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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13197 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-ET of axons grown from human cerebral organoids, expressing ESYT1-GFP | ||||||||||||
マップデータ | cryo-ET of axons from human cerebral organoids, expressing ESYT1-GFP | ||||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | ||||||||||||
データ登録者 | Hoffmann PC / Giandomenico SL / Ganeva I / Wozny MR / Sutcliffe M / Lancaster MA / Kukulski W | ||||||||||||
資金援助 | 英国, European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2021 タイトル: Electron cryo-tomography reveals the subcellular architecture of growing axons in human brain organoids. 著者: Patrick C Hoffmann / Stefano L Giandomenico / Iva Ganeva / Michael R Wozny / Magdalena Sutcliffe / Madeline A Lancaster / Wanda Kukulski / 要旨: During brain development, axons must extend over great distances in a relatively short amount of time. How the subcellular architecture of the growing axon sustains the requirements for such rapid ...During brain development, axons must extend over great distances in a relatively short amount of time. How the subcellular architecture of the growing axon sustains the requirements for such rapid build-up of cellular constituents has remained elusive. Human axons have been particularly poorly accessible to imaging at high resolution in a near-native context. Here, we present a method that combines cryo-correlative light microscopy and electron tomography with human cerebral organoid technology to visualize growing axon tracts. Our data reveal a wealth of structural details on the arrangement of macromolecules, cytoskeletal components, and organelles in elongating axon shafts. In particular, the intricate shape of the endoplasmic reticulum is consistent with its role in fulfilling the high demand for lipid biosynthesis to support growth. Furthermore, the scarcity of ribosomes within the growing shaft suggests limited translational competence during expansion of this compartment. These findings establish our approach as a powerful resource for investigating the ultrastructure of defined neuronal compartments. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13197.map.gz | 183.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13197-v30.xml emd-13197.xml | 8.3 KB 8.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13197.png | 199.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13197 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13197 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13197_validation.pdf.gz | 266.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13197_full_validation.pdf.gz | 266.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13197_validation.xml.gz | 5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13197_validation.cif.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13197 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13197 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10804 (タイトル: electron cryo-tomograms of axons from human cerebral organoids, expressing GFP-ESYT1 Data size: 40.9 Data #1: reconstructed electron tomographic volumes of axons from cerebral organoids expressing GFP-ESYT1 [reconstructed volumes] Data #2: Unaligned raw image frames of tilt series acquired on axons from cerebral organoids expressing GFP-ESYT1 [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13197.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 254.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cryo-ET of axons from human cerebral organoids, expressing ESYT1-GFP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 14.71 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Axon bundles grown on EM grids from human air-liquid interface ce...
全体 | 名称: Axon bundles grown on EM grids from human air-liquid interface cerebral organoid cultures. |
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要素 |
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-超分子 #1: Axon bundles grown on EM grids from human air-liquid interface ce...
超分子 | 名称: Axon bundles grown on EM grids from human air-liquid interface cerebral organoid cultures. タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | tissue |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用した粒子像数: 121 |
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