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- EMDB-12188: Structure of DNA origami signpost from cryo-ET and subvolume averaging -
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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12188 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of DNA origami signpost from cryo-ET and subvolume averaging | |||||||||||||||
![]() | average | |||||||||||||||
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![]() | Origami / Nanostructure / Signpost / SPOT / DNA | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 36.44 Å | |||||||||||||||
![]() | Silvester E / Vollmer B | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: DNA origami signposts for identifying proteins on cell membranes by electron cryotomography. 著者: Emma Silvester / Benjamin Vollmer / Vojtěch Pražák / Daven Vasishtan / Emily A Machala / Catheryne Whittle / Susan Black / Jonathan Bath / Andrew J Turberfield / Kay Grünewald / Lindsay A Baker / ![]() 要旨: Electron cryotomography (cryoET), an electron cryomicroscopy (cryoEM) modality, has changed our understanding of biological function by revealing the native molecular details of membranes, viruses, ...Electron cryotomography (cryoET), an electron cryomicroscopy (cryoEM) modality, has changed our understanding of biological function by revealing the native molecular details of membranes, viruses, and cells. However, identification of individual molecules within tomograms from cryoET is challenging because of sample crowding and low signal-to-noise ratios. Here, we present a tagging strategy for cryoET that precisely identifies individual protein complexes in tomograms without relying on metal clusters. Our method makes use of DNA origami to produce "molecular signposts" that target molecules of interest, here via fluorescent fusion proteins, providing a platform generally applicable to biological surfaces. We demonstrate the specificity of signpost origami tags (SPOTs) in vitro as well as their suitability for cryoET of membrane vesicles, enveloped viruses, and the exterior of intact mammalian cells. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 372.9 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 238 KB 238 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 35.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 18 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7bhoMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 38.8 MB Data #1: Tomograms of sfGFP-glycoprotein B vesicles with DNA origami SPOTs [tilt series]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | average | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 16.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : Subvolume average of DNA signpost origami nanostructure
全体 | 名称: Subvolume average of DNA signpost origami nanostructure |
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要素 |
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+超分子 #1: Subvolume average of DNA signpost origami nanostructure
超分子 | 名称: Subvolume average of DNA signpost origami nanostructure タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: DNA scaffold with DNA oligos as staples |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
+分子 #1: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 17.493326 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC) (DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC) (DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA) (DA) (DG)(DG)(DA)(DA)(DC) ...文字列: (DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC) (DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC) (DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA) (DA) (DG)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT) |
+分子 #2: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 9.535171 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT) (DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT) (DA)(DA) |
+分子 #3: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 7.080585 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG) (DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DT)(DG) |
+分子 #4: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 8.603578 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DC)(DA) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA) |
+分子 #5: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 12.941319 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA) (DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG)(DT) (DT)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DC)(DC)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG)(DG) (DT) (DG)(DT) |
+分子 #6: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 8.005195 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT) (DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DC) |
+分子 #7: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 11.353344 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG) (DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA) (DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA) (DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC) |
+分子 #8: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 7.422825 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT) (DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA) |
+分子 #9: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 5.904841 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DG) (DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG) |
+分子 #10: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 10 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 7.108615 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DA) (DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DA)(DG)(DG) |
+分子 #11: DNA scaffold
分子 | 名称: DNA scaffold / タイプ: dna / ID: 11 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 2.2362425 MDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT) (DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG) (DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DG) (DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT) (DC) (DG)(DG)(DC)(DG)(DC) ...文字列: (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT) (DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG) (DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DG) (DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT) (DC) (DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DA)(DA)(DC) (DT)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DC) (DA)(DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT) (DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA) (DC)(DC)(DT) (DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DG) (DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA) (DA)(DA)(DC)(DC) (DG)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC) (DT)(DC)(DC)(DT)(DT) (DT)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA)(DT)(DT) (DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT) (DA)(DT) (DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG) (DT) (DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC) 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(DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG) (DT) (DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DC) (DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC) (DG)(DG) (DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG) (DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA) (DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC) (DG)(DG)(DG)(DC) (DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DC) (DC)(DC)(DT)(DC)(DT) (DC)(DG)(DA)(DC) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC) (DC)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DT)(DA) (DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA) (DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DA)(DA) (DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG) (DG)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC) (DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA) (DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT) (DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT) (DA)(DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA) (DA)(DA)(DT)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG) (DG) (DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA) (DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DG)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DT) (DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DC) (DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DT) (DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DC)(DA)(DG)(DT) (DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT) (DA)(DT)(DC)(DA)(DT) (DC)(DA)(DA)(DA) (DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DG)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT) (DT)(DA)(DC) (DT)(DG)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA) (DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG) (DA)(DG) (DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT) (DC)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG) (DG) (DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT) (DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT) (DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DT)(DC)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA) (DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DC) (DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DA)(DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC) (DG)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DG) (DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DC) (DT)(DG)(DG) (DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT) (DG)(DG)(DT)(DG) (DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG) (DG)(DT)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DG)(DG) (DG)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DT)(DC) (DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA)(DG)(DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT) (DC)(DT) (DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT) (DT) (DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT) (DG)(DG)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC) (DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG) (DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC)(DG) (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG) (DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC) (DG) (DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DG)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA) (DG)(DG) (DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DT) (DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG) (DC)(DT)(DA) (DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC) (DT)(DA)(DT)(DC) (DG)(DA)(DT)(DG)(DG) (DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT) (DG)(DA)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DC)(DC) (DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA) (DA)(DT)(DG) (DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG) (DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT) (DG)(DC) (DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT) (DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT) (DG) (DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DC)(DG) (DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DC) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT) (DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT) (DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC) (DC) (DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT) (DT)(DG) (DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG) (DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DC) (DT)(DT)(DT) (DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT) (DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT) (DA)(DT)(DG)(DA) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT) (DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DG) (DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DA)(DA)(DA)(DT) (DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC) (DC)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT) (DG)(DT)(DC) (DT)(DT)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC) (DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DG) (DT)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT) (DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DG) (DT) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC) (DA)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG) (DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT) (DT) (DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC) (DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT) (DG)(DC) (DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT) (DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT) (DC)(DT)(DG) (DG)(DT)(DA)(DA)(DC)(DT) (DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DT) (DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DC)(DT)(DT) (DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA) (DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT) (DG)(DC)(DT) (DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT) (DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC) (DT)(DC) (DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG) (DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DT) (DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG) (DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DC) (DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA) (DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT) 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+分子 #12: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 12 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 5.530603 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG) |
+分子 #13: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 13 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 12.390986 KDa |
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+分子 #14: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 14 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.070442 KDa |
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+分子 #15: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 15 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 5.510635 KDa |
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+分子 #16: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 16 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 5.609662 KDa |
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+分子 #17: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 17 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 5.555615 KDa |
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+分子 #18: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 18 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 11.68754 KDa |
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+分子 #19: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 19 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 7.391815 KDa |
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+分子 #20: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 20 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 5.442528 KDa |
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+分子 #21: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 21 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 8.271354 KDa |
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+分子 #22: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 22 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
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+分子 #23: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 23 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 9.871361 KDa |
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+分子 #24: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 24 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 11.491429 KDa |
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+分子 #25: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 25 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 5.878877 KDa |
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+分子 #26: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 26 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
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+分子 #27: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 27 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 5.509594 KDa |
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+分子 #28: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 28 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
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+分子 #29: DNA
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
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+分子 #30: DNA
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.94497 KDa |
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+分子 #31: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 31 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 10.180564 KDa |
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+分子 #32: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 32 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
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+分子 #80: DNA
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+分子 #116: DNA
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+分子 #119: DNA
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
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+分子 #163: DNA
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+分子 #164: DNA
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+分子 #204: DNA
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+分子 #205: DNA
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+分子 #206: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 206 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
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+分子 #207: DNA
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+分子 #208: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 208 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
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+分子 #209: DNA
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+分子 #210: DNA
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+分子 #211: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 211 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 12.933347 KDa |
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+分子 #212: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 212 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 7.328753 KDa |
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+分子 #213: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 213 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 8.117239 KDa |
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+分子 #214: DNA
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
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+分子 #215: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 215 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 7.045569 KDa |
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+分子 #216: DNA
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
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+分子 #217: DNA
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+分子 #218: DNA
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 5.938815 KDa |
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+分子 #219: DNA
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 9.838376 KDa |
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+分子 #220: DNA
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---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 6.975523 KDa |
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+分子 #221: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 221 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 8.258372 KDa |
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+分子 #222: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 222 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 7.761045 KDa |
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+分子 #223: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 223 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 12.668174 KDa |
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+分子 #224: DNA
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 5.492607 KDa |
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+分子 #225: DNA
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 6.850496 KDa |
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+分子 #226: DNA
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 10.525858 KDa |
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+分子 #227: DNA
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 8.919747 KDa |
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+分子 #228: DNA
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 12.346993 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG) (DC)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DG) (DG) |
+分子 #229: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 229 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 6.499293 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT) (DA) |
+分子 #230: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 230 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 15.118754 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DA) (DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA) (DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG) (DA) |
+分子 #231: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 231 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 9.604177 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DC) (DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA) (DC)(DG) |
+分子 #232: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 232 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 7.012529 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT) (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DT) (DC)(DT)(DT) |
+分子 #233: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 233 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 6.519261 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA) (DA) |
+分子 #234: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 234 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 5.90285 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DC) (DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA) |
+分子 #235: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 235 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 5.516632 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA) (DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC) |
+分子 #236: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 236 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 6.421184 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA) (DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT) |
+分子 #237: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 237 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 6.960565 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC) (DA)(DT)(DA) |
+分子 #238: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 238 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 18.165717 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG) (DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA) (DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA) (DT) (DT)(DA)(DC)(DC)(DA) ...文字列: (DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG) (DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA) (DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA) (DT) (DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT)(DT)(DA) (DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA) (DC) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 3.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 36.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.13.0) / 使用したサブトモグラム数: 694 |
---|---|
抽出 | トモグラム数: 54 / 使用した粒子像数: 694 / 手法: Manual selction / ソフトウェア - 名称: ![]() |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: PEET |
+
万見について
-お知らせ
-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました
EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました
- EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
- これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。
関連情報:EMDBヘッダ
-2020年8月12日: 新型コロナ情報
新型コロナ情報
![](../emnavi/img/about_covid19.jpg)
URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php
新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。
関連情報:Covid-19情報 /
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ
+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ
新型コロナウイルスの構造データ
- 国際ウイルス分類委員会(ICTV)は、新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の病原ウイルスの略称を「SARS-CoV-2」と決定しました。
- 万見で扱っている構造データベースでは、"COVID-19 virus"、"2019-nCoV"といった別称・仮称でも登録されています。こちらでウイルスの詳細と構造データの一覧を見られます。
関連情報:万見生物種 /
2020年8月12日: 新型コロナ情報
+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更
EMDBのIDの桁数の変更
- EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
- EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。
関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? /
万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記
+2017年7月12日: PDB大規模アップデート
PDB大規模アップデート
- 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
- 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
- このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
- EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。
外部リンク:wwPDB Remediation /
OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。
-万見 (Yorodumi)
幾万の構造データを、幾万の視点から
- 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
- EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。
関連情報:EMDB /
PDB /
SASBDB /
3つのデータバンクの比較 /
万見検索 /
2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 /
万見文献 /
Jmol/JSmol /
機能・相同性情報 /
新しいEM Navigatorと万見の変更点