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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12285 | |||||||||
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タイトル | Platelet integrin from intact cells | |||||||||
マップデータ | Platelet integrin from intact cells | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 26.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Sorrentino S / Conesa JJ / Cuervo A / Melero R / Martins B / Fernandez-Gimenez E / Isidro-Gomez F / Jimenez de la Morena J / Studt JD / Sorzano COS ...Sorrentino S / Conesa JJ / Cuervo A / Melero R / Martins B / Fernandez-Gimenez E / Isidro-Gomez F / Jimenez de la Morena J / Studt JD / Sorzano COS / Eibauer M / Carazo JM / Medalia O | |||||||||
資金援助 | スイス, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Structural analysis of receptors and actin polarity in platelet protrusions. 著者: Simona Sorrentino / Jose Javier Conesa / Ana Cuervo / Roberto Melero / Bruno Martins / Estrella Fernandez-Gimenez / Federico P de Isidro-Gomez / Jimenez de la Morena / Jan-Dirk Studt / Carlos ...著者: Simona Sorrentino / Jose Javier Conesa / Ana Cuervo / Roberto Melero / Bruno Martins / Estrella Fernandez-Gimenez / Federico P de Isidro-Gomez / Jimenez de la Morena / Jan-Dirk Studt / Carlos Oscar S Sorzano / Matthias Eibauer / Jose Maria Carazo / Ohad Medalia / 要旨: During activation the platelet cytoskeleton is reorganized, inducing adhesion to the extracellular matrix and cell spreading. These processes are critical for wound healing and clot formation. ...During activation the platelet cytoskeleton is reorganized, inducing adhesion to the extracellular matrix and cell spreading. These processes are critical for wound healing and clot formation. Initially, this task relies on the formation of strong cellular-extracellular matrix interactions, exposed in subendothelial lesions. Despite the medical relevance of these processes, there is a lack of high-resolution structural information on the platelet cytoskeleton controlling cell spreading and adhesion. Here, we present in situ structural analysis of membrane receptors and the underlying cytoskeleton in platelet protrusions by applying cryoelectron tomography to intact platelets. We utilized three-dimensional averaging procedures to study receptors at the plasma membrane. Analysis of substrate interaction-free receptors yielded one main structural class resolved to 26 Å, resembling the αβ integrin folded conformation. Furthermore, structural analysis of the actin network in pseudopodia indicates a nonuniform polarity of filaments. This organization would allow generation of the contractile forces required for integrin-mediated cell adhesion. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12285.map.gz | 227.3 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12285-v30.xml emd-12285.xml | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12285_fsc.xml | 1.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12285.png | 41.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12285 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12285 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12285_validation.pdf.gz | 332.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12285_full_validation.pdf.gz | 331.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12285_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12285_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12285 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12285 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10636 (タイトル: Structural analysis of receptors and actin polarity in platelet protrusions Data size: 6.0 Data #1: Structural analysis of receptors and actin polarity in platelet protrusions [reconstructed volumes]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12285.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Platelet integrin from intact cells | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Platelet integrin from intact cells
全体 | 名称: Platelet integrin from intact cells |
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要素 |
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-超分子 #1: Platelet integrin from intact cells
超分子 | 名称: Platelet integrin from intact cells / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: platelet / 細胞中の位置: cytoplasmic membrane |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 5.1 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: GOLD |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | complete human platelets |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.73 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |