ChemComp-GDG: GDP-ALPHA-D-GLUCOSE

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB化学物質要素 / ID: GDG
• 名称: 名称: gdp-alpha-D-glucose / 別称: GDP-ALPHA-D-GLUCOSE / 日化辞名称: GDP-グルコ-ス

Chemical information

組成

組成式: C₁₆H₂₅N₅O₁₆P₂ / 原子数: 64 / 化学式量: 605.341 / 形式電荷: 0

その他

5k42

タイプ: NON-POLYMER / PDB分類: HETAIN / 3文字コード: GDG / 理論座標の詳細: Corina / モデル座標のPDB-ID: 5K42

履歴

作成	2006年9月5日
記述子を修正	2011年6月4日
Other modification	2016年5月21日
公開	2017年6月21日
Modify synonyms	2020年6月5日

• 外部リンク: UniChem / Brenda / ChEBI / ChEMBL / HMDB / Metabolights / NMRShiftDB / 日化辞 / PubChem / ZINC / ChemSpider / Wikipedia search / Google search

詳細

SMILES

• ACDLabs 12.01: C1(C(O)C(C(C(O1)CO)O)O)OP(OP(OCC4C(C(C(n2cnc3c2NC(=NC3=O)N)O4)O)O)(O)=O)(O)=O
• CACTVS 3.385: NC1=NC(=O)c2ncn([CH]3O[CH](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[CH]4O[CH](CO)[CH](O)[CH](O)[CH]4O)[CH](O)[CH]3O)c2N1
• OpenEye OEToolkits 2.0.4: c1nc2c(n1C3C(C(C(O3)COP(=O)(O)OP(=O)(O)OC4C(C(C(C(O4)CO)O)O)O)O)O)NC(=NC2=O)N

SMILES CANONICAL

• CACTVS 3.385: NC1=NC(=O)c2ncn([C@@H]3O[C@H](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[C@H]4O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]4O)[C@@H](O)[C@H]3O)c2N1
• OpenEye OEToolkits 2.0.4: c1nc2c(n1[C@H]3[C@@H]([C@@H]([C@H](O3)COP(=O)(O)OP(=O)(O)O[C@@H]4[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O4)CO)O)O)O)O)O)NC(=NC2=O)N

InChI

• InChI 1.03: InChI=1S/C16H25N5O16P2/c17-16-19-12-6(13(28)20-16)18-3-21(12)14-10(26)8(24)5(34-14)2-33-38(29,30)37-39(31,32)36-15-11(27)9(25)7(23)4(1-22)35-15/h3-5,7-11,14-15,22-27H,1-2H2,(H,29,30)(H,31,32)(H3,17,19,20,28)/t4-,5-,7-,8-,9+,10-,11-,14-,15-/m1/s1

InChIKey

• InChI 1.03: MVMSCBBUIHUTGJ-LRJDVEEWSA-N

SYSTEMATIC NAME

• ACDLabs 12.01: [(2R,3S,4R,5R)-5-(2-amino-6-oxo-3,6-dihydro-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3R,4S,5S,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl dihydrogen diphosphate (non-preferred name)
• OpenEye OEToolkits 2.0.4: [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl] hydrogen phosphate

PDBエントリ

全2件を表示しています

PDB-5k42:
Structure of Mycobacterium thermoresistibile trehalose-6-phosphate synthase in a complex with GDP-glucose.

PDB-7xpt:
Crystal structrue of MtdL:GDP:Mn soaked with GDP-Glc