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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13830 | ||||||||||||
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タイトル | Lanreotide nanotube | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.46 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Pieri L / Wang F / Arteni AA / Bressanelli S / Egelman EH / Paternostre M | ||||||||||||
資金援助 | フランス, 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: Atomic structure of Lanreotide nanotubes revealed by cryo-EM. 著者: Laura Pieri / Fengbin Wang / Ana-Andreea Arteni / Matthijn Vos / Jean-Marie Winter / Marie-Hélène Le Du / Franck Artzner / Frédéric Gobeaux / Pierre Legrand / Yves Boulard / Stéphane ...著者: Laura Pieri / Fengbin Wang / Ana-Andreea Arteni / Matthijn Vos / Jean-Marie Winter / Marie-Hélène Le Du / Franck Artzner / Frédéric Gobeaux / Pierre Legrand / Yves Boulard / Stéphane Bressanelli / Edward H Egelman / Maité Paternostre / 要旨: Functional and versatile nano- and microassemblies formed by biological molecules are found at all levels of life, from cell organelles to full organisms. Understanding the chemical and ...Functional and versatile nano- and microassemblies formed by biological molecules are found at all levels of life, from cell organelles to full organisms. Understanding the chemical and physicochemical determinants guiding the formation of these assemblies is crucial not only to understand the biological processes they carry out but also to mimic nature. Among the synthetic peptides forming well-defined nanostructures, the octapeptide Lanreotide has been considered one of the best characterized, in terms of both the atomic structure and its self-assembly process. In the present work, we determined the atomic structure of Lanreotide nanotubes at 2.5-Å resolution by cryoelectron microscopy (cryo-EM). Surprisingly, the asymmetric unit in the nanotube contains eight copies of the peptide, forming two tetramers. There are thus eight different environments for the peptide, and eight different conformations in the nanotube. The structure built from the cryo-EM map is strikingly different from the molecular model, largely based on X-ray fiber diffraction, proposed 20 y ago. Comparison of the nanotube with a crystal structure at 0.83-Å resolution of a Lanreotide derivative highlights the polymorphism for this peptide family. This work shows once again that higher-order assemblies formed by even well-characterized small peptides are very difficult to predict. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13830.map.gz | 69.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13830-v30.xml emd-13830.xml | 14.5 KB 14.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13830_fsc.xml | 13.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13830.png | 169.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13830 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13830 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13830_validation.pdf.gz | 395.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13830_full_validation.pdf.gz | 394.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13830_validation.xml.gz | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13830_validation.cif.gz | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13830 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13830 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7q5aMC 7q5gC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10873 (タイトル: Atomic structure of Lanreotide nanotubes revealed by cryo-EM Data size: 362.5 Data #1: Lanreotide nanotube, subset of the final particles [picked particles - multiframe - processed]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13830.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 229.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1102 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Lanreotide
全体 | 名称: Lanreotide |
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要素 |
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-超分子 #1: Lanreotide
超分子 | 名称: Lanreotide / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 1.096 kDa/nm |
-分子 #1: Lanreotide
分子 | 名称: Lanreotide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 1.098339 KDa |
配列 | 文字列: (4J2)CY(DTR)KVCT(NH2) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
濃度 | 20 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6 / 構成要素 - 濃度: 40.0 mg/ml / 構成要素 - 名称: Pure water |
グリッド | モデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa / 詳細: Current intensity 15 mA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 30 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 球面収差補正装置: No corrector / 色収差補正装置: No corrector / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV / 詳細: Bioquantum + K3 camera |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 19497 / 平均露光時間: 1.69 sec. / 平均電子線量: 39.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | PDB-7q5a: |