ChemComp-EDS: (2S)-4-amino-N-[(1R,2S,3S,4R,5S)-5-amino-4-{[(2S,3R)-3-amino-6-{[...

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB化学物質要素 / ID: EDS
• 名称: 名称: (2S)-4-amino-N-[(1R,2S,3S,4R,5S)-5-amino-4-{[(2S,3R)-3-amino-6-{[(2-hydroxyethyl)amino]methyl}-3,4-dihydro-2H-pyran-2-y; 別称: plazomicin / 日化辞名称: プラゾミシン
• コメント: 抗生剤*YM

Chemical information

組成

組成式: C₂₅H₄₈N₆O₁₀ / 原子数: 89 / 化学式量: 592.683 / 形式電荷: 0

その他

6c0c
PDB 未公開エントリ

タイプ: NON-POLYMER / PDB分類: HETAIN / 3文字コード: EDS / 理論座標の詳細: Corina / モデル座標のPDB-ID: 6C0C

履歴

作成	2018年1月2日
公開	2018年1月31日
Modify synonyms	2020年6月5日

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詳細

SMILES

• ACDLabs 12.01: C1(C(NC(=O)C(CCN)O)CC(C(C1O)OC2C(CC=C(O2)CNCCO)N)N)OC3C(C(NC)C(O)(CO3)C)O
• CACTVS 3.385: CN[CH]1[CH](O)[CH](OC[C]1(C)O)O[CH]2[CH](O)[CH](O[CH]3OC(=CC[CH]3N)CNCCO)[CH](N)C[CH]2NC(=O)[CH](O)CCN
• OpenEye OEToolkits 2.0.6: CC1(COC(C(C1NC)O)OC2C(CC(C(C2O)OC3C(CC=C(O3)CNCCO)N)N)NC(=O)C(CCN)O)O

SMILES CANONICAL

• CACTVS 3.385: CN[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](OC[C@]1(C)O)O[C@@H]2[C@@H](O)[C@H](O[C@H]3OC(=CC[C@H]3N)CNCCO)[C@@H](N)C[C@H]2NC(=O)[C@@H](O)CCN
• OpenEye OEToolkits 2.0.6: C[C@@]1(CO[C@@H]([C@@H]([C@H]1NC)O)O[C@H]2[C@@H](C[C@@H]([C@H]([C@@H]2O)O[C@@H]3[C@@H](CC=C(O3)CNCCO)N)N)NC(=O)[C@H](CCN)O)O

InChI

• InChI 1.03: InChI=1S/C25H48N6O10/c1-25(37)11-38-24(18(35)21(25)29-2)41-20-15(31-22(36)16(33)5-6-26)9-14(28)19(17(20)34)40-23-13(27)4-3-12(39-23)10-30-7-8-32/h3,13-21,23-24,29-30,32-35,37H,4-11,26-28H2,1-2H3,(H,31,36)/t13-,14+,15-,16+,17+,18-,19-,20+,21-,23-,24-,25+/m1/s1

InChIKey

• InChI 1.03: IYDYFVUFSPQPPV-PEXOCOHZSA-N

SYSTEMATIC NAME

• ACDLabs 12.01: (2S)-4-amino-N-[(1R,2S,3S,4R,5S)-5-amino-4-{[(2S,3R)-3-amino-6-{[(2-hydroxyethyl)amino]methyl}-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-{[3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranosyl]oxy}-3-hydroxycyclohexyl]-2-hydroxybutanamide
• OpenEye OEToolkits 2.0.6: (2~{S})-4-azanyl-~{N}-[(1~{R},2~{S},3~{S},4~{R},5~{S})-5-azanyl-4-[[(2~{S},3~{R})-3-azanyl-6-[(2-hydroxyethylamino)methyl]-3,4-dihydro-2~{H}-pyran-2-yl]oxy]-2-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-methyl-4-(methylamino)-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-cyclohexyl]-2-oxidanyl-butanamide

PDBエントリ

全2件を表示しています

PDB-6cd7:
Crystal structure of APH(2")-IVa in complex with plazomicin

PDB-7lh5:
Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with plazomicin, mRNA and tRNAs