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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12981 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the 28 triskelia mini clathrin coat complex, class 18. | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / clathrin light chain binding / clathrin complex / Nef Mediated CD8 Down-regulation / clathrin adaptor complex / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / AP-2 adaptor complex / clathrin coat of coated pit ...clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / clathrin light chain binding / clathrin complex / Nef Mediated CD8 Down-regulation / clathrin adaptor complex / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / AP-2 adaptor complex / clathrin coat of coated pit / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / clathrin coat assembly / Retrograde neurotrophin signalling / clathrin-coated endocytic vesicle / LDL clearance / clathrin-dependent endocytosis / coronary vasculature development / signal sequence binding / Nef Mediated CD4 Down-regulation / endolysosome membrane / aorta development / ventricular septum development / clathrin binding / Recycling pathway of L1 / synaptic vesicle endocytosis / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / vesicle-mediated transport / MHC class II antigen presentation / VLDLR internalisation and degradation / receptor-mediated endocytosis / kidney development / intracellular protein transport / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / cytoplasmic side of plasma membrane / spindle / endocytic vesicle membrane / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / presynapse / Clathrin-mediated endocytosis / mitotic cell cycle / postsynapse / Potential therapeutics for SARS / glutamatergic synapse / structural molecule activity / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Smith SM / Smith CJ | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2021 タイトル: Multi-modal adaptor-clathrin contacts drive coated vesicle assembly. 著者: Sarah M Smith / Gabrielle Larocque / Katherine M Wood / Kyle L Morris / Alan M Roseman / Richard B Sessions / Stephen J Royle / Corinne J Smith / 要旨: Clathrin-coated pits are formed by the recognition of membrane and cargo by the AP2 complex and the subsequent recruitment of clathrin triskelia. A role for AP2 in coated-pit assembly beyond initial ...Clathrin-coated pits are formed by the recognition of membrane and cargo by the AP2 complex and the subsequent recruitment of clathrin triskelia. A role for AP2 in coated-pit assembly beyond initial clathrin recruitment has not been explored. Clathrin binds the β2 subunit of AP2, and several binding sites have been identified, but our structural knowledge of these interactions is incomplete and their functional importance during endocytosis is unclear. Here, we analysed the cryo-EM structure of clathrin cages assembled in the presence of β2 hinge-appendage (β2HA). We find that the β2-appendage binds in at least two positions in the cage, demonstrating that multi-modal binding is a fundamental property of clathrin-AP2 interactions. In one position, β2-appendage cross-links two adjacent terminal domains from different triskelia. Functional analysis of β2HA-clathrin interactions reveals that endocytosis requires two clathrin interaction sites: a clathrin-box motif on the hinge and the "sandwich site" on the appendage. We propose that β2-appendage binding to more than one triskelion is a key feature of the system and likely explains why assembly is driven by AP2. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12981.map.gz | 38 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12981-v30.xml emd-12981.xml | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12981_fsc.xml | 17.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12981.png | 162.1 KB | ||
マスクデータ | emd_12981_msk_1.map | 476.8 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_12981_additional_1.map.gz emd_12981_half_map_1.map.gz emd_12981_half_map_2.map.gz | 383 MB 384.6 MB 384.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12981 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12981 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12981_validation.pdf.gz | 518.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12981_full_validation.pdf.gz | 518.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12981_validation.xml.gz | 25.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12981_validation.cif.gz | 33.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12981 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12981 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7om8C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10779 (タイトル: Multi-modal adaptor-clathrin contacts drive coated vesicle assembly Data size: 13.0 Data #1: Dose-weighted particle images of whole cage, clathrin 28 mini coat [picked particles - single frame - processed]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12981.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.78 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_12981_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_12981_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_12981_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_12981_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of 28 triskelia mini clathrin coat complex, class 18
全体 | 名称: Cryo-EM structure of 28 triskelia mini clathrin coat complex, class 18 |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of 28 triskelia mini clathrin coat complex, class 18
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of 28 triskelia mini clathrin coat complex, class 18 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: LEICA EM GP 詳細: 3 uL of sample applied to a grid and blotted for 4.5 s before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 64.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.1 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |