ChemComp-4BD: 5'-O-[(S)-{difluoro[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}(h...

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB化学物質要素 / ID: 4BD
• 名称: 名称: 5'-O-[(S)-{difluoro[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}(hydroxy)phosphoryl]thymidine; 日化辞名称: チミジン5′-[[ヒドロキシ(ホスホノオキシ)ホスフィニル]ジフルオロメチル]ホスホン酸

Chemical information

組成

組成式: C₁₁H₁₇F₂N₂O₁₃P₃ / 原子数: 48 / 化学式量: 516.176 / 形式電荷: 0

その他

3gdx

タイプ: NON-POLYMER / PDB分類: HETAIN / 3文字コード: 4BD / 理論座標の詳細: Corina / モデル座標のPDB-ID: 3GDX

履歴

作成	2009年3月20日
記述子を修正	2011年6月4日

• 外部リンク: UniChem / ChemSpider / 日化辞 / PubChem / ZINC / Wikipedia search / Google search

詳細

SMILES

• ACDLabs 10.04: O=P(O)(O)OP(=O)(O)C(F)(F)P(=O)(O)OCC2OC(N1C(=O)NC(=O)C(=C1)C)CC2O
• CACTVS 3.341: CC1=CN([CH]2C[CH](O)[CH](CO[P](O)(=O)C(F)(F)[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)O2)C(=O)NC1=O
• OpenEye OEToolkits 1.5.0: CC1=CN(C(=O)NC1=O)C2CC(C(O2)COP(=O)(C(F)(F)P(=O)(O)OP(=O)(O)O)O)O

SMILES CANONICAL

• CACTVS 3.341: CC1=CN([C@H]2C[C@H](O)[C@@H](CO[P@](O)(=O)C(F)(F)[P@@](O)(=O)O[P](O)(O)=O)O2)C(=O)NC1=O
• OpenEye OEToolkits 1.5.0: CC1=CN(C(=O)NC1=O)[C@H]2C[C@@H]([C@H](O2)CO[P@](=O)(C(F)(F)[P@](=O)(O)OP(=O)(O)O)O)O

InChI

• InChI 1.03: InChI=1S/C11H17F2N2O13P3/c1-5-3-15(10(18)14-9(5)17)8-2-6(16)7(27-8)4-26-29(19,20)11(12,13)30(21,22)28-31(23,24)25/h3,6-8,16H,2,4H2,1H3,(H,19,20)(H,21,22)(H,14,17,18)(H2,23,24,25)/t6-,7+,8+/m0/s1

InChIKey

• InChI 1.03: WQZXQECPJNOPSV-XLPZGREQSA-N

SYSTEMATIC NAME

• ACDLabs 10.04: 5'-O-[(S)-{difluoro[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}(hydroxy)phosphoryl]thymidine
• OpenEye OEToolkits 1.5.0: [difluoro-(hydroxy-phosphonooxy-phosphoryl)methyl]-[[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxo-pyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy]phosphinic acid

PDBエントリ

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PDB-3gdx:
Dna polymerase beta with a gapped DND substrate and dTMP(CF2)PP