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- PDB-1d6g: MOLECULAR COMPLEX OF CHOLECYSTOKININ-8 AND N-TERMINUS OF THE CHOL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d6g
タイトルMOLECULAR COMPLEX OF CHOLECYSTOKININ-8 AND N-TERMINUS OF THE CHOLECYSTOKININ A RECEPTOR BY NMR SPECTROSCOPY
要素
  • cholecystokinin type a receptor
  • cholecystokinin-8
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / alpha-helix / beta-sheet / complex GPCR-ligand / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cholecystokinin receptor activity / cholecystokinin signaling pathway / regulation of hormone secretion / neuropeptide receptor activity / peptide hormone binding / forebrain development / cellular response to hormone stimulus / Peptide ligand-binding receptors / axonogenesis / peptide binding ...cholecystokinin receptor activity / cholecystokinin signaling pathway / regulation of hormone secretion / neuropeptide receptor activity / peptide hormone binding / forebrain development / cellular response to hormone stimulus / Peptide ligand-binding receptors / axonogenesis / peptide binding / neuron migration / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / G protein-coupled receptor signaling pathway / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cholecystokinin Type A Receptor; Chain A / Cholecystokinin A receptor, N-terminal domain / Cholecystokinin receptor type A / Cholecystokinin A receptor, N-terminal / Cholecystokinin A receptor, N-terminal domain superfamily / Cholecystokinin A receptor, N-terminal / Cholecystokinin receptor / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like ...Cholecystokinin Type A Receptor; Chain A / Cholecystokinin A receptor, N-terminal domain / Cholecystokinin receptor type A / Cholecystokinin A receptor, N-terminal / Cholecystokinin A receptor, N-terminal domain superfamily / Cholecystokinin A receptor, N-terminal / Cholecystokinin receptor / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / Few Secondary Structures / Irregular / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Cholecystokinin receptor type A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Pellegrini, M. / Mierke, D.F.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Molecular complex of cholecystokinin-8 and N-terminus of the cholecystokinin A receptor by NMR spectroscopy.
著者: Pellegrini, M. / Mierke, D.F.
履歴
登録1999年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年7月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn / diffrn_radiation ...diffrn / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_ensemble / pdbx_nmr_exptl / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_nmr_ensemble.conformers_calculated_total_number / _pdbx_nmr_exptl.conditions_id / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_sample_details.label / _pdbx_nmr_sample_details.type / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cholecystokinin type a receptor
B: cholecystokinin-8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2882
ポリマ－6,2882
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area790 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area4640 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 90
代表モデルlowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド cholecystokinin type a receptor / CCK-A-RECEPTOR


分子量: 5225.963 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN (1-47) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32238
#2: タンパク質・ペプチド cholecystokinin-8 / CCK-8


分子量: 1062.199 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL FRAGMENT / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
2222D NOESY
3342D NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.6mM CCK-A_R(1-47), 171 mM DPC-d38, 90% H2O/10% D2Osample 190% H2O/10% D2O
solution21.5mM CCK-8, 137mM DPC-d38, 90% H2O/10% D2Osample 290% H2O/10% D2O
solution30.8mM CCK-A-R(1-47) + 0.37-3mM CCK-8, 171 mM DPC-d38, 100% D2Osample 3100% D2O
solution41.6mM CCK-A-R(1-47) + 3mM CCK-8, 171 mM DPC-d38, 100% D2O or 90% H2O, 10% D2Osample 4100% D2O or 90% H2O, 10% D2O
試料状態
Conditions-IDLabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1conditions 16.5 Not definedambient 285 K
2conditions 26.5 Not definedambient 298 K
3conditions 36.5 Not definedambient 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY5001
Bruker AVANCE DRXBrukerAVANCE DRX6002
Varian UNITYVarianUNITY7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
GROMACS1.6van der Spoel, D.; van Buuren, A.R.; Apol, E.; Meulenhoff, P.J.; Tielman, D.P.; Sijbers, A.L.T.M.; van Drunen, R.; Berendsen, H.J.C.精密化
Distance Geometryhome writtenMierke, D.F.構造決定
精密化手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures of CCK-A-R(1-47) and CCK-8 were calculated separately. The complex was calculated using intra- and intermolecular NOEs using simulated annealing and molecular dynamics ...詳細: The structures of CCK-A-R(1-47) and CCK-8 were calculated separately. The complex was calculated using intra- and intermolecular NOEs using simulated annealing and molecular dynamics calculations. The calculations utilized explicit solvent, as a decane/water simulation cell.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 90 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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