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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ia5 | |||||||||
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タイトル | POLYGALACTURONASE FROM ASPERGILLUS ACULEATUS | |||||||||
要素 | POLYGALACTURONASE | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / POLYGALACTURONASE / GLYCOSYLHYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endo-polygalacturonase / polygalacturonase activity / pectin catabolic process / cell wall organization / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Aspergillus aculeatus (カビ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Cho, S.W. / Lee, S. / Shin, W. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: The X-ray structure of Aspergillus aculeatus polygalacturonase and a modeled structure of the polygalacturonase-octagalacturonate complex. 著者: Cho, S.W. / Lee, S. / Shin, W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ia5.cif.gz | 78.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ia5.ent.gz | 61.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ia5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ia5_validation.pdf.gz | 747.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ia5_full_validation.pdf.gz | 749.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ia5_validation.xml.gz | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ia5_validation.cif.gz | 24.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/1ia5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/1ia5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34675.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aspergillus aculeatus (カビ) 参照: GenBank: 3220207, UniProt: O74213*PLUS, endo-polygalacturonase | ||
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#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
#3: 糖 | ChemComp-MAN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.32 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 45% 1,6-HEXANEDIOL, 0.1M TRIS-HCL , 0.2M AMMONIUM ACETATE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: microdialysis | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200H / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年10月21日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 52967 / Num. obs: 23026 / % possible obs: 85.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 3.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / % possible all: 81.8 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.02 Å / 最低解像度: 25 Å / % possible obs: 90.3 % / Num. measured all: 52967 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 72.1 % / Rmerge(I) obs: 0.132 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→44.74 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→44.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.02
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / Rfactor Rfree: 0.213 / 最高解像度: 2.02 Å / 最低解像度: 25 Å | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Rfactor Rfree: 0.267 / Rfactor Rwork: 0.202 |