_full_validation.pdf.gz | 329.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14021_validation.xml.gz | 5.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14021_validation.cif.gz | 6.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14021 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14021 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10885 (タイトル: In vivo architecture of the polar organizing protein Z (PopZ) meshwork in the Alphaproteobacteria Magnetospirillum gryphiswaldense and Caulobacter crescentus Data size: 6.3 Data #1: Volta phase plate cryo-electron tomography of Magnetospirillum gryphiswaldense (wild-type) overproducing PopZ-Mgr [reconstructed volumes] Data #2: Volta phase plate cryo-electron tomography of Magnetospirillum gryphiswaldense delta-mamK overproducing PopZ-Mgr [reconstructed volumes] Data #3: Volta phase plate cryo-electron tomography of purified PopZ-Mgr [reconstructed volumes] Data #4: Cryo-electron tomography of Magnetospirillum gryphiswaldense delta-popZ overproducing PopZ-Mgr [reconstructed volumes] Data #5: Volta phase plate cryo-electron tomography of Caulobacter crescentus NA1000 [reconstructed volumes] Data #6: Volta phase plate cryo-electron tomography of Caulobacter crescentus NA1000 overproducing PopZ-Cc [reconstructed volumes] Data #7: Cryo-electron tomography of Magnetospirillum gryphiswaldense delta-popZ [reconstructed volumes] Data #8: Volta phase plate cryo-electron tomography of Magnetospirillum gryphiswaldense delta-mamK-mamY [reconstructed volumes]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14021.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Tomogram of Magnetospirillum gryphiswaldense delta-popZ overproducing PopZ-Mgr | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 31.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_14021_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Magnetospirillum gryphiswaldense delta-popZ overproducing PopZ-Mgr
全体 | 名称: Magnetospirillum gryphiswaldense delta-popZ overproducing PopZ-Mgr |
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要素 |
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-超分子 #1: Magnetospirillum gryphiswaldense delta-popZ overproducing PopZ-Mgr
超分子 | 名称: Magnetospirillum gryphiswaldense delta-popZ overproducing PopZ-Mgr タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Individual segmented structures are depicted in different colors in the EMDB entry image and in the corresponding publication: Putative PopZ filaments are purple. Magnetite crystals are red, ...詳細: Individual segmented structures are depicted in different colors in the EMDB entry image and in the corresponding publication: Putative PopZ filaments are purple. Magnetite crystals are red, magnetosome membrane vesicles are yellow, and the cellular envelope inner and outer membranes are depicted in blue. MamK filaments are green. |
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由来(天然) | 生物種: Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (走磁性) |
-超分子 #2: PopZ
超分子 | 名称: PopZ / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 詳細: The polar organizing protein Z (PopZ) forms a polar microdomain that is inaccessible to larger macromolecules such as ribosomes, and selectively sequesters proteins crucial for cell cycle ...詳細: The polar organizing protein Z (PopZ) forms a polar microdomain that is inaccessible to larger macromolecules such as ribosomes, and selectively sequesters proteins crucial for cell cycle control and polar morphogenesis in various Alphaproteobacteria. In the present Magnetospirillum gryphiswaldense delta-popZ strain (lacking the endogenous popZ gene) PopZ overproduction was achieved via genomic insertion of a Tn5-Ptet-based popZ overexpression cassette. |
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由来(天然) | 生物種: Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (走磁性) |
-超分子 #3: Magnetosomes
超分子 | 名称: Magnetosomes / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 詳細: Magnetosomes are membranous organelles containing nanometer-sized crystals of magnetite present in magnetotactic bacteria. |
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由来(天然) | 生物種: Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (走磁性) |
-超分子 #4: magnetite crystals
超分子 | 名称: magnetite crystals / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 4 / 親要素: 3 |
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由来(天然) | 生物種: Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (走磁性) |
-超分子 #5: magnetosome membrane vesicles
超分子 | 名称: magnetosome membrane vesicles / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 5 / 親要素: 3 |
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由来(天然) | 生物種: Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (走磁性) |
-超分子 #6: MamK
超分子 | 名称: MamK / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 6 / 親要素: 1 詳細: The filament-forming bacterial actin MamK found in magnetotactic bacteria is important for organizing magnetosome organelles into chains that are used for navigation along geomagnetic field lines. |
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由来(天然) | 生物種: Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (走磁性) |
-超分子 #7: Cellular envelope
超分子 | 名称: Cellular envelope / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 7 / 親要素: 1 / 詳細: inner and outer membranes |
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由来(天然) | 生物種: Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (走磁性) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: modified flask standard medium (FSM) |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE 詳細: The mixture was blotted and embedded in vitreous ice by plunge freezing into liquid ethane (< - 170 C). The grids were stored in sealed boxes in liquid nitrogen until used.. |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: Sigma-Aldrich / 直径: 15 nm |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å2 詳細: The cumulative electron dose during the tilt series was kept below 150 e- A-2. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 5.0 µm |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用した粒子像数: 121 |
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