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- PDB-1bfw: RETRO-INVERSO ANALOGUE OF THE G-H LOOP OF VP1 IN FOOT-AND-MOUTH-D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bfw
タイトルRETRO-INVERSO ANALOGUE OF THE G-H LOOP OF VP1 IN FOOT-AND-MOUTH-DISEASE (FMD) VIRUS, NMR, 10 STRUCTURES
要素VP1 PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / CAPSID / PEPTIDOMIMETIC / RETRO-INVERSO / FMDV / ANTIGEN
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, ANNEALING, MINIMIZATION
データ登録者Petit, M.C. / Benkirane, N. / Guichard, G. / Phan Chan Du, A. / Cung, M.T. / Briand, J.P. / Muller, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Solution structure of a retro-inverso peptide analogue mimicking the foot-and-mouth disease virus major antigenic site. Structural basis for its antigenic cross-reactivity with the parent peptide.
著者: Petit, M.C. / Benkirane, N. / Guichard, G. / Du, A.P. / Marraud, M. / Cung, M.T. / Briand, J.P. / Muller, S.
履歴
登録1998年5月22日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP1 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9731
ポリマ－1,9731
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50LEAST RESTRAINTS VIOLATIONS, TARGET FUNCTION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド VP1 PROTEIN


分子量: 1973.200 Da / 分子数: 1 / 断片: THE MAJOR IMMUNOGEN REGION, RESIDUES 141-159 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RETRO-INVERSO PEPTIDE CORRESPONDING TO THE MAJOR IMMUNOGEN REGION OF THE FOOT-AND-MOUTH-DISEASE VIRUS CAPSID
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111COSY
121TOCSY NOESY
131ROESY

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試料調製

詳細内容: 90% H2O:10% D2O
試料状態イオン強度: 0.1 M PHOSPHATE / pH: 5.7 / 圧: 1 atm / 温度: 285 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX400 / 製造業者: Bruker / モデル: DRX400 / 磁場強度: 400 MHz

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解析

ソフトウェア
名称分類
DYANAモデル構築
DYANA精密化
NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.4GUNTERT,WUTHRICH精密化
DYANA1.4構造決定
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, ANNEALING, MINIMIZATION / ソフトェア番号: 1 / 詳細: RESTRAINT ENERGY MINIMIZATION
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINTS VIOLATIONS, TARGET FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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