ソフトウェア 名称 バージョン 分類 DENZOデータ削減 SCALAデータスケーリング CNS精密化 CCP4(SCALA)データスケーリング CNS位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB ENTRY 1IA6解像度 : 2→16.23 Å / Rfactor Rfree error : 0.006 / Data cutoff high absF : 1284072.4 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / σ(I) : 0 / 立体化学のターゲット値 : Engh & Huber詳細 : Mass spectrometric analysis has indicated that the sequence GTIVNPPVKK should additionally be present at the C-terminus in the crystal, but it could not be traced in the electron density.Rfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.22 1229 5.1 % OTHER from free structure Rwork 0.168 - - - all - 24298 - - obs - 24298 97.6 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 59.32 Å2 / ksol : 0.434 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 14.1 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.95 Å2 0 Å2 -0.87 Å2 2- - -1.42 Å2 0 Å2 3- - - 0.46 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.24 Å 0.18 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.2 Å 0.14 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2→16.23 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 3407 0 43 326 3776
拘束条件 大きな表を表示 (4 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.005 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.2 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d21.6 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d0.72 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it1.13 1.5 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it1.58 2 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it1.75 2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it2.29 2.5
LS精密化 シェル 解像度 : 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error : 0.019 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.252 173 4.8 % Rwork 0.208 3431 - obs - - 87.9 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION 2 WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION 3 ION.PARAMION.TOPX-RAY DIFFRACTION 4 CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOPX-RAY DIFFRACTION 5 ETH_GLYC.PARAMETH_GLYC.TOP
精密化 *PLUS
最高解像度 : 2 Å / 最低解像度 : 16 Å / Rfactor Rfree : 0.22 溶媒の処理 *PLUS
原子変位パラメータ *PLUS
拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.2 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_deg21.6 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_deg0.72
LS精密化 シェル *PLUS
最低解像度 : 2.07 Å