ChemComp-STD: STREPTOLYDIGIN

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB化学物質要素 / ID: STD
• 名称: 名称: streptolydigin / 別称: 2-PYRROLIDINEACETAMIDE; PORTAMYCIN / 日化辞名称: ストレプトリジギン
• コメント: 抗生剤*YM

Chemical information

組成

組成式: C₃₂H₄₄N₂O₉ / 原子数: 87 / 化学式量: 600.7 / 形式電荷: 0

その他

2a6h

タイプ: NON-POLYMER / PDB分類: HETAD / 3文字コード: STD / モデル座標のPDB-ID: 2A6H

履歴

作成	2005年8月1日
記述子を修正	2011年6月4日
Modify synonyms	2020年5月27日
Modify synonyms	2021年3月13日

• 外部リンク: UniChem / ChemSpider / ChEBI / ChEMBL / DrugBank / Metabolights / NMRShiftDB / 日化辞 / PubChem / ZINC / Wikipedia search / Google search

詳細

SMILES

• ACDLabs 10.04: O=C(NC)C(C)C2C(=O)/C(C(=O)N2C1OC(C)C(O)CC1)=C(\O)/C=C/C(=C/C(C5OC4(OC(C=CC34OC3)C5C)C)C)C
• CACTVS 3.341: CNC(=O)[CH](C)[CH]1N([CH]2CC[CH](O)[CH](C)O2)C(=O)C(=C(O)C=CC(C)=C[CH](C)[CH]3O[C]4(C)O[CH](C=C[C]45CO5)[CH]3C)C1=O
• OpenEye OEToolkits 1.5.0: CC1C2C=CC3(CO3)C(O2)(OC1C(C)C=C(C)C=CC(=C4C(=O)C(N(C4=O)C5CCC(C(O5)C)O)C(C)C(=O)NC)O)C

SMILES CANONICAL

• CACTVS 3.341: CNC(=O)[C@@H](C)[C@@H]1N([C@@H]2CC[C@H](O)[C@H](C)O2)C(=O)\C(=C(O)/C=C/C(C)=C/[C@@H](C)[C@H]3O[C@@]4(C)O[C@H](C=C[C@@]45CO5)[C@@H]3C)C1=O
• OpenEye OEToolkits 1.5.0: C[C@H]1[C@H]2C=C[C@@]3(CO3)[C@](O2)(O[C@@H]1[C@H](C)\C=C(/C)\C=C\C(=C/4\C(=O)[C@@H](N(C4=O)[C@@H]5CC[C@@H]([C@@H](O5)C)O)[C@H](C)C(=O)NC)\O)C

InChI

• InChI 1.03: InChI=1S/C32H44N2O9/c1-16(14-17(2)28-18(3)23-12-13-32(15-40-32)31(6,42-23)43-28)8-9-22(36)25-27(37)26(19(4)29(38)33-7)34(30(25)39)24-11-10-21(35)20(5)41-24/h8-9,12-14,17-21,23-24,26,28,35-36H,10-11,15H2,1-7H3,(H,33,38)/b9-8+,16-14+,25-22+/t17-,18+,19+,20+,21+,23-,24+,26+,28-,31-,32-/m1/s1

InChIKey

• InChI 1.03: KVTPRMVXYZKLIG-NCAOFHFGSA-N

SYSTEMATIC NAME

• ACDLabs 10.04: (2S)-2-{(2S,4E)-4-{(2E,4E,6R)-6-[(1R,2R,5R,6S,7R)-1,6-dimethylspiro[8,9-dioxabicyclo[3.3.1]non-3-ene-2,2'-oxiran]-7-yl]-1-hydroxy-4-methylhepta-2,4-dien-1-ylidene}-1-[(2S,5S,6S)-5-hydroxy-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2-yl]-3,5-dioxopyrrolidin-2-yl}-N-methylpropanamide
• OpenEye OEToolkits 1.5.0: (2S)-2-[(2S,4E)-4-[(2E,4E,6R)-6-[(1R,4R,5R,7R,8S)-5,8-dimethylspiro[6,9-dioxabicyclo[3.3.1]non-2-ene-4,2'-oxirane]-7-yl]-1-hydroxy-4-methyl-hepta-2,4-dienylidene]-1-[(2S,5S,6S)-5-hydroxy-6-methyl-oxan-2-yl]-3,5-dioxo-pyrrolidin-2-yl]-N-methyl-propanamide

PDBエントリ

全3件を表示しています

PDB-1zyr:
Structure of Thermus thermophilus RNA polymerase holoenzyme in complex with the antibiotic streptolydigin

PDB-2a6h:
Crystal structure of the T. thermophilus RNA polymerase holoenzyme in complex with antibiotic sterptolydigin

PDB-2ppb:
Crystal structure of the T. thermophilus RNAP polymerase elongation complex with the ntp substrate analog and antibiotic streptolydigin