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- PDB-1irg: INTERFERON REGULATORY FACTOR-2 DNA BINDING DOMAIN, NMR, 20 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1irg
タイトルINTERFERON REGULATORY FACTOR-2 DNA BINDING DOMAIN, NMR, 20 STRUCTURES
要素INTERFERON REGULATORY FACTOR-2
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION / WINGED HELIX-TURN-HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


toll-like receptor 3 signaling pathway / negative regulation of type I interferon production / immune system process / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / defense response to virus / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...toll-like receptor 3 signaling pathway / negative regulation of type I interferon production / immune system process / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / defense response to virus / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / focal adhesion / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interferon regulatory factor-1/2 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Interferon regulatory factor-1/2 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon regulatory factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Furui, J. / Uegaki, K. / Yamazaki, T. / Shirakawa, M. / Swindells, M.B. / Harada, H. / Taniguchi, T. / Kyogoku, Y.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Solution structure of the IRF-2 DNA-binding domain: a novel subgroup of the winged helix-turn-helix family.
著者: Furui, J. / Uegaki, K. / Yamazaki, T. / Shirakawa, M. / Swindells, M.B. / Harada, H. / Taniguchi, T. / Kyogoku, Y.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995
タイトル: Secondary Structure and Folding Topology of the DNA Binding Domain of Interferon Regulatory Factor 2, as Revealed by NMR Spectroscopy
著者: Uegaki, K. / Shirakawa, M. / Harada, H. / Taniguchi, T. / Kyogoku, Y.
履歴
登録1997年11月25日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERFERON REGULATORY FACTOR-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3551
ポリマ－13,3551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100THE LOWEST TARGET FUNCTIONS
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 INTERFERON REGULATORY FACTOR-2


分子量: 13354.515 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2 - 113 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: NUCLEUS / プラスミド: BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (LAMBDA DE3) / 参照: UniProt: P23906

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-EDITED 3D NOESY
12113C -EDITED 3D NOESY
1312D NOESY

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試料調製

試料状態pH: 5.7 / 温度: 298.00 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMX500BrukerAMX5005001
JEOL ARX500JEOLARX5006002
JEOL ALPHA600JEOLALPHA6006003

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR3.1構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURAL STATISTICS: AVERAGE SD RMSD FROM EXPERIMENTAL DISTANCE RESTRAINTS ALL (1453) 0.025 A 0.001 A INTRARESIDUE NOE (415) 0.022 A 0.001 A SEQUENTIAL NOE (|I-J|=1) (381) 0.025 A 0.003 A MEDIUM RANGE NOE (1<|I-J|<5) (242) 0.026 A 0.004 A LONG RANGE NOE (|I-J|>=5) (363) 0.022 A 0.003 A HYDROGEN BOND (52)* 0.051 A 0.002 A
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: THE LOWEST TARGET FUNCTIONS
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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