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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12874 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of the outer membrane secretin pore pIV from the f1 filamentous bacteriophage. | |||||||||
マップデータ | Postprocessed masked map from Relion | |||||||||
試料 |
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キーワード | Secretin Outer membrane Virion export / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Inoviridae sp. (ウイルス) / Enterobacteria phage f1 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Conners R / Gold VAM | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: CryoEM structure of the outer membrane secretin channel pIV from the f1 filamentous bacteriophage. 著者: Rebecca Conners / Mathew McLaren / Urszula Łapińska / Kelly Sanders / M Rhia L Stone / Mark A T Blaskovich / Stefano Pagliara / Bertram Daum / Jasna Rakonjac / Vicki A M Gold / 要旨: The Ff family of filamentous bacteriophages infect gram-negative bacteria, but do not cause lysis of their host cell. Instead, new virions are extruded via the phage-encoded pIV protein, which has ...The Ff family of filamentous bacteriophages infect gram-negative bacteria, but do not cause lysis of their host cell. Instead, new virions are extruded via the phage-encoded pIV protein, which has homology with bacterial secretins. Here, we determine the structure of pIV from the f1 filamentous bacteriophage at 2.7 Å resolution by cryo-electron microscopy, the first near-atomic structure of a phage secretin. Fifteen f1 pIV subunits assemble to form a gated channel in the bacterial outer membrane, with associated soluble domains projecting into the periplasm. We model channel opening and propose a mechanism for phage egress. By single-cell microfluidics experiments, we demonstrate the potential for secretins such as pIV to be used as adjuvants to increase the uptake and efficacy of antibiotics in bacteria. Finally, we compare the f1 pIV structure to its homologues to reveal similarities and differences between phage and bacterial secretins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12874.map.gz | 7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12874-v30.xml emd-12874.xml | 19.9 KB 19.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12874_fsc.xml | 8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12874.png | 302.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-12874.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_12874_additional_1.map.gz emd_12874_additional_2.map.gz emd_12874_additional_3.map.gz | 36.2 MB 32.9 MB 32.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12874 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12874 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12874_validation.pdf.gz | 483.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12874_full_validation.pdf.gz | 483.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12874_validation.xml.gz | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12874_validation.cif.gz | 13.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12874 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12874 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ofhMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10807 (タイトル: CryoEM structure of the outer membrane secretin channel pIV from the f1 filamentous bacteriophage Data size: 7.0 TB Data #1: Micrographs of the secretin protein, pIV, from the f1 filamentous bacteriophage (dataset1) [micrographs - multiframe] Data #2: Micrographs of the secretin protein, pIV, from the f1 filamentous bacteriophage (dataset2) [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12874.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Postprocessed masked map from Relion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.072 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Postprocessed map after DeepEMhancer
ファイル | emd_12874_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Postprocessed map after DeepEMhancer | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Half map1
ファイル | emd_12874_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Half map2
ファイル | emd_12874_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Virion export protein pIV
全体 | 名称: Virion export protein pIV |
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要素 |
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-超分子 #1: Virion export protein pIV
超分子 | 名称: Virion export protein pIV / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: From Inoviridae sp. f1 |
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由来(天然) | 生物種: Inoviridae sp. (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 669.7 KDa |
-分子 #1: Virion export protein
分子 | 名称: Virion export protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: S9P, D49N, I66N are naturally occurring polymorphisms. コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Enterobacteria phage f1 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 44.657707 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: QVIEMNNSPL RDFVTWYSKQ TGESVIVSPD VKGTVTVYSS DVKPENLRNF FISVLRANNF DMVGSNPSII QKYNPNNQDY IDELPSSDN QEYDDNSAPS GGFFVPQNDN VTQTFKINNV RAKDLIRVVE LFVKSNTSKS SNVLSVDGSN LLVVSAPKDI L DNLPQFLS ...文字列: QVIEMNNSPL RDFVTWYSKQ TGESVIVSPD VKGTVTVYSS DVKPENLRNF FISVLRANNF DMVGSNPSII QKYNPNNQDY IDELPSSDN QEYDDNSAPS GGFFVPQNDN VTQTFKINNV RAKDLIRVVE LFVKSNTSKS SNVLSVDGSN LLVVSAPKDI L DNLPQFLS TVDLPTDQIL IEGLIFEVQQ GDALDFSFAA GSQRGTVAGG VNTDRLTSVL SSAGGSFGIF NGDVLGLSVR AL KTNSHSK ILSVPRILTL SGQKGSISVG QNVPFITGRV TGESANVNNP FQTVERQNVG ISMSVFPVAM ASAHHHHHHH GGN IVLDIT IKADSLSSST QASDVITNQR SIATTVNLRD GQTLLLGGLT DYKNTSQDSG VPFLSKIPLI GLLFSSRSDS NEES TLYVL VKATIVRAL UniProtKB: Virion export protein |
-分子 #2: 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE
分子 | 名称: 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 30 / 式: CPS |
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分子量 | 理論値: 614.877 Da |
Chemical component information | ChemComp-CPS: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: LACEY | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot force 0, blot time 4sec. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 3.52 sec. / 平均電子線量: 42.059 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |