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- EMDB-10309: cryo-ET of cryo-FIB milled yeast cell, in which scs2/22 ist2 are ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10309
タイトルcryo-ET of cryo-FIB milled yeast cell, in which scs2/22 ist2 are deleted, with high intracellular calcium; shown in Figures 5C and S3F
マップデータcryo-ET of cryo-FIB milled yeast cell in which scs2/22 ist2 are deleted with high calcium levels; shown in Figures 5C and S3F
試料
  • 細胞: cryo-ET of cryo-FIB milled yeast cell, in which scs2/22 ist2 are deleted, with high intracellular calcium; shown in Figures 5C and S3F
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Hoffmann PC / Bharat TAM / Wozny MR / Boulanger J / Miller EA / Kukulski W
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_1201/8 英国
Wellcome Trust202231/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_1201/10 英国
引用ジャーナル: Dev Cell / 年: 2019
タイトル: Tricalbins Contribute to Cellular Lipid Flux and Form Curved ER-PM Contacts that Are Bridged by Rod-Shaped Structures.
著者: Patrick C Hoffmann / Tanmay A M Bharat / Michael R Wozny / Jerome Boulanger / Elizabeth A Miller / Wanda Kukulski /
要旨: Lipid flow between cellular organelles occurs via membrane contact sites. Extended-synaptotagmins, known as tricalbins in yeast, mediate lipid transfer between the endoplasmic reticulum (ER) and ...Lipid flow between cellular organelles occurs via membrane contact sites. Extended-synaptotagmins, known as tricalbins in yeast, mediate lipid transfer between the endoplasmic reticulum (ER) and plasma membrane (PM). How these proteins regulate membrane architecture to transport lipids across the aqueous space between bilayers remains unknown. Using correlative microscopy, electron cryo-tomography, and high-throughput genetics, we address the interplay of architecture and function in budding yeast. We find that ER-PM contacts differ in protein composition and membrane morphology, not in intermembrane distance. In situ electron cryo-tomography reveals the molecular organization of tricalbin-mediated contacts, suggesting a structural framework for putative lipid transfer. Genetic analysis uncovers functional overlap with cellular lipid routes, such as maintenance of PM asymmetry. Further redundancies are suggested for individual tricalbin protein domains. We propose a modularity of molecular and structural functions of tricalbins and of their roles within the cellular network of lipid distribution pathways.
履歴
登録2019年9月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月13日-
マップ公開2019年11月13日-
更新2019年12月4日-
現状2019年12月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_10309.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10309.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈cryo-ET of cryo-FIB milled yeast cell in which scs2/22 ist2 are deleted with high calcium levels; shown in Figures 5C and S3F
ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.4 Å
密度
最小 - 最大-128 - 127
平均 (標準偏差)6.4051456 (±16.537958)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-216
サイズ18561920421
Spacing19201856421
セルA: 14208.0 Å / B: 13734.4 Å / C: 3115.4001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z7.47.47.4
M x/y/z19201856421
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z14208.00013734.4003115.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ111-94150
NX/NY/NZ111123111
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00-216
NC/NR/NS19201856421
D min/max/mean-128.000127.0006.405

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : cryo-ET of cryo-FIB milled yeast cell, in which scs2/22 ist2 are ...

全体名称: cryo-ET of cryo-FIB milled yeast cell, in which scs2/22 ist2 are deleted, with high intracellular calcium; shown in Figures 5C and S3F
要素
  • 細胞: cryo-ET of cryo-FIB milled yeast cell, in which scs2/22 ist2 are deleted, with high intracellular calcium; shown in Figures 5C and S3F

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超分子 #1: cryo-ET of cryo-FIB milled yeast cell, in which scs2/22 ist2 are ...

超分子名称: cryo-ET of cryo-FIB milled yeast cell, in which scs2/22 ist2 are deleted, with high intracellular calcium; shown in Figures 5C and S3F
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 5.5
詳細: Synthetic Complete -Trp medium with 15% high molecular weight dextran (w/v), 2 % glucose and 200 mM calcium chloride
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: 5 microliter of cell suspension was applied to the grid and then backside-blotted for 12-15 s.
詳細Cells were treated with 200 mM calcium chloride before plunge freezing. The cells with high GCaMP fluorescent signals, indicating high calcium levels, were targeted for cryo-FIB milling
Cryo protectantdextran
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 16 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.023 nA / 集束イオンビーム - 時間: 3600 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 103 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 5000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200 nm
集束イオンビーム - 詳細: Initial rough milling was performed at 30 kV 0.5-1 nA, then with 0.3 nA until 3000 nm thickness, then decreased to 0.1 nA to 1000 nm thickness. Fine milling to 150- ...集束イオンビーム - 詳細: Initial rough milling was performed at 30 kV 0.5-1 nA, then with 0.3 nA until 3000 nm thickness, then decreased to 0.1 nA to 1000 nm thickness. Fine milling to 150-300 nm thickness was performed at 16kV 11 pA or 23 pA.. The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is Scios DualBeam. This is not in a list of allowed values set(['DB235', 'OTHER']) so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Montaged images of the grid were acquired at 200 nm pixel size to localize the lamellae on the grid. Overview montages of the individual lamellae were acquired at about 5 nm pixel size to assess the lamellae quality and identify ER-PM contact sites within the cells
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-4 / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
詳細: Electron cryo-tomographic tilt-series were collected on a Titan Krios (FEI) operated at 300 kV using a Quantum energy filter (slit width 20 eV) and a K2 direct electron detector (Gatan) in ...詳細: Electron cryo-tomographic tilt-series were collected on a Titan Krios (FEI) operated at 300 kV using a Quantum energy filter (slit width 20 eV) and a K2 direct electron detector (Gatan) in counting mode at a pixel size of 3.7 angstroms and at a dose rate of ~ 2-4 e-/pixel/second on the detector. Tilt-series were acquired between +/- 60 degrees starting from 0 degrees with 1 degrees increment using SerialEM (Mastronarde, 2005) following a grouped dose-symmetric acquisition with a group size of 4 (Bharat et al., 2018; Hagen et al., 2017), and at -5 micron defocus. A dose of 1.0 e-/square angstroms was applied per image of the tilt-series.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / ソフトウェア - 名称: eTomo / 詳細: 10 SIRT iterations / 使用した粒子像数: 106
CTF補正ソフトウェア - 名称: eTomo

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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